地球上，存在着平行宇宙，他们的科技比我们现时科技先进太多。他们的重庆宇宙观测站关闭时产生意外，主角邓名，一个在本位面信息爆炸时代长大的美术学院油画系大学生，被传送到平行宇宙，时间穿越到了南明永历12年 (清顺治15年、公元1658年)。
被夔东十三家之一的将领袁宗第误认为是大明宗室，由此开始了一系列传奇故事：二十骑奔袭昆明，火烧昆明，经营四川，转战长江，灭八旗禁旅，杀福临，居然还能在敌军的通邓要饷与明哲保身的双重规则下，与满清辖下的各地封疆大吏做生意，然后发兵缅甸图谋救危难之中的永历，…………
书中主角的传奇故事，你可以看到各种不可思议甚至被认为是荒诞历史事件的影子：朱棣取代建文帝时的军事战史，野猪皮家族的发家史，满清与关宁军的走私野史，南明抗清时期各大军阀内讧出卖同袍战友史、满清末期东南互保历史等等。
另外，该书对那些，在南明朝廷民族危难时期，投靠异族的文人士子、卖国求荣的将领官员、自私自利的缙绅地主阶层的滑稽嘴脸和荒谬行径，进行了各种形象的刻画。
主角邓名被传送到平行时空，与南明诸军阀存异求同一起发家致富，更是采用潜移默化的方式孕育治下民众懵懂的民本思想，无形中推动经济改造社会，引导社会制度改革。

灰熊猫原本打算将该书起名为《上游》 ，纵横中文网的编辑认为这个名字不好，建议从《伐清》、《战斗在永历末年》、《永历十三年》、《顺治十五年》等名字中挑一个。从谏如流的灰熊猫就放弃了《上游》这个名字。灰熊猫还是挺喜欢伐清这个名字的，觉得很有灰熊猫风范，还认为读者还是要等到全书接近完本时才能猜到原书名的含义。
然而，没有等到该书完本，作者在纵横网站灰熊猫《伐清》专访里面说出了上游的含义。
灰熊猫认为：因为有个说法，说中国的民族性格，夏商周如同黄河的上游，清澈见底；汉唐宋如中游，大气磅礴；元明清如下游，浑浊淤塞。邓名崇尚上游时的清澈，所以叫《上游》。