沙门氏菌，李斯特菌，单增李斯特菌，副溶血弧菌，大肠杆菌O157，志贺菌，金黄色葡萄球菌等等。现在好的方法是采用荧光定量PCR仪来检测，速度快，准确率高。美国AB公司就有提供致病菌检测系统。杜邦也有，不过是AB公司代加工的。

变质食物由于产生变质的原因不同，因而产生的有害物质是不同的，主要分为以下几个方面，由于储存时间过长，食物本身发生的变化导致的；在储存过程中，受到细菌污染导致的；在储运过程中，受到真菌污染导致的。
植物性
腐烂的白菜中以及没腌透的菜中有致癌性亚硝酸盐；发芽马铃薯中的龙葵素毒素对呼吸道有麻痹作用
细菌性
致病菌污染食物后，可以在食物里大量繁殖产生毒素，人食用这种含有大量致病菌或细菌毒素的食物而引起中毒。这类中毒多发生在高温、高湿的环境里，潜伏期短，临床表现有明显的胃肠炎症状。常见的致病菌有沙门氏菌，副溶血性弧菌，变形杆菌，大肠杆菌。
真菌性　
自然界有100多种对人的身体有害的真菌（包括霉菌）可导致食物中毒，黄曲霉毒污染是全球性的问题，黄曲霉毒素是最强的致癌物质，主要污染粮食，油料及其制品，其它还有杂色曲霉毒素，岛青霉毒素等引发的中毒。比如花生储存不当会发生黄曲霉污染，黄曲霉毒素就是由黄曲霉产生的。
所以为了避免变质食物对人体的危害，我们要避免食用变质食物，尽量食用新鲜食物，一次购买少量食物，避免储存不当造成食物变质，危害我们人体健康。

所有的生食都会含有微生物，这是无法避免的，但是在高温高压灭菌后微生物的含量会降低到很小，甚至是无菌状态。
不过并非所有的微生物对人体会有害处，只要做到不吃生食，过期变质，未煮沸的水，都不会因为微生物而得病。不需要太担心

微生物无处不在，你吃的任何食物里都有，但最明显的，比如豆腐乳（霉菌）泡菜（乳酸菌）
酸奶（乳酸菌）

未经过加工的原材料，一般含有比较多的微生物，例如刚从农田采摘的农产品，未加工的水产品等等，都含有较高含量的微生物，甚至可能会含有一些致病菌

任何食物上面都有微生物，因为食物上面具备了微生物生长必须的碳源、氮源、水、微量元素，在适宜的条件下他们就会生长。

其实都有，只是存在有害和有益之分，像酸奶里面就含有大量的有益微生物。这也没有严格的划分

　　鸡肉

　　美国消费者联盟一项全国调查发现，肉鸡中弯曲杆菌感染率高达42%，沙门氏菌感染率为12%，容易导致胃肠炎。专家建议：买回的生鸡肉最好先用水浸泡一段时间再烹调，一定要煮烂熟透，菜刀和砧板用前用后都应该用除菌剂清洗。

　　牛肉馅

　　美国农业部调查指出，牛肉馅中30%含葡萄球菌，12%含李斯特菌，会导致食物中毒或血液感染。专家建议：如果做肉饼，馅不要太厚，否则饼内达不到杀菌温度。

　　生牡蛎

　　其中含有诺罗病毒、空肠弯曲菌和创伤弧菌，极易导致腹泻。专家建议：最好不要生吃，如果一定要生吃，蘸蒜、姜、醋或柠檬汁，外加葡萄酒杀菌。

　　哈密瓜

　　美国食品和药品管理局检测发现，3.5%的哈密瓜表皮裂缝中藏有沙门氏菌，易导致腹泻。专家建议：千万别买切开的哈密瓜，食用前用自来水冲洗整瓜15—30秒，并用刷子刷洗。

　　桃子

　　美国农业部调查发现，为了让桃子光滑洁净，农民在收获前几周会给桃子喷洒农药。到桃子上市时，其表面覆盖的农药可达9种。专家建议：食用前用海绵或刷子洗掉桃子外面的保护蜡，或者削皮食用。

　　鸡蛋

　　煮蛋和未完全熟透的煎蛋最容易导致食物中毒。专家建议：有裂缝的鸡蛋不能吃;保存时先放入纸盒再放进冰箱冷藏室最低处保存;摸过鸡蛋后，一定要洗手。

　　大葱

　　美国食品和药品管理局调查发现，不干净的大葱可能会导致甲肝。专家建议：室温容易让大葱滋生沙门氏菌，买回后最好彻底清洗，剥去表层，放入冰箱保存。

　　熟食

　　美国疾控中心发现，冰箱中冷藏的熟食最易引起李斯特菌感染，因为该菌一般在寒冷环境中滋生。专家建议：少吃熟食，熟肉和香肠超过1周没吃完就应该扔掉。