明朝时期的新疆在当时还是有很多少数民族分别统治的地区，经常分裂成好几个小国家各自为政，彼此争斗不休，父子兄弟之间也经常争权夺利

明朝疆域不是特大。新疆没能直接控制。不是被外族占有，就是半D（）l。

基本上没什么状态吧

公元1391年，哈密归顺明朝。公元1404年，明朝册封哈密王帖木尔为忠顺王，赐金印。此后，又册封了别失八里王、亦力把里王、吐鲁番王、瓦剌王，并颁发了印信。明朝中期，中亚河中地区陷入战乱。新疆出现三个割据政权。一是活动在天山北路的瓦剌蒙古部建立的准噶尔汗政权。二是天山南路的吐鲁番苏丹政权。三是喀什噶尔苏丹政权。这三个割据政权都承认明朝中央政权。公元1513年底，喀什噶尔苏丹政权灭亡。公元1514年，赛依德在叶尔羌建立叶尔羌政权。公元1516年，吐鲁番苏丹政权臣服叶尔羌政权。

明代在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设置俄力思军民元帅府；
1406年，又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。
洪武三年（1370年）察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里（今吉木萨尔北破城子），
永乐十六年（1418年）迁都亦力把里（今伊宁）。
15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，
1514年再度被并，明朝最后退守嘉峪关。
明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。