在地方行政管理体制上，明代洪武九年(1376年)，朱元璋取消“行中书省”制度，把省政府在具体运作中改成“三司分设”的管理局面。三司是指掌控行政事务的承宣布政使司；掌控司法监察事务的提刑按察使司；掌控军事事务的都指挥使司。明朝地方行省的“三司”——布政司、按察司、都司，作为地方一级政府平行执掌行政、监察、军事三权，分别只听命于中央号令，互不统辖。这么设计的目的很明确，就是故意不让你省级地方政府权力过于集中。布政使司主管全省行政事务，与中央政府联系最多的是吏部和户部。按察使司则多听命于都察院和刑部。都指挥使司则与兵部及五军都督府联系军务。如果出现重大事件，才由三司首长会同议决。如果仍然不能解决问题，便要向中央政府报告，由皇上主持召开专门会议来裁判了。“三司”制度的设立，地方权力大为削弱，中央政府与地方政府的联系进一步加强，对强化中央集权，稳定地方社会秩序起到了一定作用。从行政学的角度看，地方政府按其职能划分三司，边界清楚，各负其责，按行政专业实行部门化管理，确实适应了社会发展的要求。　　然而，事物的发展总是异化的。由于地方政治秩序的稳定、经济建设的繁荣、民众疾苦的抚恤、矛盾纠纷的调解、财政税收的征缴等等，都必须依靠强大的行政组织动员能力与有效的行政管理手段。所以，地方政府“三司并立”的体制机制，在具体运行过程中既不能突出行政管理体系的主导性，又因为相互牵制而严重影响管理效率。至明代中后期，官僚政治日益腐败，地方政府运转不灵的状态每况愈下。为协调三司首长之间发生的相互扯皮、相互掣肘现象，朝廷不得不经常性临时派出总督、巡抚到各省以节制三司。事情办完了，总督巡抚即回京交差。后来，这一做法由临时又转为常态，各省均设巡抚衙门，有权节制三司，总一省军政事务，成为地方政府实际首脑。　　明代行省的官署衙门虽已改称“布政司”，但行政区划和管理性质实际上与元代行省并无什么不同的地方，故人们仍习惯于称之为“省”。原因还有两条，一是机构名称好听，二是念起来简单顺口。据《明史·地理志》中讲：明成祖时开始设立两京，以京畿府州直隶六部，外委13个布政使，以统诸府州县。自宣德三年(1428)以后，统分全国为两京、13个布政使司。两京即京师(北直隶)、南京(南直隶)，13个布政使司即山东、山西、河南、陕西、四川、湖广、江西、浙江、广东、广西、云南、贵州、福建。南北两直隶也相当于两个省，故合起来便有15个省。　　省以下是府。府是省之下的二级行政区划。明朝将元朝的一些“路”的管理机构改造为“府”，置知府为其长，掌一府之政，除军事以外无所不管。洪武六年（1373年），以税粮多少为标准分天下府为三等：缴粮达20万石以上为上府，秩从三品；20万石以下为中府，秩正四品；10万石以下为下府，秩从四品，后又并为正四品。明朝与府同级别的行政区划单位有州，这些州有的领县，有的不领县，实际上相当于县。州置知州，从五品；同知，从六品；判官无定员，从七品。无属县的州不设同知、判官。州政府的职能设置与县政府相同。　　府之下便是县了。县在明代为第三级行政区划，也是基层政府。朱元璋划分县域行政级别的标准与府一样，基本上是按照缴纳给国家的粮赋多少来定。缴粮10万石以上者为上县，知县从六品；六万石以下为中县，知县正七品；三万石以下为下县，知县从七品。但当时不少县域都达不到这个标准。如湖北的郧阳1府7县，年赋总计仅为1万石。其中郧阳县、竹溪县尚不足1000石。后来有人向他建议说，按照税收规模来划分行政级别的办法不好，因为有些区位比较偏僻、发展比较滞后、经济比较贫穷的县域，社会矛盾与各种困难反而还要大些，领导人付出的心血与劳动也更多些。谁去落后县任职，哪个到先进县为官，并非他们自己挑选而都是你皇上圈点的。所以，为公平合理，应将所有县长的行政级别一律并为正七品，经济待遇也必须基本相同，这样有利于县官安心工作。朱元璋也觉得此言有理，就“笑而纳之”。据《明史·职官志四》中讲，至万历朝，全国总计有159个府，20个直隶州，235个属州，1169个县。

