中世纪大学，在入学时间和学习年限上没有十分严格的规定。最初教学均为单科，后逐步完善为文、法、医、神四大学科。学生进校后须先在文学科学习数年，主要内容为七艺及亚里士多德的著作，学完全部课程后，通过考试和公开答辩，就可取得文科教师认可证书(文学硕士)。通过文科学习，既是获得文科教师职位的先决条件，又是进入专业学习的基础。取得文学硕士的人可以选学法律，医学或神学，分科的专业学完后，则可获得博士学位，或教授认可证书。授予博士学位要在教堂或校园外的场合举行公开认可的隆重仪式。获得者由同学、亲朋好友伴随，以鼓手乐队为前导，吹吹打打来到礼堂，先用拉丁文发表演说、辩论，然后由辖区副主教颁给学位证书，最后在象征讲座的椅子上坐下，以后便可以当教授了。最初的学位都是为当教师的人准备的。后来，大学为了满足不准备任教学生的需要，增加了其他的学位，学位便成了具有一定大学教育水平而欲谋职业之人的学业证明。

中世纪大学的学习方法主要是听讲、记笔记和参加辩论会。教材多是古代传下来的一些名著。每天清晨，学生们到教堂做完弥撒，就去教堂上课。教师一边诵读教材，一边加以解释，不允许学生怀疑，也极少实验。即使是医学教学也不进行活体解剖，更绝对禁止做人体解剖，教师只能从阿拉伯的医书上引用某些解剖学知识。辩论是大学学习最重要的部分，也是中世纪大学生习以为常的活动。所有获得学位的学生都必须经过公开答辩，来证明自己获得这个学位的权利。巴黎大学组织辩论会，主要是本校师生参加，有时也邀请其他大学的教师来辩论。辩论时，辩论者提出某些命题，听取反对意见，并驳斥这些意见。当时，很多参加辩论者达到了较高的水平。例如：有一次，一个英国牛津大学出身的硕士来巴黎大学参加辩论会。他听取了二百多条反对意见，竟能全部当场记住，并且立即依次加以反驳。辩论会常常是在热烈的气氛中进行，当辩论达到高潮时，激动的双方面红耳赤，甚至会扭打起来。

中世纪大学的教学方法主要是讲读和辩论。在印刷术传至欧洲之前，书籍靠传抄，因而价格昂贵，购买困难。教学时常由教师诵读教科书原文及其注释，学生记录。有时老师也加以评论。辩论是由两名或两组学生对辩，以培养学生敏捷的思考能力和练习推理方法。

中世纪欧洲大学一般设有文、法、医和神学等4种，有的大学分设两个法科(教会法与民法)。宗教改革运动之后，有的大学又分设两个神科(新教和旧教)。

大学生刚入学时称为bejaunus，意为新生。经过一段学习后，可以成为baccalaureus，意为学士，学士只是一种获得教学证书的侯补者的资格，不是学位，待修完全部大学课程后，经考试及格，可得硕士和博士的学位。当时硕士和博士学位没有什么程度的不同，它们的区别只在于：硕士考试不公开，合格者发给证书，取得教学资格；博士考试则公开举行，有隆重的仪式。考中者，到主教所辖的地区，由副主教赐给学位，只要取得硕士和博士学位，就都称之为“教授”。一个学生要取得硕士或博士学位，一般需要花费3～7年时间。

在这个时期，英国的牛津和剑桥大学，法国的巴黎大学，奥地利的维也纳大学，西班牙的萨拉曼加大学成为国家的巨大荣耀；威尼斯的帕多瓦大学和佛罗伦萨的大学又是城市的骄傲所在；海德堡大学、科隆大学、图宾根大学、那不勒斯大学则分明是领地发达的象征；而克拉科夫大学、布拉格大学、哥本哈根大学、乌普萨拉大学又是弱小民族独立自强的希望。大学的建筑辉煌，大学的规模也急剧增大。尽管专制王权和反宗教改革的势力想尽办法绞尽脑汁还要给大学套上新的桎梏，但大学冲破了重围，科学、文化的发展又向前历史性地迈出了一大步，大学的师生在后来的两三个世纪为人类的发展作出了巨大贡献，百倍于前人。