北京大学医学部的前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日，是中国政府依靠自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立医学校。

1912年9月，中华民国教育部电召从日本留学归来正在筹建浙江省立医学专门学校的杭州人汤尔和到京，筹划创立医学校事宜。教育部以价银10,000两购买了已经停办的医学馆馆舍，划拨给国立北京医学专门学校使用。10月16日，中华民国教育部任命组织学教授汤尔和先生为北京医学专门学校校长，并于10月26日颁发校章。至此，中国第一所国立西医学校正式诞生。

1927年8月，北京医科大学校与北京国立高等学校被改组，合并成立国立京师大学校，成为京师大学校的一个科，更名为国立京师大学校医科。

1937年抗日战争爆发后，国立北平大学西迁，部分医学院师生一同西迁，留在北京的医学院院务完全停顿。

1945年12月，北京各公立大学被统一编为“北平临时大学补习班”，北平大学医学院被编为“临时大学补习班第六分班”。

1946年7月，北京大学在北平复校。北平临时大学补习班第六分班连同附属医院一同并入北京大学，成为北京大学医学院。

解放后的1952年，全国高等学校院系调整，周恩来总理将北京大学医学院脱离北京大学，独立建院并更名为北京医学院。直属中央卫生部领导，办学经费由中央财政部转中央卫生部拨付。由此，可以解释屠呦呦1951年考入北京大学，却1955年毕业于北京医学院。

第一次提出全国重点大学是在1954年，在当年12月5日教育部颁布了《关于重点高等学校和专家工作范围的决议》，指定了6所全国性重点大学：中国人民大学、北京大学、清华大学、北京农业大学（今中国农业大学）、北京医学院（北京医科大学，今北京大学医学部）和哈尔滨工业大学。大家注意，北京医学院从北京大学分家后两年，就和北京大学并列于全国第一批6所全国性重点大学。我认为，这个名单应该是教育部报送周恩来总理批准的，教育部本身应该没有决定权。

1959年3月22日，中央下发《关于在高等学校中指定一批重点学校的决定》，指定16所学校试招研究生，也即重点大学，名单如下：

中国人民大学、北京大学、清华大学、哈尔滨工业大学、华东师范大学、复旦大学、天津大学、上海交通大学、西安交通大学、北京工业学院（今北京理工大学）、北京航空学院（今北京航空航天大学）、中国科学技术大学、上海第一医学院（上海医科大学，2000年并入复旦大学）、北京医学院（北京医科大学，今北京大学医学部）、北京农业大学（今中国农业大学）、北京师范大学。

此名单在医学院校中只有北京医学院（北京医科大学，今北京大学医学部）和上海第一医学院（上海医科大学，2000年并入复旦大学）。

1984年，经国务院批准，在全国重点建设10所大学，北京医学院是唯一所医科学校。

1985年，学校更名为北京医科大学。运动医学专家曲绵域教授任校长。

1996年8月28日，北京医科大学正式通过了国家首批“211工程”建设项目的论证，再次成为中国政府重点支持的医科大学。

2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部。

我的北医后记：两个副部级大学的合并阻力很大。90年代中期，我听说不合并的理由之一是北医的正教授比北大还要多一两百人。后来，在李岚清常委的大力推动下，两校合并。分久必合，合久必分。

我1993年进入北京医科大学临床医学七年制，2000年7月毕业于北京大学。对两校合并，我当时内心的感觉很失落。

参考文献：

牛永宏：院校篇│建国后历次“全国重点大学”的划分​zhuanlan.zhihu.com