四库全书其实并不能算是严格意义上的古籍整理。甚至可以说，这是一场表面上的古籍整理，实际上目的是将古代的文籍篡改以删去不利之处保留对其有利的部分。所以这并不是什么文化整理，而是粉饰的焚书坑儒，而且较之有过之而无不及。其中大量珍贵的史料遭到篡改或销毁，不得不称是中国历史上一个文化浩劫。
它的收集在客观上其实毫无价值，所谓的‘整理之功’只不过是集聚篡改后的糟粕罢了。
文人鲁迅在批评明清和民国文人时表示：“现在不说别的，单看雍正乾隆两朝的对于中国人著作的手段，就足够令人惊心动魄。全毁，抽毁，剜去之类也且不说，最阴险的是删改了古书的内容。乾隆朝的纂修《四库全书》，是许多人颂为一代之盛业的，但他们却不但捣乱了古书的格式，还修改了古人的文章；不但藏之内廷，还颁之文风较盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有些骨气的人……清朝的考据家有人说过，“明人好刻古书而古书亡”，因为他们妄行校改。我以为这之后，则清人纂修《四库全书》而古书亡，因为他们变乱旧式，删改原文；今人（民国）标点古书而古书亡，因为他们乱点一通，佛头著粪：这是古书的水火兵虫以外的三大厄。 ”----（鲁迅《病后杂谈之余》）
“清人纂修《四库全书》而古书亡矣！”——吴晗 虽然《四库全书》在编纂过程中，有删削、挖改内容等过错，但是在某些方面也起到一定的作用。其次，在古籍整理的方法上，尤其是在辑佚、校勘、目录学、汇刻丛书等方面给后人留下许多有益的启示：在辑佚方面，四库馆臣从《永乐大典》中辑出佚书并收入《四库全书》者共有385种，为后代的辑佚工作提供了一个良好的范例；在校勘方面，为后代的校勘工作树立了一个良好的榜样；在目录学方面，《四库全书总目》的编纂方法对后世产生了深远的影响；在汇刻丛书方面，清人以《四库全书》为榜样，掀起了编刻丛书的热潮。近年《四库全书存目丛书》和《续修四库全书》也有出版，。
嘉惠学林，功在千秋——国学大师季羡林（我以为弊也在千秋，甚至更甚。）
传世藏书，华夏国宝——著名学者张岱年
《四库全书》是中国文化史上的空前杰作，一直被学界誉为东方文化的金字塔。——研究员罗家祥
《四库全书》几乎囊括了清乾隆以前中国历史上的主要典籍。——《解放军报》