幕府每年为了贺年，派贺年使到京都向朝廷献银和蜡烛。这年(公元1701年)二月初，吉良义央作为贺年使晋偈朝廷。祝贺仪式结束后，便于2月29日回到江户。为此，朝廷派敕使柳原前大纳言资廉、高野前中纳言保春、院使清闲寺前大纳言熙定从京都来江户答谢。
3月11日早晨，浅野长矩和伊达的家臣来到品川驿迎接敕使和院使，计划在传奏殿下榻。长矩在前一天就将家具等搬进传奏殿了，近卫宫原总右卫门及家臣在殿里住了一夜，准备投入接待工作。12日敕使、院使登城，举行答谢将军的仪式。13日诸大名在城中宴请敕使、院使，并慰劳观看能乐。4日上午，因朝廷赏赐将军德川纲吉的生母桂吕院及嗣子而举行答谢仪式，所以这天城中很热闹。10点左右，根川与总兵卫赖照登城寻找吉良义央，接受招待朝廷使节等的任务，在松树走廊(因有画以松树的屏风而命名)的角柱拐弯处，根川与总兵卫赖照和浅野长矩遇见，根川与拜托长矩说，我作为一个答谢使者，在传奏殿向敕使、院使问候的时候请你多加指教。此时恰巧吉良义央过来，当众对根川与说：“不懂的话还是问别人，他什么都不懂。”义央对根川与布置任务后就走。长矩在旁听了此话，不胜愤怒，勃然变色，高声叫道：
“义央，等一下，前几天记得有什么宿怨吗?”并乘义央回头时拔刀向他头上砍去，刀砍在头盔上铿锵作响，额上受了伤。
“唉呀！”吉良义央喊了一声，正要逃走，肩上又被砍了一刀，鲜血直流。长矩还想用刀砍他，在附近的根川与急忙跑过来，从后面将长矩的脖子一把抱住，拖了回来，然后猛力拧住长矩的胳膊将他按倒。
司茶人和品川丰前守伊氏、吕山下总守义宁等闻得出事，便赶过来将不省人事的吉良义央送到樱厅急救治疗。与此同时，负责殿中警备的目付天野传四郎富重、曾根五郎兵卫长贤和诸大名也迅速赶来，没收了浅野长矩的凶器，将他带到柳厅休息廊外面，等候处理。 事件发生后，幕府立即对双方进行调查。阿部正武等五老中命令多门传八郎重共和近藤乎八郎重兴调查浅野长矩，命令目付大久保权右卫门忠镇和久留十左卫门正清调查吉良义央。因此在铁树厅的一边用屏风围起来审讯浅野长矩，另一边的屏风内审讯吉良义央。据长矩说，这不是一时冲动而发生的杀伤事件，对义央早就有怨恨，对将军则没有丝毫逆意，以后任凭处罪。义央则提出根本没有事情使长矩产生怨恨，完全是背叛上级。双方陈述完全不符，无法得出结论，只好报告老中和若年寄。老中再通过御侧用人柳泽保明，向将军纲吉报告。
幕府对这次在举行救使、院使的答礼仪式的日子里发生不敬不祥的杀伤事件十分痛恨，判处浅野长矩扣押在奥州一关领主田村右京大夫建显的邱宅，即日切腹，并没收领地，断绝家名。对方吉良义央因没有动刀，免以处分，在家养伤。
这样的判决是将军纲吉的独裁行为。纲吉被称为“犬公方”，在他统治期间士道颓废，贪污贿赂横行。因为纲吉的侧用人柳泽保明是吉良义央的亲戚，所以才出现如此不经详细调查的不公正的判决。当时目付众、若年寄、老中等幕府领导人曾一致主张再进一步研究，听听双方的口供再决定，但他们的建议没有被采纳。事件发生一小时以后，浅野长矩被用囚车送到芝的田村邱宅，晚上6点过后开始切腹。 公元1701年3月14日下午6点多，大目付庄田安利作为正使来到田村职宅，将浅野长矩唤来，宣读奉书(上级的文件)，然后宣布在院子里切腹。
