一种说法是：太子朱慈烺兵荒马乱之中失踪。却说亲信太监接受崇祯皇帝嘱托，藏匿了太子等三人。李自成进入北京后，发布悬赏令，寻找这三个重要人物的下落。太监见利忘义，为重赏所诱，很快交出了三人，邀功请赏。李自成鉴于他们还未成年，没有处死他们。太子乘机向李自成提出三条建议：第一，不可惊动祖宗陵寝;第二，迅速安葬父皇、母后;第三，不可杀害百姓。从以后的事态发展来推断，李自成似乎接受了这些建议。李自成出征山海关兵败后，把太子等三人，交给了吴三桂。多尔衮命令吴三桂不得进入北京，向西追击李自成，吴三桂不得不把太子等送到太监高起潜处暂时落脚。随着政权的迅速更迭，兵荒马乱之中，太子等三人便不知下落了。

第二种说法是：被清廷捕获杀害。崇祯太子一行三人后来到了外公周奎家中，还和长平公主见过一面，大家抱头痛哭。皇亲周奎害怕引来祸水，便将他们逐出家门，被巡逻的士兵逮捕。叫来太监辨认，都说是真太子，于是把他们送入宫中，考察他们对宫廷的熟悉情况，都对答如流。而一些投靠清朝的前明官员为了避免麻烦，极力证明太子是假的。一时间众说纷纭，真假莫辨。摄政王多尔衮的态度很明确，不必继续争论，真假都无妨。随后处死了主张太子是真的官员，又在次年四月初四，公开布告天下，说太子是假的，然后把他们秘密处死。清朝廷为什么这么做呢?因为不愿意承认前明的太子，果断处死，是为了避免改朝换代之际引起民心动摇。

这种说法在《石匾书后集》中的《烈帝本纪》及《太子本纪》中均可看到，应该说是符合历史真相的。但是，又有记载说后来太子在南方出现了，与此种说法似乎矛盾：慑于多尔衮的命令，吴三桂不得进京，他在途中释放太子，在皇姑寺把他交给太监高起潜。高起潜和太子前往天津，由海路抵达扬州。他发现南明当局并不欢迎太子，想杀死了事。他的儿子高梦箕(原任鸿胪寺少卿)极力反对，挟太子渡江，辗转来到苏州、杭州。

这时候已经当了监国的朱由崧，听说崇祯皇帝的太子前来投奔，十分害怕，因为如果证明这个少年真是太子，他就得归政，于是朱由崧打定了主意，坚决不承认前来投奔的少年是真太子。但是无论在朝廷上如何盘问，少年都对答如流;从北方逃过来的老太监也都指认少年确实是太子朱慈烺，尽管如此朱由崧还是一口咬定少年是假扮太子，不由分说把他关进监狱，并将知道内幕的一些大臣毒死。据说，后来清军攻破南京，太子朱慈烺被押回京，在北京被清朝当局处死。清朝方面的行动，使真假太子之谜又蒙上了一层政治色彩，更加难以辨别了。

明遗民陆圻《纤言》，简略版
真太子--南太子
吴三桂击败李自成救出太子，把太子隐匿于皇姑寺，太子自荐高起潜被带到淮扬，起潜奉弘光朝廷密诏欲杀太子，其侄高梦箕曰不可，挟太子渡江，太子南渡之事在弘光朝廷中传得人人皆知，弄出了辨别太子真伪的南渡太子案，太子被定性为王之明假冒，南京失陷后被多尔衮抓获杀之。
永王--北太子
北京失陷后，永王久潜民间，甲申九月，出求见袁妃、长公主，相抱持大恸，多尔衮殿中勘之，言宫中事颇合，以讯内官，莫敢认者。呼旧侍卫锦衣卒十人讯之，咸言是永王。多尔衮杀之。
定王--朱三太子
李自成被吴三桂打败后携定王至荆襄，又被左良玉军冲散，定王入左良玉军，左良玉不知，左良玉被黄得功所败，定王被功部下黄蜚所救，以实告，蜚秘其事。明年五月，得功亡，蜚携走太湖，遇江西乐安王，蜚托之。定王辗转江西、闽、湖广、江南，当过和尚、结过婚、穷困潦倒，遇江宁赵同知，当涂知县带到太平，随到江宁。

