《直捣蜂窝的女孩》是《千禧年系列》的第三部，不仅篇幅最长，也是内容最丰富的一部。
女主角莎兰德年纪27岁，身高154公分，体态瘦小。十二岁时因纵火谋杀父亲，被判定患有精神疾病而关押在精神病院。十八岁时被法庭宣判无行为能力，必须在监护之下生活。莎兰德性格怪异，沉默寡言而不善交际，往来的都是社会边缘人，几乎没有朋友。然而，莎兰德在智力方面其实类似于天才，数学演算能力高超且过目不忘，自学成才的电脑功底，达到世界顶级骇客的程度。
男主角布隆维斯特年纪45岁，外貌堪称好看，性格正直且聪明机智，对女性有强大的吸引力。布隆维斯特拥有一家杂志社，专门揭发企业和政府的黑暗内幕，曾因为刊载某位企业家的犯罪行为而遭到毁谤罪的判罚，并因此入狱服刑三个月。但事后在不懈的努力下，收集到完整且充分的证据，将该位企业家扳倒，因而一战成名。
在《千禧年系列》的第一部《龙纹身的女孩》当中，莎兰德所打工的保全公司委托布隆维斯特调查一起案件，两人因此有了交集。布隆维斯特之所以能顺利洗刷自己毁谤的污名，主要也是因为莎兰德以骇客的身份，侵入犯罪企业家的电脑中，取得关键的机密文件。两人之间完美的配合模式于此建立起来，莎兰德负责入侵电脑取得资料，布隆维斯特负责侦查并核实资料的正确性，并以媒体必须保护消息来源的理由，将非法取得的资料来源变为合法。
在《千禧年系列》的第二部《玩火的女孩》中，故事的焦点转移到莎兰德，以其法定监护人对其性侵害，带出莎兰德之所以谋杀父亲、遭判定为精神失常、进而遭行为限定的真实理由。原来莎兰德的父亲是一个前苏联KGB叛逃至瑞典的间谍。莎兰德的父亲在瑞典安顿下来后，与莎兰德的母亲相遇，虽然共同生下一对双胞女孩，但莎兰德的父亲长期殴打虐待她的母亲。在莎兰德十二岁时，母亲被殴打致残必须长期住院，莎兰德在求助无门的情况下，自行动手谋害父亲。然而，由于莎兰德的父亲身份特殊，国安局基于自身的利益考虑，乃设法将莎兰德监禁至精神病院，以确保她不能说出其父亲的身份秘密。事实上，莎兰德的精神病医生和法定监护人都是国安局的人。就是因为这些不公平的对待，莎兰德形成自闭的性格，对警察、法院等公权力机构全然不信任。在遭到法定监护人的性侵害后，莎兰德私自采取行动对其制裁。结果这名法定监护人找到莎兰德的父亲，怂恿其追杀陷害莎兰德，于是莎兰德被卷进一系列的凶杀案件之中，还遭到警方的通缉。
在《千禧年系列》的第三部《直捣蜂窝的女孩》中，故事终于进入高潮，事件的重点也不再是个人恩怨，而是转为公权力与公权力之间的对决。在冷战时期，瑞典的国安单位混有少数俄国间谍，国安局的职能是确保国家的安全，但如果单位内部遭到间谍入侵，则没有更高级别的单位能进行稽查，因此一个特别的小组就此成立。这个小组没有正式的名称、就官方而言根本不存在，为了确保这个小组的运作，除了国安局的秘书长和财务主管外，连首相都不知道有这个小组的存在。就是这个小组接收了莎兰德父亲的叛逃，并为其改换身份，以换取关于俄国间谍的情报。也是这个小组掩盖了莎兰德父亲长期殴打她母亲的事实，并制造虚假资料而将莎兰德关进精神病院，也因此莎兰德到了27岁了都还不能为自己的财产、行为做决定。事实上，这个国安局的特别小组违反了宪法对人身自由的保障，严重侵害莎兰德的人权。
在采取了一系列报复行动后，莎兰德和她的父亲都受了重伤，双双住进了加护病房。而莎兰德的法定监护人也在之前的报复行动中遭到杀害，一份被隐藏多年、关于莎兰德十二岁被关进精神病院的真实缘由的档案被布隆维斯特取得。于是，特别小组面临极度的危险，这个小组一旦曝光，除了小组成员将会受到刑事审判外，人民将会强烈质疑现任政府，产生严重的宪政危机。特别小组必须出动将事情摆平。与此同时，布隆维斯特光是有一份多年前的报告还不够，并不足以证明小组的存在，也无从得知小组成员有那些人，因此必须进一步地追踪事情的真相。于是，一方是要确保莎兰德的行为失能判定持续下去，确保相关人员都保持隐秘，一方则是要推翻莎兰德的精神失常宣判，并挖掘出所有相关的人员，而两方恰好都是公权力的代表。
小组前任的组长出动了，他是一个罹患癌症、死期将近的人。他的策略很明确，找莎兰德原来的精神病医生出马，撰写虚假的精神状况评估报告，让法院相信莎兰德确实有严重的精神疾病，必须管押在精神病院中；以国安局的军事机密为由，误导检察官，回收被布隆维斯特取得的档案，并将同情莎兰德的警员调开；全面监视和监听布隆维斯特的一举一动，掌握媒体调查的进度；最后是杀死莎兰德的父亲，彻底断绝他的威胁。由于小组是一个隐秘的机构，没有任何文件能证明小组的存在，更没有文件能证明这些小组成员隶属于国安局，因此当小组前任组长寄出大量疯狂的恐吓信件，然后动手枪杀莎兰德的父亲时，警方认定只是一个疯狂老头的疯狂行径。
布隆维斯特也不是个省油的灯，他找到莎兰德之前打工的保全公司，在家中装设隐秘的录像机，录下小组成员侵入他家埋设机关的影像，并派人跟踪那些跟踪他的人。他在机密档案被抢夺回去之前复制好几个备份，分开收藏在不同的地点。他让莎兰德侵入她的精神病医生的电脑系统中，找到重要的通信资料，指证对方曾经、并准备再次陷害莎兰德。布隆维斯特还设法找到国安局中负责确保宪政体制的单位，告知特别小组的存在，并提出相关的证据证明这个小组不仅存在，还做出了违反宪法，侵害莎兰德人权的犯罪行为。而这些消息和资料，最终以非常隐秘的方式到了现任首相手上。
现任首相完全不知道小组的事情，如今必须面对艰难的抉择，包庇掩护小组，则自己也陷入了违法的事件当中，但任由布隆维斯特揭发小组的存在和犯罪事证，则会引发宪政危机，造成现任政府的崩溃。首相最终的决定是，主动出击，在国安局内成立一个临时的宪政小组，针对特别小组进行调查。但在确认一切之前，必须在私下进行，如果事情是真的，可以避免打草惊蛇，如果事情是假的，则可以避免国安局内部的动荡。无论是首相、警方还是一般的记者，在得知莎兰德的遭遇后，都极度的愤慨，不敢相信竟然有人能枉顾宪法和人权自由，做出如此罪大恶极的事情，而这还是以保护国家人民安全为己任的公务人员。
结果自然是正义获得伸张，坏人遭到制裁，莎兰德也被法院宣判精神没有失常，可以自由地为自己做一切决定。