因为明朝后期蒙古族各部之间不和，矛盾激化，清朝也赶上了好机会，后金横扫蒙古各部，一举拿下蒙古族 。

1368年，朱元璋建立了明朝，并将蒙古族赶回了草原。之后曾经称霸一时的蒙古族也日渐没落了，但一直没有臣服于明朝的统治。在明朝后期蒙古各族之间矛盾激化，互相争斗的现象越来越多。于是明朝趁机对蒙古通过贸易等控制手段，虽然有所效果，但始终无法彻底解决蒙古问题。蒙古问题仍然是心头大患。

后金在不到二十年里，横扫蒙古各部，在蒙古中称王，后来并改国号为清，即后面的清朝。此时的清朝为了防止明朝的事情发生，于是对蒙古采取了许多管理制度来制约。首先是分旗制度，清朝划分了蒙古部落的各地，蒙古部落只能在各自的牧区放牧，这样防止他们集聚生事，大清也可以对每个旗进行直接的管控。

十六世纪，沙皇俄国不断向东扩张，这直接导致了蒙古族的生存空间越来越小。到来清朝初期，蒙古实在是进退两难，一边是沙皇俄国，一边是大清王朝，但最后，蒙古族还是选择投顺了与自己有同一信奉宗教的清朝。从此，也就彻底归服于清朝。

后来随着武器时代的发展，蒙古的骑兵和作战技术也就逐渐跟不上了时代的发展，最后蒙古族的实力越来越弱，也就没有什么能力来反抗了。所以明朝即使三百年也没能搞定蒙古。