其实，严格来讲，南明既然不是清朝，自然算是大明帝国的一部分，但是南明与东晋、南宋相比历时太短，地盘太小，难以相提并论。东晋、南宋都享国百年以上，虽然在军事上不如北方强盛，但在经济和文化上都超过北方，历来被视为中华正统。而相比之下，南明在朝政上几乎没有正式的、稳定的行政体系，在地盘上没有稳住半壁江山，在文化上也没有建树，南明虽然传了四帝，但最长也只有十九年（郑氏在台湾虽然长期使用南明国号，但实际上最不听南明的指挥，也最局促台湾一地，不能视为南明政权的延续）。还有一个重要原因，就是南明的内斗太厉害，从弘光到永历，从建立之初到灭亡，都继承了晚年党争的恶习，先是阉党与东林之争，后是对归附的起义军的贬低和不信任，政治黑暗，腐败，内讧不息，辜负了大明遗民的期望，所以很多人，包括一些严肃的历史学家，也把南明视为清初地方割据的小政权。

不能算。严格来说南明政权是明朝的延续，但不能算明朝。

按这种称朝标准来说，明朝在1644年随着李自成攻陷北京以后，代表着全国性政权的结束。而南明属于割据政权，是根本不能算在明朝之内的。

对于南明政权的定位应该是明亡之后的延续政权，因为无固定疆域固定都城，存在时间又短，都没有南北对峙过，所以不能算入明朝的。

行政区划

明后期及南明时期由于督抚逐渐成为实际上的地方最高军政长官，最高一级地方行政区划事实上已不是两京十三布政司，而是十几个总督、巡抚辖区。从本质上讲，督抚辖区是一种处于向正式政区过渡阶段的“准政区”。

直至清朝康熙初年，总督、巡抚才成为正式的地方最高军政长官，其辖区才与省的界线完全调整一致，从而成为正式最高一级行政区划。处于“准政区”状态下的督抚辖区与正式政区相比较，存在着许多不同之处。

南明不算明朝。严格来说南明政权是明朝的延续，但不能算明朝。只是明朝灭亡后天下几方势力中最为正统的割据政权。

南明（1644年-1662年）是明朝京师北京失陷后，由明朝宗室在南方相继建立政权的合称，历时18年。
崇祯十七年（1644年），李自成起义军攻占北京，崇祯帝朱由检在煤山自缢。随后清兵入关，明朝宗室及文武大臣大多逃亡南方，此时淮河以南名义上仍属明朝。
同年福王朱由崧监国南京，之后称帝，改元弘光。随后清军快速南下，围攻扬州，扬州城池破。不久南京陷落，弘光帝被俘。

弘光元年（清顺治二年，1645年），唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，在福州称帝，改元隆武。隆武帝采取了联寇抗清政策，黄道周发动了短暂的北伐，但随着郑芝龙降清，局势恶化，隆武帝被俘后绝食而亡，清军迅速占领东南大部。
隆武二年（清顺治三年，1646年），桂王朱由榔在肇庆称帝，改元永历。后在局势危机的情况下与大西军余部联合起来。
郑成功在东南沿海也乘势崛起，东西两面打击清军，抗清局面出现了高潮。但是随着三王内讧和清军加大进攻，明军滇黔防线被清军迅速击破。
永历十五年（清顺治十八年，1661年），缅王莽白将永历帝执送清军。次年，永历帝在昆明被杀，南明政权最终灭亡。清康熙二十二年（1683年），延平王郑克塽降清，清军占领台湾。