当时切腹的习惯是，大名、旗本等的切腹在屋里进行，其部下则在院子里进行，不问罪行轻重。浅野长矩虽然犯了大罪，但他是播州赤穗藩53000石俸禄的高贵大名，在院子里切腹不符合身份。但庄田安利对田村家说，“这是老中的意思，让他在院子里切腹吧”。于是罪犯浅野长矩被带到院子里去了。
院子里铺满席子，中央是三条草垫，其中铺着毛毯。一般切腹场上围以竹篱笆，但这次没有安排，因事件发生以来只有七八个小时，时间上来不及。场上周围挂着灯笼，切腹席的左右放着两座白木烛台，以及放切腹刀的三方(仪式用的白木方桌，前、左、右三方有到形的洞)，此外还有盛放头的木桶和柄勺等。
一般切腹是在夜里进行，所以这次选择下午6点多的时间。这次切腹如此匆忙是有其原因的，因为老中之间有人反对，而且将军还不知道。不管怎样，不论在院子里切腹还是急忙处理都不是庄田安利的独断专行，而是上司的命令。
当时执行场上只有幕府的监督使，连田村家的人也不准进入。一般介错人(帮助自杀的人)有三名，即一名砍头，一名帮助，另一名捧头给监督使检验。切腹仪式化逐渐完备是在江户中期以后，最后作为武家的一种刑罚被固定下来。它作为一种“名誉刑”便只重视形式了，如扇子切腹，即用扇子代替短刀，当切腹人从“三方”上拿起扇子的时候，介错人便将头砍下了。或切腹的人脱光膀子伸手拿短刀而头伸向前方的时候，介错人便砍一刀。还有一种“十”字切腹，即切腹者用刀在肚子上划个十字，手伸人肚中将大小肠拉出来，扔在地上。这是一种最勇敢的切腹法。
却说浅野长矩一切腹，介错人矾田武大夫就砍头，亲自将头献给监督使检验。而献头也有形式，即右手抓住发髻拿着头，从尸体右边绕到监督使前面，先给他看右面，再换左手拿头，给他看左面。不过矾田武太夫是否按规定去做呢，恐怕没有那么从容吧。
这一切经一个小时完毕，庄田安利等监督使便离开田村邱宅，回千代田城向幕府报告。浅野长矩的尸体按监督使的命令交给长矩之弟浅野大学的家人。此外短刀、大纹(有大型家徽的衣服)、乌帽子三件东西也交给他们带去。 “主君切腹，家名断绝”这一噩耗终于传到了浅野长矩的故乡播州赤穗。赤穗面临濑户内海，与江户相距630公里，一般需要半个月才能到达。同年4月19日幕府使者率领6000人抵达赤穗，开始接收赤穗城。
浅野家的首席家老大石良雄是德川时代家臣，生于1667年，死于1703年。自1701年秋就逃往山科和京都，化名为浮喜大尽。他出人京都、伏见的花街柳巷，还将二条街寺町的二文字屋次郎左卫门的姑娘轻纳为妾，引起大家的评论。这是大石良雄的计策，目的在于消除吉良义央所派的密探的怀疑，表示自己意志消沉，使吉良思想麻痹。次席家老邱野一郎则负责复仇计划的联络与策划工作。
当时人们十分同情浅野，纷纷报名参加报仇，至元禄十五年(公元1702年)春，参加者有61人，实际上达125人。大石等的报仇还得到幕阁的同情。 同年7月底至10月上旬，京都大坂地方的同志陆续抵达江户，各自寻找落脚的地方。大石自己和10名同志于10月7日离开京都，下东海道，21日抵达镰仓。他们没有立即进江户城，暂且住在川崎附近平间村的农家约十天，探听江户的动静。见无异样，11月5日住进日本桥石町三段的小山屋。这里是江户最热闹的旅馆区，不仅因诉讼而来的人，连长崎荷兰商馆长到江户参拜将军时也住这里。
