1300万平方公里，明朝对新疆的统治非常薄弱，新疆的绝大部分一直在蒙古察合台后裔诸王控制之下，只有东部的哈密地区曾一度成为明朝的“羁縻”卫所。
永乐二年（1404年），明朝诏封统治哈密的安克帖木儿为忠顺王，两年后设哈密卫，设指挥、千户、百户等官，由畏兀儿人马哈麻火者任指挥，又派汉族人周安为忠顺王长史、刘行善为纪善，共同辅政。哈密国成为设有明朝羁縻卫所的王国，忠顺王是哈密国王，哈密卫指挥使（由当地人充任）掌握哈密兵权。不过后来经常得而复失，最后在孝宗完全失去，历史上再也没有收复回来，知道清朝时期再次并入。

其实，再安史之乱以后，中原王朝基本上就没有对丝绸之路进行过控制。元朝除外。到了永乐时期，成租皇帝雄才大略，开发西域。才又打通了丝绸之路，可是好景不长，到了正统年间，也就是朱棣的孙子，西域又失守了，而后一直没有夺回来吧。—史林风

明朝对新疆的统治非常薄弱，新疆的绝大部分一直在蒙古察合台后裔诸王控制之下，只有东部的哈密地区曾一度成为明朝的“羁縻”卫所。
永乐二年（1404年），明朝诏封统治哈密的安克帖木儿为忠顺王，两年后设哈密卫，设指挥、千户、百户等官，由畏兀儿人马哈麻火者任指挥，又派汉族人周安为忠顺王长史、刘行善为纪善，共同辅政。哈密国成为设有明朝羁縻卫所的王国，忠顺王是哈密国王，哈密卫指挥使（由当地人充任）掌握哈密兵权。

元朝时由成吉思汗两个儿子先后建立两个隶属元朝的帝国
分别是窝阔台汗国和察合台汗国

明朝时，先后是瓦剌和鞑靼的属地。

洪武时期，明朝西北疆界达到今新疆东部哈密地区，并设置一系列卫所。15世纪后，西北吐鲁番与青海蒙古部日益强大。1472年，哈密卫城一度被吐鲁番攻破，卫内迁，后复，1514年再度被并。15世纪后半期后，西北诸卫全部丧失，明朝退守嘉峪关。

当然归属

1206年，蒙古汗国建立，1271年改国号为元。蒙元时期西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地。明代，西域在东察合台汗国统治之下。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。元、明两代，西域各族人民为保卫和开拓祖国边疆、繁荣西域经济、发展科学文化技术，作出了卓越的贡献。