对于儒教是否是一种宗教历来有争议。反对者的意见如果归结为一条，就是说儒教不具有一般宗教的特征。比如：儒者一般不信鬼神，儒教无宗教组织和宗教仪式，儒教无彼岸世界等等。实际上儒教是有宗教组织和宗教仪式的，儒者信奉上帝（天）。依儒经，上帝“作之君、作之师”，教给君师的任务，不是让他们带领人们到上帝的世界里去，而是要他们“克相上帝，宠绥四方”，即辅佐上帝，把天下治理好。这只是教义的不同，并不是教与非教的分水岭。1902年以前，儒者们一致认为，儒教是和佛教、道教、回教、基督教一样性质的宗教，区别仅仅在于儒教是“圣教”，而其他的不是。 第二次争论发生在20世纪初叶。康有为主张改革儒教，他的学生梁启超追随他的主张，在湖南自强学堂讲学，力主儒教就是宗教。但是变法失败以后，梁于1902年发表《保教非所以尊孔论》，认为儒教不是宗教。梁的意见立刻遭到他的老师康有为的强烈指责，但是未能改变梁的主张。从此以后，儒教不是宗教的观点就逐渐流行开来。另一个流行观点是道家非道教说。
10年后，即1912年，中华民国成立，蔡元培出任教育总长。在此以前，蔡元培曾经不止一次发表文章，包括他在德国写的学位论文，都曾明确主张儒教是教。在担任教育总长后，他首先取消了学校中保存的尊孔读经制度，不久又明确宣布儒教不是宗教，并且主张用美育取代宗教。
数年后，陈独秀创办《新青年》杂志，并在该杂志上多次著文，明确指出儒教之教只是教化之教，而不是宗教之教。
这次争论，儒教不是宗教的主张以绝对优势取得了胜利。从此以后，儒教不是宗教，中国古代是无宗教国，就成为中国学术界的定论，成为一切有关传统文化著作的立论基础。 第三次争论从1978年年底开始，任继愈先生在南京中国无神论学会成立大会上，发表儒教是宗教的演讲。后来又就此题目不止一次地发表演讲和文章，论证儒教是宗教。然而在近10年的时间里，几乎没有一人赞成，而只有任继愈先生一人在坚持着他的儒教是教说。
1986年，何光沪首先著文，支持儒教是教说，后来又有赖永海、谢谦、李申，相继以不同形式，公开赞成儒教是教说。到1999年，10余年间，有案可查的、明确支持“儒教是教”说的学者，加上任继愈先生，共5人。
1999年、2000年，李申两卷本的《中国儒教史》相继出版。支持者认为这是“中国传统文化研究领域里的哥白尼革命”，是“划时代的著作”。反对者认为该书是“国家级的豆腐渣工程”，是不通训诂、没有读懂古书的结果。激烈的争论持续了近一年，零星的争论至今仍然在进行。
围绕《中国儒教史》争论的结果，是更多的人接受了儒教是教说。其标志性的事件：一是国际儒学联合会与上海师范大学、中国社会科学院世界宗教研究所合作，召开了“儒学、儒教和宗教”的学术讨论会；二是中国社会科学院世界宗教研究所成立了“儒教研究中心”，国家宗教事务局局长参加了成立中心大会，表示国家最高的宗教研究机构和宗教管理机构，都正式承认了儒教作为宗教在中国历史上的存在；三是这个“宗教蓝皮书”，正式把儒教作为中国最重要的传统宗教加以研究和介绍。