明朝地方行政制度

　　明朝的地方行政建置就元朝的十行中书省，改为十三布政使司区。简称为十三省，另设南北两直隶，犹如元朝的“腹里”。

皇帝
（中央政府）
北京顺天府
府、直隶州
县、属州

南京应天府
府、直隶州
十三布政使司
府、直隶州
县、属州

皇帝
（中央政府）
布政使司（省）
府、州（直隶州）
县、属州
布 政 使—民政兼司法，承宣布政使司
知府、知州
知县、知州
按 察 使—监察兼司法，提刑按察使司
都指挥使—军事，都指挥使司
指挥使—卫
千户—所
　　1、南北两直隶
　　明朝的政治区划以南北两京的地方为两直隶。南直隶称南京，包括今之安徽、江苏，于南京城郊置“应天府”。北直隶称京师，包括今之河北辽宁两面三刀省的南部，于北京城郊置“顺天府”。顺天府、应天府都设有府尹为长官。与其他近畿诸府州皆直辖于中央南北两京政府，故称直隶，而不另设布政使。
　　2、省、府（直隶州）、县（属州）三级制
　　明初改元之路为府，府之下为县，在原则上是“府县两级制”。府县之外另有州，大州直辖于省，与府相同，谓之直隶州。小州则属于府，与县相同，谓之属州。所以在形式上，似乎成为府州县三级制。加“布政使司”区，成为“省”、“府”、“州”、“县”四级制。明代晚叶在“布政司”上又设“督”（总督）、“抚”（巡抚），原为中央御史之临时兼职，后成为常驻官，于是在形式上竟成为“督抚”、“布政司”（省）、府、州、县，五级制了。然而实质上仍以府（或州）、县两级地方行政为基础（如秦汉之郡县，隋唐之州县），上加省级，可称为“三级制”。
3、布政使、按察使和都指挥使

（1）布政使：“布政使”的全衔是“承宣布政使”，每省置左右“承宣布政使”二人，秩从二品。布政使原是一种承上启下的监司性质，放多事不公要陈报中央诸部，不要取得总督巡抚的许可。不过因其总揽一省（布政使司区）之大政，遂为一省之最高行政首长。

2）按察使：与“布政使”同列，掌管一省之监察与司法有“提刑按察使”一员，其品秩为正三品，比“布政使”低一级。在“布政使司”下分设若干不同性质的监察区划，名为“道”，有“督粮道”、“督册道”、“分守道”等，由布政使下的参政与参议兼任之。有“提督学道”、“清军道”、“驿传道”、“分巡道”等，由按察使下的“副使”、“佥事”分任之，其区划名称颇为复杂。又京畿地方所设诸道，因直隶无布政使司，其道司则由附近诸布政使司分摄这（如北直隶之密云道、大名道、天津道、霸州道，由山东省兼管，易州道、口北道、昌平道……由山西省兼管）。

（3）都指使：都指挥使，亦称“都司”（正二品官），掌管地方军事，与“布政”、“按察”分掌“行政”、“监察”、“军事”统称为地方三司。

4、府、州、县

（1）府：“府”有京府与非京府之别，一般府之长官称知府，唯顺天、应天两“京府”之长官皆称府尹。为正四品官。府官掌一府之行政、教化、钱粮、治安。

（2）州：“州”之长官，称知州，品秩为从五品，州有大小，有直隶、属州之别。大的“直隶州”为直隶于省之州，地位与“府”相同；小的“属州”，属府管辖，地位与“县”相同。

（3）县：“县”之长官称知县，为七品官。府、州、县之行政体系与职务，大致与宋朝相同。 “府”、“州”、“县”虽在布政使司（省）之下，实系地方之基层行政组织，与“布政使司”介于监察行政之间者不同。

佥事这个官职的设置始于金代，称呼为按察司佥事。元代时期，诸卫、诸亲军以及廉访、安抚诸司。都置佥事。明代继承这个制度，都督、都指挥、按察、宣慰、宣抚等都有佥事。这个官职属于武职系统，从事按察的职能。

明朝的按察使司设佥事，作为辅佐按察使、分领各项事务的官员，品级为正五品。其职责及人数不定，以具体所领事务为准，如有分领提学、驿传、清军、分巡、兵备等道。

明代提刑按察使司（按察使，管理一省军事的长官） 的属官,无定员，分道巡察

明朝布政司分守参议为从四品，职责是分守各道，及派管粮储、屯田、清军、驿传、水利、抚民等事，大致相当于现在的省政府分管几个地级市粮储等专项事务的专员（副厅级）。提刑按察副使为正四品，职责是分道巡察，其兵备、提学、抚民、巡海、清军、驿传、水利、屯田、招练、监军，大致相当于现在的省纪委分管几个地级市兵备等专项事务的副书记（正厅级）。

提刑按察司是元朝(至元二十八年后改肃政廉访司)、明朝(改称提刑按察使司)、清朝(改称按察使司)三代设立在省一级的司法部门，主管一省的刑名、诉讼事务。同时也是监察机关-都察院在地方的分支机构，对地方官员行使监察权。
主管为提刑按察使或称为按察使。简称臬台、臬司。
提刑按察使在明代与承宣布政使并为一省最高长官，入清，则与布政使并为巡抚所制，虽名为同僚，实乃属官。
明代地方上分为省、府、县、里四级。其中，只有省一级才设立了专门的司法机构--提刑按察使司，其长官提刑按察使掌管全省的刑名案件，其审理权限仅仅限于徒刑以下(包括徒刑)的案件，徒刑以上的案件必须报到刑部审理。