另见：琉球国、琉球藩、脱清人和公同会运动
琉球群岛在历史上曾经是独立的国家，经历过三山时代和琉球王国时代，在琉球国时，琉球人使用琉球语为口头语，但以汉语文言文为官方书面语。同时，琉球语本身同时受到日语、南岛语系以及中国南方方言影响。明清两代时曾向中国朝贡并自认作藩国，并同时由于被日本萨摩藩侵犯而被迫进贡。
1879年，琉球国遭日本的吞并，并强行设立为日本的冲绳县。当时虽有部分琉球人支持吞并（这部分人被成为“开化党”），但大部分琉球人持反对态度（这些人被称为“顽固党”），在日本、清朝以及驻日的列强公使馆交涉，希望通过外交手段恢复琉球国。流亡中国展开琉球复国运动的琉球人，称为脱清人。这些人以福州、北京、天津为据点，要求清朝向日本就琉球问题交涉，史称琉球案。但最终由于中日双方的观点不和而遭搁置。
1894年，清朝在甲午战争中战败，琉球人的复国愿望破灭。尚寅、尚顺等人发起让冲绳成为独立自治的一个县的运动，史称公同会运动，但最终失败。
1945年，冲绳岛战役爆发。在美军猛烈攻击和日军顽强抵抗下，冲绳岛平民死伤惨重。 另见：美国统治琉球时期
1945年，根据《波茨坦公告》，日本放弃了除日本四岛以外的所有领土。琉球群岛（包括现今冲绳县和鹿儿岛县的奄美群岛）被美国军事占领，并施行“信托统治”。代表同盟国的美国等48个国家（中华民国与苏联未参与）在1951年与日本签定《旧金山和约》，日本同意美国拥有对琉球群岛的行政、立法、司法等权。
当时由于反法西斯战争的胜利，美国人对自由主义和民主主义的期待非常高。根据美国最初的计划，琉球将在美国的主导下建立独立国家。美国宣传占领琉球是“将少数民族从帝国主义的暴政下解放”。在美国的宣传下，琉球人的独立意识高涨。在保罗·卡拉威统治琉球期间，更是多次使用“琉球”这一称呼，来刺激冲绳居民的民族主义，试图推动与日本分离的主张。
此时的琉球独立运动宣导者认同日琉同祖论，认为琉球民族是大和民族的分支，但由于历史因素，琉球民族与大和民族有着相当多的不同之处。他们反对明治时代日本对琉球人的同化政策，希望在美国的信托统治之后成立独立的琉球国。这些人把美军称为“解放军”。
这个阶段的琉球独立运动，最初倡导者之一的永丘智太郎，习惯于“日琉同祖论”，并逐渐承认琉球民族是日本民族的旁支。但即使这样，他仍旧主张从历史角度，琉球应该以独立的民族而发展。虽然明治时代琉球国灭亡以后，日本政府推行了同化政策，但二战投降之后，“非日本人”思想复燃，希望依托美国重新建立独立国家。1947年，宫古岛的报社记者团与美国军政要员对话时说：“琉球人希望在称之为

琉球的国家中，受美国的保护而生活。”1948年，于与那国岛举行的县长选举中，三个立补候选人中的一人就是倡导琉球独立而当时日本左翼的政党，例如日本共产党、日本社会党等等，也都支持琉球的独立。
另一方面，受到共产主义思想的影响，琉球群岛诞生了奄美共产党（奄美大岛社会民主党）、冲绳共产党（后改名冲绳人民党）等共产主义组织。奄美共产党成立之初的目标是建立奄美人民共和国。当时正处于冷战时期，这些组织都是在非法情况下成立的，也是美国所不能容忍的。
为了避免琉球的共产化，美国对舆论进行了严格的管制。另一方面，美军强买甚至强制接收平民的集落和农田，以建立军事基地。这使美军在琉球人的印象中大打折扣。琉球人把美国的接收土地，称为“枪剑和推土机式”的接收。琉球人曾一度抗议。 另见：冲绳返还
美国在1953年与1972年先后将奄美群岛与冲绳群岛的管理权移交日本。有一部分琉球人提出让琉球群岛回归日本统治。1960年，冲绳县祖国复归协议会成立，这个协会主张琉球重新回到日本的

统治之下。而琉球人反对美国统治的情绪愈演愈烈。1965年，发生宫古农民骚动；1970年，发生胡差暴动。1971年又发生波上骚动和第二次胡差暴动。此时美国正陷入越南战争的泥潭之中。在总统林登·詹森的指示下，美国驻日大使赖世和首次提出了美国有将整个琉球群岛归还日本的考虑。
而不少日本和琉球的左翼团体反对美国将琉球群岛交给日本。1971年11月10日，冲绳浦添发生冲绳总罢工警察杀害事件。同月14日，日本左翼团体也在东京涩谷举行示威，支持琉球的运动，是为涩谷暴动事件。
在与日本佐藤荣作内阁的反复协商下，美国最终1972年5月15日将冲绳归还日本。日本重新设置冲绳县。1978年7月30日，冲绳县道路通行方向由美国的右向改为日本的左向，史称730，象征日本全面重新接管冲绳县和“法制统一”。
虽然美国将冲绳移交日本管理，但美军在冲绳岛依然拥有大量的军事基地。1995年冲绳县一名十二岁少女被美军强奸，触发反对美军基地运动的时候等，琉球独立论也再次被提出。