皖南事变是抗战时期我军最大的一次军事损失，和湘江战役、西路军并称为三大败仗。

新四军军部自成立后，因抗战战场形势变化，进行过多次转移：

1937年12月25日，军部在武汉市前大和街26号成立。

1938年1月6日，军部迁移到南昌市友竹花园7―8号。

1938年4月5日，军部迁移到安徽省黄山市徽州区岩寺小街。

1938年5月7日，军部迁移到安徽省太平县麻村。

1938年5月26日，军部迁移到安徽省南陵县南部土塘村，邻近泾县。

1938年8月2日，军部迁移到安徽省泾县云岭镇罗里村。

抗战时期，江南主要城市被日军占领，新四军成立时也只能一边转移，一边工作。直到进驻云岭镇以后，军部才获得了安定。此后2年多时间，军部一直驻扎在这里，中央的东南分局也在这里，云岭成了我党在江南地区的指挥中心。

新四军各支队分别挺进抗日前线，开辟所属根据地，只有军部留在后方，周围都是国民党的统治区，这也为日后冲突埋下了伏笔。

1940年下半年，国民党开始施加压力，要求第十八集团军（八路军）及新四军之各部队，限一个月内撤到指定区域。与此同时，延安也多次来电，要求新四军军部北撤到我军根据地内。然而，项英贪图云岭地区安逸环境，迟迟不愿意行动。

1940年10月，黄桥战役我军反击韩德勤部国军获得大胜。接着11月曹甸战役，新四军江北指挥部意图摧毁韩德勤的老巢，最终战役失利。韩德勤部是顾祝同的嫡系部队，顾此时担任第三战区司令，新四军军部就在他的辖区内。他恼羞成怒，下定决心覆灭新四军军部。

这一系列国内形势变化，使得新四军军部的形势越来越危急。

1941年1月4日，新四军军部终于开始转移，这里转移人数众多，还有大量非战斗人员，堪称一次小长征。

战斗人员序列如下：

第一支队

司令傅秋涛（上将），副司令赵凌波（被俘叛变），参谋长赵希仲（被俘叛变），政治部主任江渭清（江苏省委书记）。

所辖部队是老一团，新一团，共计3000多人。

第二支队：

司令周桂生（牺牲），政委黄火星（中将），副司令冯达飞（被俘被杀），参谋长谢忠良（少将），政治部主任钟民（1954年去世）。

所辖部队是老三团、新三团，共计2000多人。

第三支队

司令张正坤（牺牲），政委胡荣（被俘自杀），参谋长黄序周（上海市民政局局长），政治部主任吴奚如（湖北省文联委员）。

所辖部队是第五团，军部特务团，共2000多人。

以上三个支队是主要野战部队，合计大概7500人。

军部在云岭已经驻扎了2年多了，加上东南局，有大量人员。所以随军还有以下人员：

军部教导总队，军直机关，服务团共1500人。

军部兵站、军械所、印刷所、上饶办事处机构人员；东南局工作人员，皖南地方党人员，共计约1000人。

军部医院部分伤员；随军家属等人员，大约1000多人。

这些非军事人员大约近4000人，他们还带着行李和物资，行动慢，没有作战能力。由于项英对形势判断失误，这样一支队伍，还带着大量后勤辎重，就像中央红军长征初期一样，行动缓慢。

这样一支部队，遭受到国民党7个师8万多人围攻，损失非常惨重。从三个支队领导中，二支队司令周桂生和三纵队司令张正坤在突围中牺牲，三支队政委胡荣被俘自杀，这两个支队都损失严重。一支队副司令傅秋涛和政治部主任江渭清成功突围，但是副司令赵凌波和参谋长赵希仲被俘叛变。

三个支队的主力老一团、老三团和五团是新四军建军时的八个老团，在战斗中全部损失，不复存在。由此可以看出，皖南事变中所有部队都被打散，不存在整支部队突围。

二支队和三支队都是跟随军部，最后被打散后突围。比较特殊的是一支队，战斗中意外与军部失去了联系。傅秋涛司令指挥下向苏南方向突围，1月10日突围战中，老一团大部分冲了出来，新一团在后面掩护未能突围出来。

