1643年，大清国洪太汗病愈。

1644年，应平西王吴三桂邀请，大清国洪太汗派遣定国大将军、睿亲王多尔衮率军在一片石击败了大顺军，夺取了北京。随后，洪太汗进入北京再度登基为大清国皇帝。在一些投降的文官劝说下，洪太汗颁布了区别民旗区分的《剃发蓄发令》，“为从民便，今后旗人永行剃发，民人永行蓄发，以辨民旗之分也。”由于这个命令，除名义上编入八旗外的藩主本人（以及少数亲属、重臣等）外，平西王和三顺王一顺公藩下之人也被要求蓄发。

1645年，洪太汗派定国大将军多尔衮、靖远大将军豪格两路出兵，先后灭亡了大顺和南明弘光朝。夺取南京后，降官孙之獬又劝洪太汗在全国实行剃发，“以示天下混一”，被坚持区分民旗之别的洪太乱棍打出。

1646年，平南大将军、贝勒博洛（后封端重郡王）率军灭南明鲁监国政权和隆武朝。郑芝龙投降大清国，不愿投降的郑成功在福建一带积蓄力量后见复明无望便在1649年东渡收取了台湾，建立东宁国。后来，郑成功于1652年开始向大清国朝贡，被封为东宁国王。

1647年，定西大将军、肃亲王豪格率军灭大西。大西残部在孙可望指挥下退入云南。

同年，广东提督李成栋率军灭南明绍武朝。

1648年，孙可望举云南降清，被封为义王。

同年，平南大将军豪格率军灭南明永历朝，在越南擒获永历帝后献俘于京师，被封为皇太子。

1649年，洪太汗病逝，豪格继位为皇帝。

1650年，定远大将军、豫亲王济尔哈朗督率各路大军围攻夔东。明朝兴国公李赤心率夔东诸将奋力抗击十余万清军近一年，最终在茅麓山战败。李赤心投火死，督师大学士堵胤锡协监国荣王赴水而死。南明至此完全灭亡，大清国基本上统一了中国。

因为主要依靠入关后归附的绿营兵就平定了南明，所以平西王吴三桂、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈永忠等人皆不得启用，率部在辽东的锦州（吴三桂）、辽阳（孔有德、耿仲明）、海城（尚可喜）、抚顺（沈永忠）等领地上赋闲。

1651年，豪格汗认为天下业已平定，一面大肆在北方为八旗贵族圈地，一面又决定解除绿营军阀的兵权。大同提督姜襄首当其冲，遭到裁撤，便举兵起事，迅速拿下整个山西和陕北地区。豪格汗不得不率众亲征姜襄。

1652年，广西提督金声桓、广东提督李成栋以及四川的总兵武大定、赵荣贵、三谭等人纷纷举兵响应姜襄，军阀之乱蔓延到南方。

同年，义王孙可望出贵州，杀贵州提督王祥。接着，孙可望派李定国出湖南、刘文秀取四川，联合金声桓、李成栋和四川的武、赵、三谭等人，大败了清方的李国英、徐勇等将，占领了整个湖南和四川。由于孙可望成为反清军阀的盟主，因此这次战争又被称为“孙可望之乱”。

清军派尼堪、李国翰率领满汉八旗分兵两路增援（但豪格仍率八旗主力进攻大同），也被李定国和刘文秀击败，双方在岳州和保宁对峙。其中尼堪一路两万八旗军损失半数，尼堪本人落水而死。

1653年，孙可望自称后明皇帝，其他军阀不服，反清势力内部出现分裂。清廷以洪承畴为七省经略，调吴三桂入汉中、孔有德入湖南、尚可喜入江西主持战局，又派东宁国王郑成功从海路进攻广东，牵制了后明的力量。

1654年，坚守两年半的大同城被八旗主力攻破，姜襄被部下出卖而死；尚可喜和耿继茂则在江西击杀了李成栋。李成栋的儿子李承胤在郑成功攻击下，举广东投降了尚、耿。

1655年，吴三桂和李国翰合兵击败刘文秀夺回了保宁。由于孙可望错误地召回刘文秀，四川迅速战局恶化，吴三桂攻占重庆、泸州。三谭投降，白文选、卢名臣遁回了贵州。

孔有德、沈永忠率部渡江南下攻占岳州后，便与江西袁州西进的尚可喜、耿继茂会攻长沙，但被李定国各个击破。总兵张国柱等人战死，三王一公退回岳州和袁州。

豪格大怒，率大军亲征湖南。这时，孙可望因猜忌李定国，借故将其调往江西方面解救吉安、进图广东。孙可望自己领兵围困岳州，不能攻克，被豪格的八旗大兵击溃。孙可望逃回贵州，湖南大部沦陷了。李定国也被迫退回广西。

1656年，豪格把孔有德、耿继茂、沈永忠打发回辽东，命令他们去收复雅克萨城。随后任命自己的弟弟、福亲王福临为安远靖寇大将军，统领尚可喜、吴三桂等，分兵三路进攻贵州，但被从广西撤回的李定国击退。福临统帅的八旗大兵主力损失惨重，吴三桂部则因刘文秀反攻四川而退回，只有尚可喜趁机占领广西、杀死了金声桓等人。