早在9月24日，大石主税就化名为近江豪商垣见左内，以诉讼的名义在小山屋借旅馆。大石良雄化名为左内的叔父垣见五郎兵卫，为监护诉讼而来，其他人都假称垣见家的亲戚或伙计。有的人则五六人为一组，分别借宿商店，打扮成兵法家、商人、医生、剑客等，尽量避人耳目。
12月2日，大石良雄召集大家在深川八幡前的酒店开会，讨论行动计划，公布由田忠左门起草的宣言及行动的备忘录。大家重新表示决心，并详细讨论了集会地点、时间以及取首级时的失败、撤退和防御幕府检察使等的具体措施。最后决定12月15日行动。
前二天下了鹅毛大雪，地上积雪有尺把厚。12月15日，天总算晴了，但天气很冷，滴水成冰。凌晨2点，浅野家的47名家臣在大石良雄的率领下，冒着寒风，踏着皑皑白雪，全副武装来到江户本所松扳町吉良义央的邱宅。吉良家是南北34间、东西73间的大宅院，义士们分两组进入大院。第一组是外门组，共23人，由大石良雄指挥；第二组是内门组，共24人，由大石良金指挥。外门组的大高源五、小野寺幸右卫门、吉田泽右卫门等越墙入内，先将看门人缚住，然后打开大门。他们一面喊着“浅野长矩家臣为主君报仇”、“取吉良义央的狗头”，一面冲进屋里。他们的目标只是吉良义央一个人，阻挡者杀，逃者不追。他们逼迫厨房用人点起数十支蜡烛，把走廊和数十个房间照得很亮，开始了一场大混战。战斗持续两个小时，吉良方面大败，战死16人，负伤23人。义士方面则无人战死，只有几名轻伤。虽然吉良方面有100多人参加战斗，二倍于义士，但仍惨败。这是因为义士方面采用了山鹿流兵法——“一向二里”，即一人与敌人正面作战，二人在左右或背后作战。而且还采用了外门和内门同时冲入，三人或四人密切配合的集体战术。时值冬天；此时天未亮，屋里还很黑暗，他们用“山”、“川”的口令来区别敌我。他们到处搜寻吉良义央，但没有找到。偶尔在厨房里听见有人声，十次郎和次郎左卫门便破门进屋。突然器物从黑暗中飞来，先跳出一人，被次郎左卫门杀死。后又出来一人拼命搏斗，也被杀死。后来发觉里面还有人，十次郎便冲过去，发现二名敌人。他正要向外逃走，被武林唯七一刀斩死。那人穿着白小袖衬衣，正是仇人吉良义央。十次郎立即取下首级，用白绢包好，吹响“呼子笛”，大家集合，向附近的无缘寺回向院撤退。
此时朝阳冉冉从东方升起，将大地的积雪照得程亮，47名义士终于替主君报了仇。上午8点以大石良雄为首的义士们到浅野家的菩提寺万松山的泉岳寺，将吉良义央的首级供奉在主君浅野长矩的坟前，报告复仇成功。他们一一烧香，为主君祈福。 关于这个重大案件幕府是怎样处理呢？当时武家法度规定，关于大名家之间的家臣群私斗，大名、旗本、同士的决斗等，以所谓“喧哗两成败”处理，即双方都断绝家名。但因和吉良家亲近的柳泽保明是将军纲吉所深信的侧用人，所以没有按照常规，对吉良义央宽大处理。这次47名赤穗义士杀了吉良义央，幕府当然要严肃处理。
获生菹徕说，“法是天下之大纲，天下一日废法则国家政道不能立”，主张以士之礼处以切腹。这样，既立了天下大法，又立了他们的义，两全其美。将军采纳了获生菹徕的意见。