一支队突围战之后，傅秋涛和政治部主任江渭清将部队编成1个步兵连和2个手枪连，又冲破了敌人几道封锁线。傅秋涛、江渭清原本跟随陈毅在苏南活动过，对那里熟悉，他们将剩余部队分成了几股，分别行动，最终都到达了苏南。

皖南事变后，负责善后收容工作的是曾希圣，他原是红军时期中央军委二局局长，负责情报工作。1940年，他从重庆调到新四军军部。1940年10月，到新四军江北指挥部途中，因交通受阻滞留无为地区。这里是我军一个新开辟根据地，有孙仲德率领的江北游击纵队一个大队、三支队参谋长林维先率领的挺进团（三支队五团三营为基础）、张振坤率领的皖南第二支队等部队。

他原本负责接应军部渡江，皖南事变后，曾希圣实际负责接待突围人员。从元月中旬开始，他陆续收容了多批突围人员，其中的高级干部有黄火星（中将）、刘别生（1945年牺牲）、钟得胜（195年去世）、熊梦辉（1941年牺牲）、李志高（1941年牺牲）、谢忠良（少将）、巫希权（1943年牺牲）等人，人员分属一、二、三支队的六个团还有军部。直到2月底，还接收了张闯初（少将）、曹丹辉（少将）、袁大鹏（1945年牺牲）带领的一批突围人员。这里接收的人员大约有700多人。曾希圣负责筹建新四军第七师，突围到无为的人员都编入了该师。

除此之外，罗炳辉率领在津浦路东活动的新四军五支队，也收容了一部分突围人员。

以上两部分加上傅秋涛带领的一支队突围到苏南的人员，合计有1000多人。

皖南事变是我军一次重大损失，除了突围出去的1000多人，另有3000多人战死。被俘人员大约有4300多人，其中包括很多非战斗人员，还有战斗部队弹尽粮绝，失去抵抗力的人员。

1941年10月25日第三战区司令长官顾祝同致蒋介石、何应钦电：“原收容叛军官兵共计3362员名，续收914员名，除逃亡及病死外现有人数计第一大队1276名，第二大队1247名，军官队657名，军士队276名。”据此计算，“原收容”和“续收”两者相加为4276名，再加上在李村、七峰岩等地被囚禁的叶挺军长及其他干部30多人，被俘总数约为4300余人。

被关押在上饶集中营的新四军高级干部，除军长叶挺被长期辗转囚禁（抗战胜利后于1946年获释），赵凌波、赵希仲叛变后充当了国民党特务外（两人后来都被我军击毙），其余黄诚、李子芳、张正坤、冯达飞、林开凤、肖正冈、项永章等因为领导狱中斗争、不甘屈服而先后遭国民党特务杀害。徐金树则是在石底监狱越狱逃跑时，在同追捕的宪兵搏斗中牺牲。

为了屈服被俘人员的意志，国民党有组织地屠杀被俘官兵中的高级干部，后来将大部分被俘人员（也有部分未暴露的下级军官）强行编入国民党军第三战区各部队。被编入国军部队后，不少官兵找机会逃出，重新找到新四军。

皖南事变是我军历史上一次重大损失，在突围时牺牲的团以上干部名录如下：

项 英，新四军副军长。

袁国平， 新四军政治部主任。

周子昆，新四军副参谋长。

朱镜我，新四军政治部宣传部长。

杨志华，新四军政治部文书科长。

陈惠，新四军政治部青年科长。

雷耿，司令部军法处科长。

徐赞辉，第一纵队新一团参谋长。

林高峰，第二纵队政治部青年科长。

周桂生，第二纵队司令员。

杜剑秋，第二纵队新三团代参谋长。

胡荣，第三纵队政委。

还有一批高级干部，在上饶集中营被国民党杀害：

李子芳，新四军政治部组织部长。

项永章，第三纵队政治部组织科副科长 。

黄 诚，新四军政治部秘书长。

肖正冈，新四军驻重庆办事处主任。

王怀生，第一纵队老一团参谋长。

冯达飞，第二纵队副司令员。

张正坤，第三纵队司令员。

徐金树，第三纵队老五团团长。

林开凤 ，第三纵队老五团政委。