1657年，孙可望由于威望进一步下降，在清廷挑拨下竟然暗杀了李定国。后明军队当即发生内讧，马宝、马进忠、高文贵、武大定等降清。刘文秀闻讯怒急攻心，暴病身亡。

1658年，清廷换豫亲王多尼为大帅，分三路攻入贵州，在马进忠等人带路上占领贵阳。

同年，孔有德率军攻占雅克萨。

1659年，多尼率清军攻陷昆明，孙可望自杀身亡，后明灭亡。历史近八年的“孙可望之乱”宣告结束。

1668年，豪格汗病死，嫡长子（第四子，母皇后博尔济吉特氏）富绶继位，继续重用其父遗留的重臣索尼、鳌拜、卓布泰、谭泰、何洛会等人。后来，这些人也相继去世，但富绶仍继续在北方为八旗贵族圈地、投充。

经过孙可望之乱和雅克萨之战，五大汉人王公的力量大为扩充。平西亲王吴三桂在锦州、平南亲王尚之信在海城、定南亲王孔庭训在辽阳、靖南郡王耿精忠在铁岭、续顺公沈瑞在抚顺，分别拥有75佐领、25佐领、20佐领、15佐领和10佐领人众（每个佐领600户约4000人、战时出200甲），编成三旗、一旗、一旗、一旗和半旗（一副都统）。这六个半旗、155个佐领、3万多军队、上百万人口（除了藩下旗人之外，还有大量的“户下人”等其他隶属于藩主管辖的人口）被称为外藩汉人，隶属于兵部，又号“五藩”。各藩的都统、副都统、统领等员均由藩主提报兵部委任，参领以下各员除世袭外多系藩主自行委任。

期间清廷屡有削藩、改编（将上述155佐领改编入八旗汉军）之议，但由于兵力不敷使用、财力不够改编，且又恐激变引起类似孙可望之乱的事变，因此都未实行。

吴三桂于1685年病逝后，清廷内部又有削藩、改编之议，甚至得到五藩内部一些人的支持，但议尚未决，准噶尔部晖台吉噶尔丹已横扫喀尔喀而来，在乌尔会河大败清军。清廷兵力不敷使用，被迫命令平西亲王、建宁公主额驸吴应熊领五藩兵（以及部分科尔沁外藩蒙古兵）两万为右翼，会同显亲王猛峨率领的主力一起抵御噶尔丹。

1690年，猛峨在乌兰布统之战中分兵大败，国舅佟国纲战死，几乎沦为大清版的萨尔浒。幸亏平西亲王吴应熊领兵救援，才救出猛峨。

嗣后，五藩兵多次奉调出征准噶尔，成为清廷对抗准噶尔时的一支劲旅。而五藩藩兵本身也在对抗准噶尔的过程中进行了多次军事改革，兵制发生了很大变化。以平西藩为例：到1760年，平西藩兵有护军营（每个佐领出10甲，其中1人为护军校）、骁骑营（每个佐领出24甲，其中2人为骁骑校）、火器营（每个佐领出36甲，其中3人为队长），各设有副都统1人、统领3人（每个旗出1人）、协领3人（同上）、参领6人（每个旗出2人）、副参领15人（每个参领出1人）；又有新火器营（每个佐领出6甲，其中1人为队长），设统领1人、协统1人、参领3人、副参领15人；三营以外为驻防营，有锦州、前屯、宁远等处，各以副都统、参领、副参领、佐领等领之。由此可知，野战部队实有护军750人、骁骑1800人、鸟枪2700人、炮甲450人，连同官佐合计不到6000人；其余9000余人，皆为驻防部队。

这一时期五藩的割据性质也大幅度削弱。多数藩主乃至藩主的近亲属都长期在京师任职或在数千里外的前线忙于军务（如吴应熊曾任定边大将军、吴应期曾任定边左副将军、孔庭训曾任黑龙江将军等），藩内事务主要由兵部任命的都统、副都统处置。各藩下的人才也通过科举、选调等途径前往中央或其他地区任职，如韩大任成为兵部侍郎、马自援成为云南曲靖知府等。五藩日益成为大清国内部一种特殊的行政区。

因为这个缘故，再加上五藩藩主（以及藩主的近亲属）长期跟大清国皇室通婚，所以到了准噶尔平定以后，虽然又出现废藩之议，但终于没有实行。不过，五藩兵在之后的岁月里也和大清国的其他军队一样日渐腐化了。

1795年，大清国发生了川楚白莲教起义，波及数省。大清国耗时八年，才将它镇压下去。

1813年，大清国又发生了华北天理教大起义，延绵华北五省。大清国又耗时七年，才将其完全消灭。在上述两次战争中，皆入关的五藩兵表现均很拙劣，不少五藩贵族阵亡，甚至有藩兵倒戈加入起义军之事发生。