当天(15日)晚上11点，46名(原来是47人，其中寺板吉右卫门信行复仇后逃生)被分别押送到四位大名家里看管。即押送到熊本的细川氏家是大石良雄等17人，伊予松山的松平氏家是大石良金等10人，长州的毛利氏家是冈鸣常村等10人，冈崎的水野氏家是奥田贞右卫门行高等9人。
元禄十六年(1703)2月4日，最后下达全体切腹的命令。下午2点监督切腹的官吏分别到达四位大名家，46名志士各自准备定当，留下遗言，走进切腹场。四家选择武士分别为切腹人做介错，帮助切腹。下午4点四个地方同时开始切腹。
却说以大石良雄为首的17人一组，于当晚(1702年12月25日)深夜校押送到细川氏家。纫川纲利对他们的壮举抱有好意，尽管已是深夜，他还出来相见。其后又关怀备至，各方面给与优待。每餐总是五菜二汤，白天外加糕点，夜里还有夜餐，此事传到将军纲吉的耳里，便下令即日切腹。1703年2月4日下午，荒木十左卫门来到细川氏家监督切腹。
细川氏家的切腹地点是在大书院前的大院子里。荒木十左卫门等监督使坐在大书院里的屏风前等候，大石良雄等17人在大书院旁边的房间里等候，17名介错人各自在走廊里等候。
切腹的地方铺好三张草垫，其上铺以白布，背后围以白椎幕，前面安置着白屏风。一般人切腹的地方布置大致相同，但还因其身份及当时的各种条件而不同。如其他三家的切腹场上只铺两张草垫，浅野长矩切腹时铺15张草垫，上面再铺二张用毛毯包的草垫。
全体切腹于下午4点开始，最先传唤的是大石良雄，良雄走近切腹场的时候，潮田又之远叫道：“大家也马上来。”
良雄的介错人是细川纲利的家臣安场一平，在他家中还流传着细川家的切腹图。根据此画，大石良雄整个上半身裸露，右手拿着短刀，三方(白木方桌)与一般不同，反方向放着。安场一平穿着上下一色的武士礼服，裤脚高卷到膝上，插在腰带里，解开无袖外衣，正将大刀举过头顶。一般大概是良雄将匕首戮进肚子成功，安场一平砍头，助一臂之力，并立刻抓住良雄的发譬，将首级向监督使出示，监督使一点头，检验仪式就算结束。为不让监督使看到尸体，下级武士立即竖起屏风，将头和遗体用白布包好，运到仪式场外，故人准备好的棺材里。
根据遗书，大石良雄等17人被送到泉岳寺。每辆车上放一口棺材，每口棺材点了面对灯笼，由家臣一名，步兵四名跟从，前后由警卫保护。
晚上10点左右，由泉岳寺住持酬山和尚进行简单的葬礼，大家一起被埋葬于主君浅野长矩坟墓的旁边。那时已经凌晨4点，快要天亮了。 元禄复仇事件发生以后，当时的人都称赞他们的忠义和勇气，特别赤穗领的百姓对他们的死表示同情，建立寺庙日夜参拜。幕府儒官室坞巢著《赤穗义士》，赞美他们的壮举和忠义凛然之气节。大学头林信驾作诗赞道：
精诚贯日死何悔，义气拔山生太轻。
四十六人齐伏刃，上天无意佐忠贞。
当时义士的英勇忠义的事迹通过各种文艺形式广泛流传民间，特别歌舞伎《忠臣藏》受到人们的欢迎。至近代，义士的事迹通过小说、电影、电视、戏剧更加深入人心，家喻户晓。
赤穗47义士在日本史上享有崇高的地位，近300年来关于赤穗义士的史传、说赞、评传、事迹、史料集等著作有数百之多，但不免被过分美化和偶像化，特别日本法西斯军国主义利用义士的崇高形象欺骗人民上战场，在侵略战争失败时还仿效他们进行切腹，这可以说对后世的一个坏影响吧！