镰仓幕府灭亡后，日本进入了南北两个天皇并立的“南北朝”时代。南朝天皇是拥有实权的天皇，而北朝天皇则是室町幕府的傀儡。经过几十年的战争和谈判，北朝最终吞并南朝而统一日本。

在之后几百年的幕府时代，被幕府控制的官方一直是尊北朝为正统，将南朝贬为叛逆。但奇怪的是，位列江户幕府御三家之一的学者水户黄门将反幕府的南朝尊为正统。这又是怎么回事呢？

理学（日本称“朱子学”）大约在镰仓幕府时期传入日本，南朝开国天皇后醍醐就特别推崇朱子学。朱子学的“尊王”观念虽然有利于天皇朝廷而非幕府，但“忠君”很对幕府统治者的胃口。

江户幕府是日本历史上中央集权程度最高的幕府，其加强中央统治的方式之一就是大力宣扬推崇朱子学，将其定为官学。因此日本在江户时代涌现了一批朱子学的大家，水户黄门就是其中的代表。

为了研究朱子学，水户黄门拜逃至日本的明朝遗民、大儒朱舜水为师，开创了日本儒学的主流“水户学”。在研究过程中，水户黄门认为幕府在推崇朱子学时有个严重缺陷：忠君而不尊王。

水户黄门觉得既然天皇是日本最高的统治者，那么日本忠君的基础就是忠于天皇。如果连忠于天皇都不到，那么其他忠诚也不过是“空中楼阁”，江户幕府必须占据“忠于天皇”的大义名分。

因此水户黄门在他编撰的《大日本史》中将南朝天皇尊为正统，以此宣扬他“尊王而忠君”的观念。水户黄门的逻辑是：幕府是忠于天皇并辅佐治理天下的首席重臣，天下人自然要忠于幕府。

虽然水户黄门尊南朝尊为正统、宣扬“尊王”的本意还是加强江户幕府的统治。但水户黄门的“尊王”观念后来发展成为推翻幕府的“尊王攘夷”理念，不知水户黄门泉下有知又作何感想？

日本江户时代(1603～1867年)末期以“尊王攘夷”为口号，反对幕府的政治运动。尊王攘夷源于尊王论和攘夷论两股思潮。尊王论的理论根据是儒家思想，主张尊王敬幕。攘夷论源于封建的华夷之辨思想，反对与外国通商，主张排外锁国。二者本都是维护幕府统治的封建思想，但是江户时代末期，由于幕藩体制危机和外来侵略引起的民族危机日益严重，两股思潮结合起来，变为反对幕府和外国侵略的思想依据，形成尊王攘夷运动。尊王攘夷运动的主要参加者为下级武士、浪人、豪农富商、僧侣、神官、国学者以及公卿、大名中要求改革幕政或与幕府有矛盾的人物。

1853年(嘉永6年)7月佩里来航以及次年签订的《日美亲善条约》，暴露了幕府统治的腐败无能，导致日本民族与外国资本主义势力的矛盾以及雄藩大名与幕府的矛盾急剧激化。这种情况使幕末幕藩领主阶级发生公开的分裂，各派政治势力围绕“开国”和“将军继嗣”两个问题展开了激烈的斗争。1858年(安政5年)7月，幕府大老井伊直弼迫于外国压力，无视朝廷拒约旨意，径自与美国签订《日美友好通商条约》，8月又擅自拥立德川家茂为将军，激起各阶层的反对，尊王攘夷运动兴起。

尊王攘夷运动的中心在长州藩，其领袖有吉田松阴及其门生高杉晋作、久板玄端等。为了镇压尊王攘夷运动，从1858年10月至1859年底，幕府在京都、江户等地大肆逮捕尊王攘夷派志士，杀害其领袖吉田松阴、桥本左内、赖三树三郎等人，制造“安政大狱”。尊王攘夷运动乃更趋激化。为反抗幕府的高压政策，为安政大狱的被害者复仇，尊王攘夷派水户、萨摩两藩的18名志士于1860年3月24日刺杀井伊直弼于江户樱田门外，史称“樱田门之变”。此后各藩志士逐渐出现联合倾向，他们不断袭击和焚毁外国使馆、刺杀使馆人员和商人，威胁和斩杀通外日商，使尊王攘夷运动在文久年间(1861～1863年)达到高潮。1861年1月15日，尊王攘夷派志士清川八郎等刺杀了美国公使馆翻译官休斯肯。同年6月，以有贺半弥为首的14名水户藩浪士，袭击了位于品川东禅寺的英国公使馆，两名英国使馆人员受伤，19名日本卫兵伤亡。1862年2月13日，为对抗幕府的“公武合体”运动，尊王攘夷派志士在江户城板下门伏击幕府志中安藤信正，安藤背部受伤，水产藩7名浪士死伤，史称“板下门之变”。1862年底至1863年初，尊王攘夷派频频活动于京都，策动天皇下诏，令幕，府定期宣布“攘夷”，废除与外国签订的一切条约，关闭港口，驱逐外国人出日本。1863年1月31日，高杉晋作等人二度火烧英国公使馆。6月6日，幕府被迫答应天皇，定于6月25日开始实行“攘夷”，并将此意布告全国。6月24日，幕府通告各国公使将关闭港口。尊王攘夷运动发展到鼎盛时期。1863年6月25日傍晚，长州藩炮台突然炮击通过下关海峡的美国商船，7月8日、11日，又连续炮击了法国和荷兰的军舰。7月16日、20日，美、法两国舰队先后攻打下关，进行报复。此时，长州藩主起用高杉晋作防守下关。高杉晋作打破身份限制，组织了一支由农民、市民和下级武士组成的新式军队“奇兵队”。8月，萨摩藩同英国军舰开战，萨英战争爆发。受全国攘夷高潮鼓舞，久留米藩的真木和泉游说京都朝廷，期望天皇9月去伊势神宫祭祀时，实行御驾亲征攘夷，建立举国一致的天皇政权以取代幕府。

但是幕府不甘心自己的失败，利用天皇、诸侯害怕尊王攘夷运动会打破封建秩序的心理，操纵公武合体派于1863年9月30日(文久3年8月18日)在京都发动政变，依靠会津、萨摩两藩的兵力，将以长州志士为主力的尊王攘夷派驱逐出京都，撤职迫害三条实美等“倒幕七卿”，史称“八月十八日政变”。在“八?一八政变”前后，土佐藩志士吉村寅太郎等人组织“天诛组”，聚集153上千名志士，在大和举兵讨幕攘夷，数千农民参加了起义，福冈藩士平野国臣等拥戴流亡的七名公卿之一泽宣嘉，在周围地主的支持下动员农兵2，000人，于11月22日在生野起义，但起义均告失败。

1864年8月19日，久板玄端、真木和泉率长州藩兵进入京都，与幕府操纵的京都守护军激战于皇宫哈御门。久板玄端兵败自杀，真木和泉退至洛南天王山后，也与16名志士一齐剖腹自尽，史称“禁门之变”。禁门之变是尊王攘夷运动的最后一搏。8月24日，幕府策动天皇下诏，以追究禁门之变为由发动第一次征讨长州藩的战争。正当长州藩处于困境的时刻，英、美、法、荷四国联合舰队也于9月5日发动下关战争，再次进攻下关。长州藩在内外交困下，向幕府请罪投降，保守势力重新掌握藩政，高杉晋作等尊王攘夷派被迫逃亡，尊王攘夷运动最后失败。斗争的失利使尊王攘夷派认识到单纯依赖王室朝廷、盲目排外是不可取的，尊王攘夷运动遂向武装倒幕转化。