热能传递一般是不会导致物质分子的破坏,因为分子只是在其被约束的范围内作不规则的振动,并没有打乱物质内部分子的结构组成.只有当温度超过一定范围的时候,才会导致分子以及组成分子的原子完全改变自己的原来位置,而且温度降下来后也不能回到原来的位置.这时候我们就说物质变质了.化学反应是物质间的分子被拆开后重组,形成新的分子结构,也就产生新的物质.分子无规则运动一般是处于液态或者溶液中.组成分子的原子总是在永无休止地振动,从而也导致了分子的无规则运动.分子的运动是无规则的,而原子只是在平衡位置附近作不规则的振动.

我们平常做题时说到的热能一般都是指宏观概念，举两个例子：
一堆质量为m1的沙子温度升高了a摄氏度，沙子的比热容是b，问你升温过程中热能提高了多少。
一瓶质量为m2的水，吸收了c千焦的热量，比热是d，让你求升高了多少温度。
所以你发现了么，题目不会让你计算物体的热能，只会让你计算热能的改变量。为什么会这样呢，因为热能的定义是微观的，热能的改变量是宏观的，而我们日常生活中的实际问题都是宏观问题。
至于动能，宏观和微观都可以说，只要告诉你速度和质量就可以求动能了。但是宏观上的动能和热能没什么关系。
那么如果你还是要去钻研热能和动能的关系的话，它们只在微观上有关系，热能是动能的和。

从分子运动论观点看，热能的本质是物体内部所有分子动能（包括分子的平动能和转动能）之和。根据此定义，热能的值就等于物体内部所有分子动能之和，不是成正比关系。

参看
http://baike.baidu.com/view/148748.htm
分子内能等于分子动能加分子势能