献愍太子朱慈烺，母周皇后，崇祯二年（1629年）二月初四日生，1644年李自成封为宋王，李败退时不知所终。
怀隐王朱慈烜，母周皇后，崇祯二年十二月初三生，不久薨，崇祯三年追封，五年正月二十二日葬于翠微山之原
定哀王朱慈炯，母周皇后，1644年不知所终。
永悼王朱慈照，母田贵妃，1644年不知所终。
悼灵王朱慈焕（1633年－1708年），母田贵妃。康熙四十七年被捕，康熙以“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心”为罪名遭处死。
悼怀王朱慈灿，母田贵妃，崇祯十年生，崇祯十二年三月二十七日卒，追封，同年九月十六日葬翠微山之原。
悼良王，母田贵妃，三岁殇。

据《明史·诸王传》记载崇祯帝一生共生有七个儿子。李自成攻陷北京之时，皇太子朱慈烺十六岁，皇三子定王朱慈炯十四岁，皇四子朱慈炤只有十岁。除了这三个儿子外，崇祯帝的其他儿子都是早夭。崇祯帝为给大明保留一丝血脉，让儿子们都换上平民衣服，由太监护送逃出北京城。临死，他还写下遗诏，要求各地官员协力辅佐太子，重振大明。

崇祯皇帝之子
献愍太子朱慈烺，母周皇后，崇祯二年（1629年）二月初四日生，1644年李自成封为宋王，李败退时不知所终。
怀隐王朱慈烜，母周皇后，崇祯二年十二月初三生，不久薨，崇祯三年追封，五年正月二十二日葬于翠微山之原
定哀王朱慈炯，母周皇后，1644年不知所终。
永悼王朱慈照，母田贵妃，1644年不知所终。
悼灵王朱慈焕（1633年－1708年），母田贵妃。康熙四十七年被捕，康熙以“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心”为罪名遭处死。
悼怀王朱慈灿，母田贵妃，崇祯十年生，崇祯十二年三月二十七日卒，追封，同年九月十六日葬翠微山之原。
悼良王，母田贵妃，三岁殇。

