这是朱元璋总结元朝灭亡的经验得到的结果，元朝灭亡主要是因为丞相权利太大，可以甚至可以废除或者拥立皇帝，对皇权是一个威胁，而且已经有这样的先例，就算后面将丞相改成后来的临时工性质，作为朱元璋这种开山鼻祖肯定也不放心。
因此先是废了丞相制度，但是一个人毕竟精力有限，所以找官阶比较低的人，作为大学士帮忙处理奏章，说白了就是奏章忙不过来，找人帮忙处理，但是这帮人随时可以换，也没什么地位，更不可能结党营私，大学士的意见顶多是建议，因为官阶比较低，可以理会也可以不理会，否定上来也不会太难，反正就类似于提意见的性质。

举个最简单的例子，如果你和另外一人同时掌握着一间房子的钥匙（必须二人同在才能打开），这个房间中有一定的财富，那么，你会与另一个人串通起来一起盗取财富吗？首先，你要判断财富有多少，值不值得冒这个险。然后，你要判断另一人是否也同样垂涎于这笔财富。再然后，你还要判断另一人有没有这个胆量去动这笔财富。最后，你还要搞清楚那个人是否在你提议后会出卖你或者想出一个好的主意即让他知道你可以和他伙同盗窃又不能让他抓到把柄。
在搞清楚这一切之前，那个人可能会被调离，换个人来。当然也可能是你被调离。而在搞清楚这一切后，你们的行动是否会被察觉，是否会成为后来人的警示都是问题。
任何完全防止串通的方法是没有的，即使三权分立也不行，但由二人以上共同参与时，会使循私的可能性急剧降低。只要皇帝勤换人就可以了。这和当前我们很多地方比如仓库要求二人同进同时的性质是一样的。
我晕，原来你是不是纠结于串通而是皇权，因为人事任免权和军队都掌握在皇帝手中，皇帝相让谁死就让谁死，别看奸臣们牛气冲天，死活皇帝一句话，所以皇帝掌权。

宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为“票拟”制度，又授予宦官机构司礼监“批朱”。票拟之法补救可君主不愿面见阁臣之弊，但内阁大臣与皇帝沟通，全赖司礼监（宦官）。由是开启明朝宦官专政之大门。为了加强对全国臣民的监视，明太祖还设立特务机构锦衣卫，明成祖又设立东厂，明宪宗再设西厂，合称“厂卫”，由宦官统领，终明朝一代,宦官和内阁的斗争都未停止。
每个皇帝都希望自己手下的人争，如果手下人不争，就该与皇帝争了。所以要让宦官和内阁相互牵制相互制约，皇帝从中协助。这是一种御人之术！ 从皇帝的角度，希望各个势力均衡而不是一家独大。

不对，明朝为什么有内阁你都没弄清楚。
其实朱元璋废除丞相以后，丞相的工作并没有任何人来接替，都是由朱元璋自己来做的。到了朱棣的时候，朱棣没有老爹那么勤奋，所以用内阁来协助办理，导致内阁实际上接替了丞相的职务。换句话说就是以前的一个丞相现在变成内阁的三个丞相，如果皇帝无能、太监不干政，那么内阁的权利就会无限大。如果此时阁老是个十分贪恋权利的人，而另外两个内阁比较无能，那么内阁首辅就是皇帝，比如张居正。换句话说，明朝以后皇权实际上比以前大了，就是所有事情都归皇帝管，但是明朝永乐以后的皇帝一个赛着一个懒，才导致大权旁落。好在明朝的三权分立和两京制拯救了世界，使得明朝有了315年的江山。
到了清朝，这种制度就更加明显的体现出皇权的优势，多尔衮、顺治、康熙、雍正、乾隆，包括嘉庆都是比较勤快的君主，所以清朝出现了“康乾盛世”，国民生产总值达到世界的一半以上。这些皇帝的皇权就极大，而内阁几乎没有作用。
你说的这个问题，就是冯保和张居正。但是除了这两位，剩下能配合的这么默契的搭档几乎没有。问题还在于这两个人都得得到皇帝的绝对信任。

内阁是在永乐时期建立的。
永乐虽有洪武一样独揽大权的野心和实力，但一次又一次的远征让他不能真正意义上地总揽政事（想象一下从京师到漠北运送文书的荒谬），于是一个帮助皇帝的“助手”机构——内阁就应运而生。