明朝内阁制强化了君主专制制度。内阁制度随着皇权的高度强化而建立，权利的来源，由君主所授予，对君权的制约作用有限。事无大小，内阁都要秉承君主的旨意行事，遂成为君主加强专制的工具，因此明代的君主专制比前代尤甚，助长了君主专制。
形成了明代宦官的专权。明代内阁因缺乏法定的地位和权力，只是政务的辅助机构，通过票拟、修旨来辅政，但大学士的票拟最终要通过皇帝的朱批，而明代的司礼监秉笔太监掌章奏文书，宣宗时大臣章奏除皇帝亲批数本外，皆由司礼监秉笔太监参照内阁的票拟披红。宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，不亲政事，不见大臣，又把太监当作心腹委以重任，朱批便由秉笔太监处理。司礼监便凌驾于内阁之上，内阁权力仅止于票拟。无论皇帝亲自掌权或者是假手于司礼监代批，大学士只能承旨办事，由是司礼监便趁机窃柄专权。明之阁臣即使有理想，有主张者，也必须先勾结宦官不可，否则一切政事都受到宦官阻梗，不能上达皇帝，如张居正为有明一代能臣，其任首辅时亦要密结司礼太监冯保，才能策动当时的政事。至于阁臣之不肖者，更争相谄媚逄迎宦官，助阉为虐，狼狈为奸，助长宦官的气焰。综观明代宦官为祸之烈，实与废相后，内阁无实权，加上君主过于宠信宦官，使宦官得以居中用事所使然。
演成朋党倾轧。明之内阁上受君主箝制，内受宦官操纵，阁臣之欲握权柄者，皆不免以不光明之手段得之:一方面要交结内监；另一方面则又须倾轧同列之大学士，遂演成朋党之祸。即在明代内阁权任处于最高峰时，阁臣间为争夺”辅“地位，往往互相倾轧，愈演愈烈，甚至不惜朋党台谏，依傍宦官，世宗时之严嵩任首辅，威权不可一世，但却为阁僚徐阶所倾到。张居正在万历元年出任首辅，也是因为内结司礼监冯保，逐高拱得来的。阁臣倾轧之剧烈皆因明代内阁没有正式的权力，没有合法的地位而引生的流弊。
导致政风因循。明代阁臣绝大多数是由进士而翰林，而拜命入阁，他们大都是十年窗下，久在翰林苑，舞文弄墨之士，并无实际的政治经验，一旦入阁，大都昏庸而无识见，阁臣为保官秩，大都庸庸碌碌，而很少勇于任事，敢作敢为。由于明代内阁受所处的地位和职权的限制，权力由皇帝授予，而宦官又居中窃柄，阁臣于是只能对皇帝唯唯诺诺，对宦官俯首听命而不敢有违，一辈阁臣都碌碌无能，遂使政风因循腐化。再至张居正之循名责实，积极有为，却不免被目为越权专政，非议四起，死后更落得削爵抄家的下场。继之为政者，惩张居正之败，多随俗浮沉以求免祸，唯取媚皇帝以巩固权力，于政事则无所主张，政治遂因循积弊，日甚一日。
总而言之，“有明之无善治，自高皇帝之罢相始也” 。在某程度上是有其道理的。因为没有宰相，令皇权失却制衡；加上内阁无合法性；故无实权；事事听命于皇帝，造成君主独裁。如遇上昏庸之主，又会导致宦官为祸。而且内阁首辅为求争取权力，往往依附宦官，排挤异己，更助长了宦官的气焰。由此可见，明内阁的出现与其政局的发展有着密切的关系，而且影响深远 。