由于天理教大起义的矛头直接对准八旗贵族在华北所圈的庄园，永锡汗领导的大清国被迫在这方面实行改革，并且考虑开放柳条边以缓解华北的移民压力。但是，因为五藩藩主害怕自己的领民向柳条边外逃亡而纷纷杯葛改革，所以最终柳条边没有得到开放。

1840年，清英之间爆发了鸦片战争。敬敏汗曾启用定南亲王尚思退出任靖海大将军，到江浙前线对抗英国侵略军，结果惨败而归。1842年，签订了丧权辱国的《中英南京条约》，大清国开始沦为半殖民地半封建社会。

1851年，大清国又爆发了太平天国运动。

1853年，太平军在定都天京（今南京）后，派大军北伐。新继位的华丰汗任用平西亲王吴秀波担任荡寇大将军，出师抵抗北伐军。吴秀波击败了李开芳、林凤祥指挥的北伐军，擒杀二将。

1856年，英法联军发动了第二次鸦片战争。期间，黑龙江将军、定南亲王孔庆清和俄国远东总督穆拉维约夫伯爵签订了丧权辱国的《中俄瑷珲条约》，割让了大片领土。

1859年，英法联军第二次逼近大沽口。清廷任用平西亲王吴秀波担任定远大将军，出兵抵抗英法联军。不久英法联军进至八里桥，吴秀波率包括五藩兵在内的满蒙汉大军猛烈抵抗，结果战败，导致英法联军占领北京。华丰汗被迫同英、法、俄等国签订了丧权辱国的《北京条约》。

1860年，清廷为了防止俄国继续南下，决定开放柳条边。五藩藩主面临藩内越来越大的压力。

1865年，平西亲王吴秀波在山东高楼寨被捻军擒杀。此后五藩藩兵完全丧失了清军野战主力的地位，而五藩藩主也基本上退出了清廷军政权力的中心，被迫退回藩内展开一系列自强改革，其结果是五藩的割据性质又开始重新恢复并上升。

1894年，清日甲午战争爆发。

1895年，日军攻入清国境内，五藩首当其冲。定南亲王孔兴祖、续顺公沈瑞昆分别率领本部练军1000人和500人参加了鸭绿江之战，结果败回本藩。接着，孔兴祖、沈瑞昆又和平南亲王尚德盛、靖南郡王耿世锡的练军2000人、1000人一道，参加了摩天岭和历次海城战役。最终海城失守，平南亲王尚德盛率不少族人自杀，平南藩从此一蹶不振。日军占领了辽阳、奉天后，清廷启用平西亲王吴继忠担任备倭大将军，统率练军、防军一百余营（包括平西藩的十三营练军六千人）四万余人在辽西牛庄、田庄台同日军两个师团两万余人展开决战，结果吴继忠大败而走，一路逃回山海关。无奈之下，清廷只得和日本签订了丧权辱国的《马关条约》。日本原打算扶植五藩“独立”，但遭到五藩藩主拒绝，加上三国干涉，此事遂中止。

1900年，义和团运动爆发，不久八国联军攻入北京。五藩藩主暗通东南互保诸大员，坐视俄军占领东北大部以及日、俄军队经五藩领地开赴北京，推翻了善耆汗。事后清廷亦不敢怪罪，只是愈加不信任五藩而已。

1901年，善耆汗因支持义和团运动，被迫在签订《辛丑条约》后退位为太上皇，让位给皇太子宪章汗。嗣后清廷开始推行一系列改革措施，史称清末新政。

清末新政中，撤藩设省的议论不断。五藩藩主见大势所趋，也一度表示赞同，并且纷纷提出自己的撤藩方案。但是清廷不加重视，一味闭门造车，忽视五藩的利益。

1904年，日俄战争爆发。日、俄双方在五藩领地上大战，清廷不能制止，竟然划设交战区，表示局外中立。五藩上下官民皆有遭到清廷出卖之感。

1907年，清廷撤藩设省，建立奉天省，将五藩领地分别改为锦州府、辽阳府、海城府、抚顺直隶州、铁岭直隶州等三府二州。但是清廷对五藩安置不周，引起官民不满。此后，五藩藩主利用自己手头残存的经济和军事实力（其所部练军皆被改编为巡防队），积极支持立宪派，要求召开国会。更有甚者，定南亲王孔兴祖在其子活动下，秘密加入了同盟会，暗中支持革命。

1911年，辛亥革命爆发。孔兴祖参加了蓝天蔚领导的奉天起义，被推为辽东省都督。但是不久清廷北洋新军在其他四藩支持下反攻奉天，孔兴祖和蓝天蔚一起弃城逃到烟台，加入了烟台的山东军政府。但是，吴继忠等人控制奉天政局后，也没有积极支持清廷镇压南方的起义，反而上奏清廷，主张由袁世凯出面担任总理、跟南方民军议和。不久宪章汗在内外交困之下退位，大清国灭亡。

后面比较敏感，不再继续推演。