漠南之战是一个打得有点奇怪的仗，史记中对此战记载不详，因此后世的评价也不一致。汉军此战是第一次跟匈奴单于主力对战，带有一定试探的性质，所以卫青打得很小心。农历二月第一次出塞，杀敌三千后即退回关内修整。据史家推测，汉军这次应该是遭到匈奴伏击，己方损失惨重，所以卫青退回关内，等待汉武帝的下一步指示。农历四月，汉军再次出塞，这次虽然斩敌1万，但是苏建和赵信带领的三千人马全军覆灭，苏建独自逃回，赵信投降了匈奴，成为匈奴单于的左膀右臂。严格说来，汉军这次出塞是以失败而告终，事后武帝没有对卫青加封。但是，虽然整体上失败了，霍去病的胜利却给汉武帝大大地长了脸。他率800轻骑，离开大军，独自追击匈奴数百里，偷袭了匈奴一个营地，斩敌2028，俘获了一大批身份重要的匈奴人。
漠南之战的挫折说明，中期作战，卫青兵团遇到不可克服的问题就是，匈奴已经清楚汉庭意图，后撤形成战略纵深，卫青兵团不敢长驱直入，怕被匈奴穿插分割，证明卫青兵团做战依然是改进型的阵地战，并未形成有效的高机动运动模式，从战略上对匈奴未形成威慑 。汉朝在两年内连续三次发出十万大军攻打匈奴，给国家经济造成沉重的负担。元朔六年（前123年）的战役中，汉朝军士、马匹损失十多万，兵器甲仗等物水陆运输的费用还都不计算在内，汉朝倾尽库藏钱和赋税收入仍不足以供给战士的费用。武帝于这一年设立武功爵，令百姓出钱买爵并得以缴纳赎金减免禁锢等罪刑，以补充军需。匈奴北迁，也对汉军反击造成了军事和经济上的双重压力。漠南之战虽然取得了胜利，但是并没有完成汉武帝歼灭匈奴主力的战略目标，匈奴兵马仍可以大肆劫掠汉境，来去如风。所以战役结束后，汉武帝虽然对霍去病褒奖有加，但却未给卫青赐封行赏，说明他对这个战役的结果并不满意。