军与兵并存，是明代独特的军事制度，他们有很大的区别。

组织形式不同。军属卫所，卫所军及官世袭，仅五军都督府官及都司不世袭。卫所军及官属军籍，携带家属，世居一地，并代代相传，基本上不再变动。每一卫所的驻地、军士数额都固定，官员设置也有定例。

兵属营，兵一般不世袭，但由卫所军转为兵的人除外。兵没有户籍的规定，服役期限不长，一般不终身服役。兵大多在战时招募，战争结束则汰兵撤营，但在重要的军事防御卫则常川戍守。营兵不随家属，更接近现代兵制。营伍官一般无品级，无定员，营兵与营将共同操练，战时不需要朝廷任命，直接由总副参游统带出征。兵可由高级将领自行召募。

饷银不同。军饷由屯田解决，若屯田荒废，就用盐课及民运补给。而兵的粮饷全数来自京运年例银或加派新饷。除来源不同，数额也不同，兵的饷银有多种，月粮也较丰厚，军只有月粮，战时或出征时才有行粮。

使用不同。兵主要出征，军主要防守御敌，且军的作用渐渐被兵替代，但两者一直并存，卫所制一直到明朝灭亡。

明营兵制与卫所制官职常有同用的情况。一般来说，总兵、副总兵由公侯伯等勋臣及都督等官充任，参将、游击多由都指挥使等官充任，守备、把总则由卫指挥及千、百户充任。

到了明后期，卫所军尽数逃亡，留下的老弱病残不足为战，这也导致明朝派不出像样的军队，最终灭亡。

的主要来源是从卫所官中抽调。由于卫所官调任为营官很普遍，卫所官职中的都指挥使司一职，为营制借用。卫所制中的都指挥使司，为地方卫所的最高官员，但都司一职作为营官，职别则相当低，仅高于守备一级，在总、副、参、游以下。来自于都司中的营官，被革职后，即回到原卫所。
明代的营兵制是一种不成熟的兵制，有明一代，一直处于不断发展，不断调整的过程中，直到清代，这一过程才告结束，清代的绿营兵制即是对明代营兵制的直接继承。 募兵作为救急良策在全国广泛采用，人数众多，在明朝军队中占有相当大的比重。嘉靖东南倭患，使用了大量募兵，人数不下数十余万。这一时期募兵与政府是雇佣关系，因此，嘉靖以后的募兵已不再像明中期的募兵用免户丁徭役和免租粮的形式进行优免了，而且只免本身差徭。
募兵不等于营兵，募兵是营兵的主要来源，但有部分募兵隶于卫所。由卫所官召集的募兵一般隶属卫所，卫所官负责召募，经督抚批准即可。隶属于卫所的募兵有两种情况，一是不入卫所军正额，由卫所代管，二是卫所军被抽调到别处使用，以募兵来补足原额。 ，由小旗、总旗、百户、千户、卫指挥使、都指挥使，上而至五军都督府统辖。卫所军及官世袭，仅五军都督府官及都司不世袭，为流官，由世职卫所官及武举选授。卫所军及官属军籍，携带家属，世居一地，并代代相传，基本上不再变动。每一卫所的驻地固定，军士数额固定，将官设置亦有定例。总之，卫所制下权力分散，兵将分离。但景泰以后，兵部权力上升，兵部尚书总督军务，夺五府之权，五府官变动虚衔。
兵属营，由什长、队长、哨官、把总、守备、都司、游击、参将、副总兵、总兵统属，直属兵部。兵一般不世袭，但由卫所军转为兵者例外。兵无户籍的规定，兵服役期限不长，一般不终身服役，多战时创设，事毕汰兵撤营，但在重要的军事防御卫则常川戍守。营兵不随家属，更接近现代兵制。营伍官无品级，有者则是卫所制下的官品，无定员，不世袭。营兵与营将相习，战时不需要朝廷任命，直接由总副参游统带出征。将权相对提高后，兵可由将自行召募，召者与被召者关系密切，甚至在主将发生变故时，兵即散去。
军与兵在饷给形式及数量上也不相同。军饷由屯田解决，屯田废坏后，补以盐课及民运，后亦部分取给于京运年例。而兵之粮饷全数取足于京运年例银，或加派之新饷。数额也不相同，兵有安家、马价、衣装、器械等银，月粮也较丰厚，而军只有月粮，战时或出征时才有行粮。
军与兵在使用上也不相同。兵渐渐取代了军的作用。兵主战，军主守、主屯。“兵御敌而军坐守，兵重军轻，军借卫于兵，壮军乃复充兵”。但兵并没有彻底取代军的地位，卫所制一直到明朝灭亡。清初改卫所军为屯丁，部分保留了漕军的职能，卫所作为一个军事组织才彻底消失，而卫所作为一个地理单位而行政管辖机构取消的时间则更晚。
明营兵制与卫所制官职常有同用之情况。一般(不很严格)地说，总兵、副总兵由公侯伯等勋臣及都督等官充任，参将、游击多由都指挥使等官充任，守备、把总则由卫指挥及千、百户充任。
洪武年间的48卫所还只是一种备操编制，到永乐以后72卫所的五军营和以前在性质上有所区别，不仅是备操编制，同时还是战斗编制，如永乐八年以后的北征。
参将、游击将军等职，早已有之。太祖北伐之时就在正将军、副将军下置，为出征体制之常设官（常以总兵加将军衔之举）。只不过明初出征之兵常由卫所调发，待中叶以后营兵制成，乃分两途，殊不为怪。
明中叶以后卫所军逃亡甚大，正统二年九月兵部统计，天下都司卫所逃亡军士达120万人，相当于全国额定兵员的一半左右。而至正德，据兵部尚书王琼估计卫所逃亡数已占额数的十之八九。逃亡者多为精壮，未逃者尽是羸弱，故卫所军毫无战斗力，不难理解。
镇戍兵的营制看来没有统一，从总兵到把总均可独立成营，人数参差不齐，编制规模悬殊。比如：
《明经世文编》卷四一六中言：“五十人为队，队有管帖二人。五百人为司，司有把总一人。千人为哨，哨有干总一人。三千人为营，营有中军一人。”同书中的卷二五二中又言：“伍人为伍，二伍为什，外立什长一名。三什为队，立队长一名。三队为哨．外立哨官一员。五哨为总，外立把总一员。五总为营，俱属主将一员”。
何良臣的《阵纪》里称：“臣之编法，五人为伍，五伍为队，五队一百二十五人为哨，五哨六百二十五人为总，五总三干一百二十五人为营，五营一万五千六百二十五人为镇。”
嘉靖年间，山东镇戊军基本上以3000人编一营。据万历《明会典》记载，“嘉靖三十二年(1553年)议推，将山东民壮快马步精选六干，分为二营”。嘉靖四十二年(1563年)，“又议准，山东民兵自四十三年正月为始，务选足三干之数，推参将一员训练”。
戚继光在隆庆年间(1567年一1572年)以都督同知衔总理蓟州、昌平、保定、辽东四镇练兵，以其步兵营为例，即按部、司、局、旗、队序列编制。以12人为一队，每队设队长1人；3队为一旗，每旗设旗总1人，全旗官兵37人；3旗为1局，每局设百总1人，官兵共112人；4局为一司，每司设把总1人，官兵共449人；2司为一部，每部设千总1人，官军共899人。3部为一营，设将官1人，中军1人，火器把总1人，加上部以下官兵2697人，总计全营2700人。