先秦时期的哲学在讨论天人关系时有多种观点。《内经》结合医疗实际，提出人与天地相应的论断，强调人与生存环境密不可分的关系。这一思想尽管也有把天地和人体外部形象作牵强比附的不足一面，但其积极意义在于把四时气候、地理环境和人体健康紧密相连。可见，中医早期的理论体系既把人体内外看成是一个有机联系的整体，又把人与自然看成是一个统一的整体。这种整体观正是中医理论的基本特点。
在今存的《内经》、《难经》中,还广泛讨论了疾病预防，具体疾病的病因、病机及诊断，脉学、治则、药性理论，方剂配伍原则，腧穴、针刺方法等内容，总结了秦汉以前的诸多医学成就，同时又为后世临证治疗提供了启示和理论依据。中医基础理论形成于秦汉，是中国医史中具有划时代意义的大事，推动了此后在理论指导下的中医临床各方面的发展。 在中国传统医学发展史上,除中医学之外，还存在着西夏、契丹、回鹘、彝、傣、维吾尔、朝鲜、蒙古、藏等多种少数民族医学。它们在发展过程中，互相影响、互相渗透、互相促进。
西汉张骞通西域以来，西域的许多药物(胡桃、石榴、红花等)传入内地。中医书中，吸收了少数民族丰富的医疗经验。例如唐代的《千金要方》、《外台秘要》中，就有许多少数民族的经验医方。五代郑虔的《胡本草》、明代兰茂的《滇南本草》等，更是集中反映了少数民族用药经验。
少数民族医学家用汉文撰写的医药书，实际上已成了中医学的一个组成部分，如元代蒙古族医药学家忽思慧的《饮膳正要》、沙图穆苏的《瑞竹堂经验方》等，均反映了蒙古族医学的经验，其中又汲取了中医学的理论和经验，使之融为一体。
中国各少数民族医学在形成发展过程中，也充分注意汲取汉族或国外的医学知识。
近代出土的西夏医学文献表明，西夏医学除以党项族医疗经验为主之外，还糅合了汉族医学及古印度医学的若干理论内容。
维吾尔族医学中含有汉族医学、阿拉伯医学、波斯医学、古印度医学和藏医学的内容。其理论体系中包括五行(金、木、水、火、土)、四元素(土、水、火、风)和四体液(胆液质、血液质、黏液质、黑胆质)的内容就是一个明证。
朝鲜族医学中含有四象学说(认为人有太阳、少阳、太阴、少阴四种类型)及该学说与脏腑、表里寒热理论相结合的辨证理论体系。
蒙古族医学汲取藏族医学、汉族医学的成分，在其独特的理论体系中包括了三根(赫依、希拉、巴达干)、阴阳、六因辨证、五大元素等学说。
藏族医学的形成，也与汉族医学和古印度吠陀医学有关。《西藏王统记》记载，文成公主进藏时带去了医方百种，诊断法五种，医疗器械六种，医学论著四种。这批医书后译成藏文，取名《医学大典》(藏名《门杰亲莫》)。 中国传统医学广泛地汲取了世界各民族的医药经验以充实自己。
中国的药物有一部分就是外来之品，如胡椒、槟榔、沉香、乳香、丁香等。在唐宋繁盛的对外贸易活动中，大量的外来香药输入中国。福建晋江出土的宋代沉船中，就有大批外来药物。唐代《新修本草》中，将多种外来药正式著录。当时西方的万用药底野迦就是此时被记入中国本草的。五代时波斯裔学者李珣所撰《海药本草》，含有丰富的外来药物知识。清代赵学敏《本草纲目拾遗》中，首次介绍了金鸡纳等西洋药物。这些外来药物及用药经验已成为中医学的一部分。
在医方书中，外来的医方也屡见不鲜。如《千金要方》、《外台秘要》等书中记有较多的印度、高丽、波斯等国的医方。元末明初编撰的《回回药方》，集中向中国介绍了阿拉伯医药经验。医疗技术的传入主要体现在制药技术方面，如阿维森纳创用的金银箔衣丸，在宋代已有运用。与此同时，西方的制作蔷薇水的蒸馏技术也传入中国。相对而言，外来的医学理论很少传入中国并对中医产生影响的较少。
同样，中医学外传也对世界医药学的发展产生了积极的影响。中国的炼丹术在8世纪前已传入阿拉伯，对世界制药化学影响深远。脉学知识也被阿维森纳《医典》收录。大量外来药输入的同时，中国的川芎、白芷等药也输往海外。元代中国与阿拉伯的医学交流尤为广泛。当时波斯国(今伊朗)学者拉希德·丁·哈达尼(Rashidal Dinal Hamdāni 1247～1318)编纂的《伊儿汗的中国科学宝藏》中，包括了中医学的脉学、解剖、妇产、药物等多方面的知识，并附有脏腑和诊脉部位图。明代郑和七次下西洋，将人参、大黄、麝香、茯苓等药传至海外。清代人痘接种术外传欧洲，对牛痘的发明有直接的影响。而中国与日本、朝鲜、越南、印度等国的医药交流更为密切。
