郭廷以教授是一代史学宗师，近代史研究的开山者之一。他治学严谨，成为当今许多台湾史学名家进入近代史学术研究领域的引路人。他的治学方法和学术眼光都很独特，且具有穿透时空的价值。1963年3月，时任近代史所所长的郭廷以在出席美国亚洲研究学会年会时，曾向与会者致词，“学术研究必须破除国界与主观，具有地域性的历史学更当如是”。
用当今的眼光看，郭廷以多种专书都是洋洋巨着，可谓着作等身。但他一直自谦，不以历史学术着作自居，1940年《近代中国史》例言中表示，“本书编纂目的，在于史料之整辑排比方面，尽其相当力量，为后来史家做下若干预备工作……绝不以历史着作自承。”后来出版的《太平天国史事日志》凡例中，“本书性质为属于工具一类的史事记，编者个人只求为他人做预备工作，期能节省具有才识德学之史家之精力时间，于愿已足。”郭廷以这种谦逊秉性和治学精神直到病逝前仍未改变，身后由香港中文大学出版的《近代中国史纲》小记写于病逝半月前，仍言其此书“非学术着述”。先生一再如此表述，固由其秉性谦虚，也和当时学风有关，当时台湾岛内学风初开，史料未备，一般人对此亦不重视，故傅斯年倡言“史料即史学”，“史学就是史料学”，罗家伦强调，“研究中国近代史的方法，主要的部分就是整理中国近代史料的方法。”郭廷以先生对于基础工作的从事一直身体力行。
尽管郭廷以一再谦虚，但其史着并非只是资料和史事的简单罗列排比，往往章节分明，脉络清晰，对于重大史事的演变及其因果关系，均加有综合分析，极尽深入而透彻。罗家伦对郭廷以曾评价说，“他治史是很谨慎的”。
近代化可以说是近代中国历史发展的主流。郭廷以一直重视近代中国的变局，这是因为他重视的问题就是中国的近代化，要了解150多年来中国近代化的成败得失，并对未来中国的方向和前途有所展望，必须对近代中国的变局进行深入的研究和探讨，厘清问题的关键所在。这个问题正是郭廷以学术生涯中最为关切的问题，也是《近代中国的变局》一书的中心主题。《近代中国的变局》出版不久，很快引起学术界内外的注意。该书被香港新法书院确定为建议高中学生尤其是中学生六七年级阅读之书。同时列入的还有他写的《近代国史纲要》。
1950年，郭廷以在《大陆杂志》发表题为《中国近代化的延误》的文章，在分析许多延误原因外，首先提出了一些原则性看法，“任何一个国家民族的历史，均可以说成是一部生存竞争的历史。竞争过程的顺逆和结果的成败，决定这个国家的祸福命运。顺逆成败又决之于国家民族对于时代环境的适应能力，亦就是决之于近代化的程度。要能适应环境或近代化，首须对环境与时代具有正确的认识。”近代国人对于西方主要思想学说，及社会政治经济等方面的优长短缺多不了解，西方列强则一味为其商业利益的扩张而刻意努力，徒恃其坚船利炮以达目的，很少从友谊合作和文化交流的角度和途径来促进相互的了解与信赖，以增进双方共同的利益达到双赢。《近代中国史纲》中写道，“历史是延续的，但永远是变的，因革损益，随时而异”，“就中国而论，十九世纪中期以来，最为显着。”当时有心之士即指出，“今日之天下已非三代之天下，有人强调为三千年未有之大变局，为秦纪以来未有之世变……中国遭遇到前所未有的强敌，处境大非昔比。不仅不再是独一无二的神州，甚至存亡系于旦夕。”郭廷以主张中国应秉承文化的优良传统，兼容并蓄，纵不能迎头赶上，亦可并驾齐驱。“中国失败了，真能接受失败的教训，了解失败的原因，与今后如何适应的人，为数极少。”那些所谓的“爱国派”对外敌只是一味憎恨，而很少考虑中国失败的本由，这也正是近代中国在经历多次重创后仍难迅速反省而奋起的重要原因。
“历史是整个的，在时间上如此，在空间上亦是一样。在古代或中世表示的容或不十分显着，在近代则几乎随处都可证明，各国的历史均成了世界史的一部分，中国自不能例外。”欧洲的地理大发现使得人类社会开始走入“四海一家”的时代，逐渐融为“一个世界”，即如薛福成所言“华夷隔绝之天下，成为中外会通之天下”。在科学的进步方面，“民族文化的竞赛是无时或已的，进步是不可稍停的，否则是人不我待，时不我予的。时间是最无情的”，“知识的高低定民族的命运，特别是科学知识”，中国的科学知识本极贫乏，却又在清朝统治下，奄奄一息，而禁教令的出台斩断了与西方文化交流的最后一丝希望。当西方国家在日胜一日的突飞猛进时，清朝统治下的中国却故步自封，孤陋寡闻，不啻为吴下阿蒙。
郭廷以认为，中国在安定的环境中会很快实现近代化。郭廷以对于太平天国政权也有深刻认识，“太平天国的政治是神权专制政治，政制是极端中央集权制”，洪杨革命的最终目的“建立自己的王朝，一切归自己统治支配”，洪秀全“不仅要做中国的真主，还要做万国的真主”。郭廷以在着述立言时，首先从中华民族的整体的历史的角度考虑问题，这在他对边疆史和台湾史研究中特别凸显。