《藤野先生》中的藤野一直鼓舞着鲁迅从事反帝反封建的斗争，"每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光下瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加了勇气了，于是点上一枝烟，再继续写些为'正人君子'之流所深恶痛疾的文字。"藤野先生影响了鲁迅的一生，一个重要原因就是藤野对鲁迅倾注了无私的爱。他平等公正、一丝不苟的为一个清国留学生改作业，连一根画错位置的血管也要当面替学生改过来；他关心学生的个体差异，听说中国人敬鬼，担心鲁迅不肯上解剖课；他尊重学生，尽管替鲁迅弃医从文感到惋惜，但理解鲁迅这位弱国子民的强国梦，临别还赠与题写了"惜别"二字的相片。这些对一个受尽了歧视和污辱的清国留学生是多么大的鞭策和鼓舞啊。热爱学生、理解学生，使藤野具有了强大的人格魅力，以至于影响学生的一生。

藤野医生，一个生活简朴，治学严谨，待人热情诚恳，对学生严格要求，没有狭隘的民族偏见的学者，他就是鲁迅在仙台学医的老师。在他的教导下，鲁迅受益匪浅。从他添改讲义中，看到了他工作认真负责，没有民族偏见；从纠正解剖图中，看到了他对学生的严格要求；从关心解剖实习中，看到了他的热情诚恳；从了解女人裹脚中，看到了他可贵的求实精神！ 从这课当中，我们不难知道，鲁迅他所表达的是要想真正的救国，就必须先改变人民的思想！ 确实，一个人如果头脑简单，四肢发达，那根本达不到国家的人才标准。相反的一个人如果勤奋好思，求知欲强，那必定会为祖国的建设增添光彩！ 想想自己和身边的恶人，是否也是这样。有强壮的身体，但思想却愚昧无知。为什么我们不努力学习呢？学习能充实自觉的知识，开阔自己的眼界！为什么我们要放弃学习的机会，而整天碌碌无为得生活呢？那只会让你的人生显得淡漠平庸；为什么我们把握现在，珍惜眼前呢？有的东西一旦失去就没有了，而失去后才知道珍惜还有什么意思呢? 把握现在，努力学习，你就会感受到世界的精彩，人生的美妙！藤野先生，一个生活简朴，治学严谨，待人热情诚恳，对学生严格要求，没有狭隘的民族偏见的学者，他就是鲁迅在仙台学医的老师。在他的教导下，鲁迅受益匪浅。从他添改讲义中，看到了他工作认真负责，没有民族偏见；从纠正解剖图中，看到了他对学生的严格要求；从关心解剖实习中，看到了他的热情诚恳；从了解女人裹脚中，看到了他可贵的求实精神！ ...

藤野先生》作者在文中回忆了在日本仙台医学专门学校（今日本东北大学）的留学生活，表达了深切的怀念之情。
另外，文中热烈赞颂藤野严九郎先生辛勤治学、诲人不倦的精神及其严谨踏实的作风，特别是他对中国人民的诚挚友谊。同时，也表现了作者强烈的爱国主义思想以及同帝国主义势力斗争的战斗精神。
这篇散文写于1926年10月12日，当时作者鲁迅正遭受北洋军阀及其御用文人的迫害，从北京南下，来到厦门大学任教，作者作此文予以怀念藤野先生，此文最初发表于同年十二月出版的《莽原》半月刊第23期，后收入散文集《朝花夕拾