中国和日本在隋代以前就有交流。自公元562年吴人知聪携《明堂图》等医书到日本之后，中国历代主要医药书籍无不迅速传至日本。例如藤原佐世《日本国见在书目》(891年)记载的中医书已达163部、1309卷。唐代日本的遣唐使及僧侣的往来，是医药书籍传入日本的主要途径。鉴真东渡也带去了中国的医药知识。中医书传入日本，对其医学产生了深刻的影响。同时，多种在中国失传的医籍(或其内容)在日本国保存下来，以后又陆续传回中国，为中医发展做出贡献。如《新修本草》、《小品方》等，均在日本存有残卷。丹波康赖的《医心方》(982年)，汇辑了中国隋唐以前200余家方书，其中引用的许多医书在中国早已失传。日本大宝元年(701年)颁布的《大宝律令》中，引进了中国唐代的医事制度、医学教育方式等。公元1168年，日僧荣西携茶种归国，又著《吃茶养生记》，开日本饮茶风气之先。某些古代中国出现的重要医学学派，也在日本有深刻的影响(如李东垣、朱丹溪等)。中医学传入日本，为日本传统医学的建立和发展发挥了巨大的推动作用。
中国和朝鲜的医学交流有着很长的历史，魏晋南北朝的医书中已多处提到高句丽的炼丹术和方剂、药物。高丽大量刊行中国医书，保存了许多中医古籍。北宋时中国保存的《黄帝针经》(即《灵枢》)已残缺不全，正是依靠高丽所藏的全本，才使该书在中国重新流传。元明两代朝鲜数次派遣医官来华切磋医学，并将讨论的内容整理成书(如《朝鲜医学问答》、《医学疑问》、《高丽质问录》等)，成为中朝医学交流的宝贵史料。朝鲜医家编撰的名著《医方类聚》(1445年)、《东医宝鉴》(1596年)中，辑录了众多的中国传统医学资料。
古代中国和越南的药物和医术交流十分频繁。越南的一些医学著作，多采用或参考中医的文献。如清乾隆年间越南名医黎有卓的《海上医宗心领》中，采用了《内经》的理论以及桂枝汤等医方。越南的医书(如陈元陶《菊草遗草》、阮之新《药草新编》)也曾在中国流传。
中国和印度两国以佛教为桥梁，进行了广泛的文化和医药交流。《隋书·经籍志》中著录的印度医书译本就有12种。印度医僧在中国传扬佛法时，也将印度医术带进中国。现存的晋唐间医书中，还可以见到印度医学四大学说的内容，以及耆婆等印度医家的医方、按摩术、养生术等内容。印度医学对汉族医学影响最大的是眼科。《外台秘要》转载陇上道人的《天竺经论眼》中，明确提到曾得到西国胡僧传授。金针拨内障术最初来自印度，给唐代士大夫留下了深刻的印象。藏医学中汲取了印度医学中的三元素、七种物质、三种排泄物以及药物的六味八性十七效等内容。中国的药物(如人参、茯苓、当归、远志、麻黄、细辛等)也传入印度，被印度人称之为神州上药。 在宋代印刷医书之前，医书的传播主要靠手抄。汉魏以前的医书写录在竹简木牍和缣帛(丝织品)上。1973年湖南长沙出土的马王堆汉墓医书就是这一类的医书实物。
造纸术发明以后，医书逐渐用纸书写，采用卷轴形式，即所谓卷子本医书。近代敦煌出土的医书多为这种类型的实物。晋代、南北朝乃至隋唐的医书基本上都是卷子本。此外，也有将医方刻石以广为流传的例子(如洛阳龙门石窟的唐代医方)。
北宋时，医书开始广泛地采用雕版印刷，促进了医书的校勘整理和传播，医籍由卷轴式变为如今所见的册页式。以后在近现代虽有石印、铅印等新印刷技术出现，但仍未改变医书的基本形式。 最早的三品分类(简单的功效分类法)首见于《神农本草经》。从南北朝《本草经集注》开始，按药物的自然属性(玉石、草、木、虫、兽、果、菜、米谷等)分类盛行，被此后主要本草文献采用。该书诸病通用药以病名类药，为临床用药提供了方便。
