莆田位于台湾海峡西岸，肩负着两地文化交流的重要职责，因此用两岸共有的“妈祖文化”作为 精神纽带，将历史与现实、城市与自然、祖国大陆与宝岛在空间和时间中形成“对话”。博物馆新馆外观像妈祖手中的“如意”，正好代表 “妈祖的故乡”莆田，也象征着吉祥如意。

莆田市博物馆新馆展厅面积约1.08万平方米，设有十大主题陈列展览厅和一个临时展厅。其中：莆田历史陈列馆展览面积约1500平方米，妈祖文化陈列馆约2000平方米，莆田民俗陈列馆约1000平方米，莆田非物质文化遗产陈列馆约800平方米，“馆藏二十世纪三十年代赈灾书画展”约500平方米，莆田雕刻艺术馆约1500平方米，莆田书画艺术馆约500平方米，莆商奋斗史迹陈列馆约800平方米，“莆田社会经济建设成就展”约800平方米，世界珍邮馆约450平方米，临时展厅约800平方米。