1689年，洛克向争论异常激烈的英国思想界推出了他的《政府论》，从理论上为资产阶级统治及其新制度进行辩护和总结。全著分为上下两篇，融批判性和建设性于一体，以与其哲学经验论相区别的理性主义精神奠定了近代西方自然法哲学的基调。
17世纪英国资产阶级革命在经历了近半个世纪阶级力量的反复较量及政权更替后，终以封建贵族与资产阶级和新贵族的妥协而走向资本主义。伴随着政治、经济和军事领域内激烈斗争的是思想理论界长久的分歧，以及各派代表人物针锋相对的论战。《政府论》几乎是这一论战的缩影。洛克在书中以严密的逻辑推演批判了代表王权利益的菲尔麦关于君权神授和王位世袭的主张，在国家起源问题上，它解释了一种世俗的国家起源说，反对君权神授的主张，提出分权说和议会权力至上；主张国王在议会之下的立宪君主制，反对君主制。直率提出政府的目的就是为了保护私有财产，为资本主义发展扫清障碍。洛克的个人权利不可转让，私有制的神圣不可侵犯，分权和议会政体，以及法制这些原则，不仅成了英国政体的基础，而且也成了其他资产阶级国家体制的基础。
洛克在《政府论》一书中所倡导的天赋人权、自由、平等、私有财产神圣不可侵犯、法治、分权、人民主权等理念，在西方世界产生了巨大的影响。伏尔泰、孟德斯鸠、卢梭、杰弗逊等许多西方政治思想家和革命家莫不从《政府论》中吸取思想营养。启蒙运动、美国革命、法国大革命等西方资产阶级革命莫不留下《政府论》直接影响的烙印。美国《独立宣言》、法国《人权宣言》等资产阶级的重要历史文献莫不充分体现《政府论》的基本思想。因而，《政府论》被誉为“近代资产阶级革命的《圣经》”。至今仍被学者们视为可同亚里士多德的《政治学》相媲美的政治学经典著作。

洛克的两篇政府论包括破坏性和建设性两个方面。破坏性集中在上篇，主要是借罗伯特·菲尔麦的观点来批驳君权神授和王位继承。建设性集中在下篇，主要讲述君主立宪制下的议会主权理论。在这两个部分中，又可以分为许多小的细节。

洛克认为，菲尔麦的理论是保皇派理论的代表，其核心观点是君权神授和王位应该世袭。洛克对这种维护封建制度的反动论点的批判作了这样的概括：《政府论》上篇已阐明，第一，亚当并不基于父亲身份的自然权利或上帝的明白赐予，享有对于他的儿女的那种权威或对于世界的统辖权；第二，即使他享有这种权力，他的继承人也无权利享有这种权力；第三，由于没有自然法，也没有上帝的明文法来确定在任何场合谁是合法继承人，就无从确定继承权，因而也无从确定应该由谁来掌握统治权。因此，现在世界上的统治者要想从以亚当的个人统辖权和父权为一切权力的根源的说法中找到什么权威的根据，是不可能的。因此，必须寻求另一种关于政府的产生、关于权力的起源和用以安排和明确谁享有这种权力的说法。

《政府论》和资产阶级革命时期其他著作一样，也提出了“自然状态”、“自然法”、“自然权利”和“社会契约”这些问题，目的在于对政治权力进行追根溯源的考察并阐明建立政府的必要性和建立政府的目的。这里要着重提出的是，从历史来看，洛克所说的自然状态和社会契约是从来就没有过的；自然法和自然权利说也是臆造的假说。其目的在于说明君主专制制度比自然状态更坏，从反面抨击了封建制度；人们联合成为国家和置身于政府之下的重大的和主要的目的，是保护他们的财产；在这方面，自然状态有许多缺陷。处于自然状态中的人们进入社会组成一个国家，置于一个有最高统治权的政府之下。这样，他们就授权社会立法机关根据社会公共福利的要求为他们制定法律。执行法律的裁判者有权裁判一切争端和救助国家任何成员可能受到的损害。由于这种裁判的设置，人们便脱离自然状态进入一个有国家的状态。从《政府论》问世的历史情况来看，洛克所说的“政府的主要目的是保护财产”这句话中的“政府”是指资产阶级的国家机关，“财产”是指资产阶级的私有财产，它集中体现了英国革命后新兴资产阶级关于政府作用的要求。