药物分类思想常影响到具体药物的归属或各类药物在本草书中的编排顺序，如陶弘景受道家炼丹服石影响，把矿物药置于书前；李时珍《本草纲目》按从微至巨从贱至贵编排各类药，并认为人是最高贵的，故以人部殿后。
金元时期及以后，药物分类已具备按药物性质(性味)、作用(功能主治)、作用部位(脏腑经络)、作用趋势(升降浮沉)、作用强度(猛将、次将)、药用部位(根茎花果)及所治疾病等多种分类法。《本草纲目》的二级分类(按自然属性)科学性较强，在古代最受重视。 明代末期，医学经典著作的研究逐渐受到重视。清乾嘉年间考据风气盛行，将注释、阐发乃至辑佚古代经典医著推进到一个新的高度。清代黄元御尊岐伯、黄帝、扁鹊、张仲景为四圣，因此他特别重视《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》的研究。他的这一思想，是当时一批尊经尚古医家的代表。综观明清时对古典医籍的研究，除黄元御提到的几种之外，还有《神农本草经》，都是汉代以前的著作，由此可见当时崇古学风之一斑。
《内经》是中医基础理论方面的经典著作。梁代全元起、唐代王冰等曾分别将《素问》予以注释。此后七八百年间，很少有高质量的《内经》注本。明代吴昆的《素问吴注》多从临症出发，理论联系实际；马莳、张志聪二人均全注《素问》、《灵枢》，马莳擅长针灸，故所注《灵枢》中有关经脉、腧穴、刺法等独具匠心；张志聪集合同窗及门人共成《素问集注》《灵枢集注》，校注质量较高。
将《内经》内容分类综合加以整理研究而又成果显著的有明代张景岳。张氏的《类经》结合医学的实际运用分12类归纳《内经》，较隋代杨上善的《太素》前进了一大步。滑寿《读素问钞》删繁撮要，以类相从，甚便实用。李中梓的《内经知要》以八类概括中医基础理论，取材精当、简明扼要，为后世医家所欢迎。沈又彭《医经读》分类最为简要。黄元御《素问悬解》、《灵枢悬解》就原篇分类，独创一格。
至于就《内经》中某一部分理论问题予以发挥阐解者更不胜枚举(见《内经》)。《难经》虽在唐宋元三代均有注家，但明清以后注家倍增(见《难经》)。明代张世贤《图注八十一难经》，采用图解形式注释方式，对理解原文有一定帮助。清代徐大椿《难经经释》，将《内经》、《难经》的有关内容相对照，阐述其义理与渊源。对张仲景《伤寒论》的研究，已见前述。因《金匮要略》问世较晚，故元代才有注释本，而明清注本最为繁盛(见《金匮要略》)。《神农本草经》自明末至清代，陆续产生了辑佚本近十种，以张志聪、高世栻、姚球、徐大椿、陈修园等医家为核心的尊经派对《神农本草经》进行阐释，并与张仲景用药法相对照，对发掘古代用药经验卓有成效。 随着医药实践的不断深入，医学经验积累的速度也不断加快。为了适应这一医学发展的需要，在明清时代各种总结性的或集大成的医药书籍不断涌现。
药学方面最突出的成就是明代李时珍的《本草纲目》，它集16世纪以前中国药学之大成，在所收药品种类和资料内容的丰富方面达到了一个高峰。书中纠正了以往本草书中的某些错误，创用当时最先进的药物分类法归并药物。
《本草纲目》出现以后，对此后的药学发展影响深远，明末及清代的药学著作大多从该书汲取营养，再加发展。清代赵学敏《本草纲目拾遗》又再次补充《本草纲目》以后的许多药物知识和种类。吴其浚《植物名实图考》虽然是一部植物专著，但其分类及某些植物的资料也源自《本草纲目》。
方剂学方面，明初朱棣的《普济方》，是中国现存最大的一部方书，载方61 000余首，可称得上15世纪的集大成医方书。
临床医书方面，明代王肯堂《证治准绳》最负盛名。该书分杂病、类方、伤寒、疡医、女科、幼科六科(又称《六科准绳》)，内容丰富、纲目清晰，立论较公允，甚便临床运用。此外临证医书较实用的还有明代虞抟的《医学正传》、龚廷贤的《寿世保元》、林佩琴的《类证治裁》等书。
外、伤科的著作在这一时期空前增多，很有影响的就有十几种，如明代陈实功的《外科正宗》、清代王维德的《外科症治全生集》、高秉钧的《疡科心得集》等。
