新选组，有时会见写成新撰组，究竟哪个才是正确？两个字在日语里是同音，而在幕末时期的史料中，两字似乎有混用。但踏入明治时代，对新选组的研究或回忆录上，则开始有明显区分。子母泽宽的《新选组遗闻》、司马辽太郎的《新选组血风录》及山冈庄八《德川庆喜》都选择采用「选」字；而吉川英治《贝壳一平──幕末维新小说名作选集》及吉村昭《幕府军舰「回天」始末》则选用「撰」字。

在岛田魁的日记上，记载「幸蒙吾皇传奏，得赐新选组之名。」据说由会津藩上表，获朝廷赐名的新选组，在其会津藩文献上叙述的是「新撰组」。

香港地区则以「撰」为读音，包括儿时动漫和月伸宏的《浪客剑心》，配音都读作新撰组。若以中文字的含义也有看法。字面上，「选」是精挑细选组成的新组织，乎合了它贵为一群不问出身阶级但立场一致的浪人团队；而「撰」字更具有才能、辅助和纂集的意思，似乎更适合这剑术高明的佐幕浪士组。曾有学者及历史家指出起初确实是新撰组，而「选」字的出现是因为近藤勇写文件时的手误，也有说法是因为日语发音一样，浪士们也只求言谈上的沟通，所以他们误写并随后以讹传讹。这些真确性已无从稽考，就让我们看看史料记载吧。

坚持「选」字的一方认为局长送回多摩老家的家书盖着印章，印章正是采用「选」字。虽不知这是否官方印章，但也确实是一个实证。信件现存东京町田小岛资料馆中。而据子母泽宽的记载，八木家次子八木为三郎访谈中提及新选组屯所八木邸门前的牌面是「选」。

其实幕末年代这两个字已不作区分，史料记录上双方也平分秋色，而现今京都当地及日本官方已一致采纳了「选」字的写法，那我们就无须为此执着，应该以「新选组」流传下去。