崇祯皇帝的儿子没即位,而是福王的儿子在南方建立了南明小朝廷 ,宏光政权和隆武政权.在李自成的大军攻进皇宫后抓到了崇祯的3个儿子,李自成并没有立即杀死他们，而是带着他们打起“克复神京、奠安宗社、乾坤再整、日月重光”旗号,去征讨和他作对的吴三桂。为的是以皇子来要挟吴三桂——李自成自然不会知道吴三桂后来对南明永历帝的所作所为，否则的话绝不会想出这个笨主意。在山海关，李自成被吴、满联军击败，接着一败再败，三位皇子却奇迹般的活了下来，并摆脱了大顺军，走上了各自不同 但最后殊途同归的路。说殊途同归，是因为三位皇子虽然相差了几十年，但最后都死在满清朝廷手中。先说皇长子，也就是太子朱慈烺，他的身份最尊贵，运气和遭遇也最差。从大顺军中逃出后，可能是因为要寻找亲人，他回到了已经掌握在满清手中的北京，找到了自己的外祖父周奎，寄居在周家。并和自己的姐姐，那个被崇祯帝砍掉一只胳膊的长平公主重逢，姐弟俩抱头痛哭。然而周家人都是势力小人，哪里会保护安置这位烫手山芋？太子的舅舅周绎出面，要刚住了两天的太子马上走人。在乱军当中吃够苦头的太子早就一肚子怨愤，又见到这些臣子加亲人的不忠不义，哪里还压得住火？与自己的舅舅大吵起来，以至于双方拳脚相加，终于惊动了邻里和巡捕，周奎见已瞒不住，便把自己的外孙子举报了。清摄政王多尔衮无端的抓住了大明未来的真命天子，按说应该是喜出望外，可事实上明太子的落网并不那么简单，无论是杀是留都很麻烦。作为外来入侵者，满清一方面为了收买人心，可以礼葬崇祯皇帝，可以善待所有不再抵抗的人，另一方面对于他们一统中原的障碍决不会手软。可明太子正好处在这两种态度的矛盾之中，若是留着他，明朝的忠臣义士就会心怀希望的打着他的旗号前赴后继。可如果杀了他，满清精心炮制的“为明朝报君父之仇”的幌子就会不攻自破。多尔衮不愧是精明的政治家，他很快想出了一个一箭双雕的好主意，那就是——让人指出太子是假的，以“冒充太子”之罪将太子杀掉。于是，一场“认证真伪太子”的闹剧上演了。首先是亲人指认，太子外公周奎和舅舅周绎，自然领会了摄政王的上级意图，一口咬定太子是假冒的，长平公主坚持说是真的，被周奎打了一个耳光后也不再说话。原太子的侍奉太监里，有几个不知天高地厚的指认是真，马上被处死，剩下的也就承认是假的了。连曾经是太子老师的原内阁大学士谢升也指出是假。虽然太子当众说，谢先生，某年某月某日，你讲书时说过某事，现在还记得吗？弄得谢升哑口无言，怏怏而退。但结果已经出来了，太子是假的。还有人上表坚持说是真的？好办，杀!一口气杀了十五个争辩的大臣，终于没人敢说话了!太子在被押上断头台的时候也许明白了，他来北京是看到满清礼葬他的父皇，才以为也会厚待他的，可父皇受到礼遇是因为死了，而自己是活的。他终于连一个以前朝太子的身份去死的机会都没有了。（以上史实出于《石匮书后集》和《甲申传信录》）皇三子定王朱慈灿，一直以来下落不明。到康熙18年三藩之乱快要平息时，定远大将军安亲王岳乐，在湘中抓获了一帮乘乱招兵买马的草头王，审问后发现他们还有同党，是一个还俗的和尚，自称叫朱慈灿。抓获后，发现供述的情况与真正的皇三子情况极为相像。与顺治8年、12年、13年、16年和康熙12年打着“朱三太子”旗号起义诸多皇三子大不相同，完全有可能是真的朱慈灿。这回，清朝政府可比刚入关的时候成熟多了，康熙皇帝像弹灰一样漫不经心的说道：“彼时朱慈灿年甚小，必不能逸出，今安得尚存？大约是假。”便决定了这位“朱三太子”的命运——以一个打着太子旗号的混混的身份杀掉。（《八旗通志》和《清圣祖仁皇帝实录》有载）最小的皇四子永王朱慈焕应该是兄弟姊妹中最幸运的一个，在大顺军中与两个哥哥失散之后，与一位姓毛的将领逃到了河南，种了一年地。后因为清政府清查“流贼”，姓毛的逃走，他只能一个人流浪。后在凤阳遇到了一位前朝姓王的给事中，老给事中念及皇恩，将他收养在家，并让他改姓为“王”。在王给事中去世后，朱慈焕又过上了流浪的生活。在浙江又遇到了一位前朝姓胡的官员，这位胡大人也是个心念故国的人，便将自己的女儿许配给他。从此朱慈焕以余姚“王士元”为名，靠教书为生。到了康熙47年，他已经七十五岁，并且组成了有一妻一妾，六子三女，一个孙子的大家庭。他对于自己的身世一直守口如瓶，但作为明朝皇室的嫡系子孙，他最终也没能摆脱高人一等的意识：他按皇家的传统，在为所有的儿子取名时以“和”字排辈，最后一字还都是带有土部的怪字。这些举动逐渐为人们所注意，一位念一和尚在浙东起义时便打出他的旗号。这终于使这位隐藏了几十年的前明皇子遭到了灭顶之灾。化名王士元的朱慈焕全家被捕，他的男性家人无一漏网，妻妾和女儿都自缢而死。

崇祯帝在做出以身殉国的决定之后便提前将儿子全部送走，不过他并没有将女儿一同送走而是要求她们同她一样殉国。不过被送走的儿子后来均不知所踪，而被要求殉国的女儿则一死一伤。

崇祯子女结局十分的悲惨，两个女儿只有长平公主活了下来，太子和三皇子失踪了。虽然崇祯皇帝一生都勤理政务，但是还是无法救回将亡的明朝啊！

崇祯的子女在明朝灭亡之前就有些已经死掉了，等崇祯死掉之后，他的儿女也都跑的无影无踪了，也不知道下落。

崇祯为了避免妃子和公主遭到侮辱，提前将众妃子赐死了，女儿也被他杀死了。

几位子女的结局都不太好，崇祯的几个人本来在李自成进京的时候稍微待遇好点，但是李自成在失败之后他的几个儿子就失踪了，唯有一个大女儿在李自成攻打进北京城的时候得以逃走。