元至正二十六（公元1366年）十一月二十五，徐达率军到达平江，采用锁城法围攻张士诚的都城。

已经失去淮东、湖州、杭州、绍兴、嘉兴等大片领地的张士诚，已经无力和朱元璋对抗，朱元璋军队攻占平江指日可待。

十二月十二，朱元璋接受群臣的建议，“以明年为吴元年”（《明太祖实录》）；此前，小明王韩林儿突然淹死在江中。

朱元璋派水军将领廖永忠驾船去滁州接小明王韩林儿来应天府，行驶至瓜埠时，船翻沉入江中，韩林儿落水溺亡。

在这之前，朱元璋在军中一直使用小明王韩林儿的龙凤年号，小明王先后封朱元璋为龙凤政权的左副元帅、江南行枢密院同佥、江南行省平章政事、江南行省左丞相、吴国公。

元至正二十四（元1364年）正月，朱元璋在应天府自称吴王，仍然尊奉小明王韩林儿为皇帝，所有公文命令均以“皇帝圣旨，吴王令旨”的名义发布。

虽然如此，朱元璋一直以来“事皆不禀其节制”（《鸿猷录》），保持了实际上的独立。

小明王死后，朱元璋决定不再使用龙凤年号，以元至正二十七（公元1367年）为吴元年，以“奉天承运，吴王圣旨”的名义发布命令。

有一种说法认为，小明王的死并非意外，而是被廖永忠故意害死。

廖永忠原是巢湖水师的将领，元至正十五年（公元1355年）跟随哥哥廖永安投奔朱元璋，是屡立战功的水上骁将。

根据朱元璋第十七子朱权的著作《通鉴博论》，小明王韩林儿是被廖永忠沉溺于瓜洲江中的， “丙午岁，廖永忠沉韩林儿于瓜埠；太祖恶永忠之不义，后赐死”（《通鉴博论》）。

那么，廖永忠此举是自作主张，还是受人指使呢？

有一种说法认为，是朱元璋暗中授意廖永忠淹死小明王的。

元至正二十六（公元1366年）五月，朱元璋发布《平周榜》，声讨张士诚。

“误中妖术，不解其言之妄诞，酷信弥勒之真有。冀其治世，以苏困苦，聚为烧香之党，根蟠汝颍，蔓延河洛，妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，无端万状。”（《平周榜》）

在这篇檄文中，朱元璋指责白莲教为“妖术”、“妖言”，公开宣告与红巾军的决裂。虽然这篇檄文仍以“皇帝圣旨，吴王令旨”为开头，但是对于此时的朱元璋而言，小明王的存在已经没有意义了。

朱元璋身边最重要的谋臣刘伯温一开始便反对奉小明王为帝，认为朱元璋才是天命所归之人。“岁首，中书省设御座行礼，基独不拜，曰：‘牧竖耳，奉之何为！’因见太祖，陈天命所在”（《明史·列传·刘基》）。

这种说法认为，小明王失去了利用价值，所以朱元璋派廖永忠在从滁州去应天府的途中暗中害死小明王。

明朝洪武八年（公元1375年），廖永忠因而被降罪时，朱元璋问他是否知罪，廖永忠的回答颇耐人寻味，“天下已定，臣岂无罪乎”（俞本《纪事录》），朱元璋听后勃然大怒。

另一种说法认为，儒士杨宪为了邀功请赏，擅自揣测圣意，指使廖永忠害小明王。

明初朱元璋大封功臣，对诸将说：廖永忠在鄱阳湖之战时，力战拒敌，真可谓奇男子；然而，他让儒士窥测朕意，想要获封更高的爵位，所以只封他侯爵而不封公爵，“然使所善儒生窥朕意，徼封爵”（《明史·列传·廖永忠》）。

这里的儒士很可能是指杨宪，“及杨宪为相，永忠与相比”（《明史·列传·廖永忠》），可见廖永忠与杨宪的关系非同一般。

综上所述，小明王死时，朱元璋三十八岁，正值精力充沛的壮年，而且当时他的事业正处于快速上升期，有充足的信心能妥善处理各种纷繁复杂的关系；而小明王自始至终只是一个傀儡，对朱元璋构不成实质威胁，无论朱元璋身边的亲信部将，还是儒士谋臣，都不会在意小明王的举动。所以，朱元璋直接授意廖永忠害死小明王的可能性不大。