针灸学则以明代杨继洲《针灸大成》最为引人注目，该书资料丰富，且有众多的实际经验。
妇科、儿科在宋代已有集成性的著作出现，明清时期这方面的著作在资料性方面虽嫌不足，但临症治疗经验则比较丰富，例如明代傅山的《傅青主女科》、万全的《万密斋医书十种》、陈复正的《幼幼集成》等，分别对妇、儿科医疗经验作出了总结。其他像眼科、喉科、气功与养生等方面，也都有一些较好的医书出现。
明清时期民间印书业十分发达。为了适应学医者对医书的需求，出现了不少医学全书、类书和丛书。其中比较著名的有明代徐春甫的《古今医统大全》。该书辑录了230余部医籍及其他文献中的内容，全面丰富。张景岳的《景岳全书》和王肯堂的《证治准绳》也都是学验皆富的医学全书。
清代蒋廷锡等受命编纂的《古今图书集成》中的医学部分(即后世单行的《古今图书集成·医部全录》)集录古典医籍注释、临证各科证治、医家传略、医学艺文与记事等内容，为清代著名的医学类书。而医学丛书的数量更为众多。王肯堂、吴勉学编辑的《古今医统正脉全书》收集了明代以前重要医书44种。清政府诏令纂修的《医宗金鉴》，包括了从理论到临床各科的内容。文字通俗，取材精当，是非常实用的医学丛书。
此外，私人撰写的医学丛书甚多，影响较大的有汪机的《汪石山医书》、薛己的《薛氏医案》、张璐的《张氏医通》、徐大椿的《徐灵胎医书八种》、沈金鳌的《沈氏尊生书》、陈修园的《南雅堂医书全集》等。 明清时期中国人口增加迅速，尤其是清代后期，人口的猛增对医生的需求量也相应增加。医学教育在这段时期以师带徒或家传形式为主，社会上对医药保健也更为关注，因此大量的普及性医书应运而生。
最为多见的是歌诀体裁的中药、方剂启蒙书(如《珍珠囊药性赋》、汪昂的《汤头歌诀》等)。清代对医学启蒙普及做出贡献的医家陈修园，编撰了《医学实在易》、《医学三字经》、《时方歌括》等医学入门书，通俗而不平庸。
较医学启蒙书更高一层的医学通俗读物，在深入浅出、提纲挈领方面下了一番功夫，更适合临床医生所需。如汪昂的《医方集解》、《本草备要》，吴仪洛的《成方切用》、《本草从新》，李梴的《医学入门》等。其中程锺龄的《医学心悟》，文字虽然简明，但在归纳四诊、八纲、八法及临床各科证治方面颇有发明，又非寻常入门医书可比。
在众多的普及医书中，当然也有不少粗制滥造之品。民间医生中，有些人就靠几本入门书挂牌行医，不深究医理，故理论水平甚低。 在明清医书中，医案是比较独特的一类著作。医案这种形式的医书，虽并非起源于明清，但在明清发展最快，形式多样、种类繁多，且对其作用已有理论探讨。如清代俞震的《古今医案按》中指出：医之有案，如弈者之谱，可按而复也。
此时独家医案较好的有明代女医谈允贤的《女医杂言》、汪机的《石山医案》、清代的喻嘉言《寓意草》、叶天士的《临证指南》、吴鞠通的《吴鞠通医案》等。
诸家医案合编类的医案则有明代江瓘的《名医类案》、清代魏玉璜的《续名医类案》、柳宝贻的《柳选四家医案》、俞震的《古今医案按》等。
明清时医案著作的兴盛，对近现代此类著作的编纂有深刻的影响。
18世纪末，唐大烈在苏州举办《吴医汇讲》，这是中国医学史上最早的杂志性的医学文献。其取材杂而广，凡属医门佳话，发前人所未发，可以益人学问者，不拘内、外、女、幼各科，无不辑入(《吴医汇讲》)。文稿随到随镌，连续刊行。自1792年刊出第一卷，至1801年共出11卷，每卷均合订为一册。当时名医叶天士的《温证论治》、薛雪的《日讲杂记》都是先在《吴医汇讲》上刊出的。

万氏广纳前人经验，继承家学，著书立说，撰有《保命歌括》35卷，《伤寒摘锦》2卷，《养生四要》3卷，《内科要决》3卷，《幼科发挥》4卷，《育婴秘诀》4卷，《痘疹心法》23卷、《片玉新书》5卷，《片玉疽疹》13卷，《广嗣纪要》16卷。合为《万密斋医书十种》，凡108卷，70余万字。此外，有手秒墨本10余种，现存有《万氏外科心法》、《酒病点点经》、《万氏秘传眼科》，并收集到刊本《痘疹歌括》和《幼科指南》。