公元1603年正月，努尔哈赤将部落迁往先祖旧居所在地赫图阿喇。九月，王妃那拉氏即孝慈高皇后去世。当初那拉氏妃生病求见其母时，其兄叶赫贝勒不许，悲痛而亡。 公元1604年正月，努尔哈赤讨伐叶赫部，攻克二城，夺取七座寨子。大明国授之为龙虎将军。 公元1605年，修筑外城。蒙古喀尔喀巴约忒部恩格德尔来归附。 公元1606年冬，恩格德尔会同蒙古五部使来朝贡，尊努尔哈赤为神武皇帝。这一年，限制民田。 公元1607年正月，因乌拉部落侵暴不断，瓦尔喀部的斐悠城主穆特黑来归附。努尔哈赤命舒尔哈齐、褚英、代善及费英东、扬古利率兵将其部众五百户迁徙。乌拉发兵一万截击，褚英等将其击败，斩首三千，获马五千匹。师还，对褚英等人厚加赏赐。夏五月，命弟巴雅拉、额亦都、费英东、扈尔汉征讨渥集部，俘取二千人还。秋九月，因辉发部屡次负约，努尔哈赤亲征，遂灭了辉发部。 公元1608年春，命褚英、阿敏等讨伐乌拉，攻下宜罕阿林城。乌拉部贝勒布占泰害怕了，重新通好，抓了叶赫部五十人以来，并请求通婚，许之。这一年，与大明守将订立盟约，各守边境，并设立界石。 公元1609年春，向大明国送国书，上称：“邻朝鲜边境而居的瓦尔喀部原来就是我的属地，请下令把它还给我。”大明要求朝鲜归还千馀户部众。冬十月，命扈尔汉征讨渥集部呼野路，尽收其地。 公元1610年冬，命额亦都率师招渥集部那木都鲁诸路路长来归附。雅揽路不愿归附，又劫掠部落众，还军将其歼灭。 公元1611年春，赐国中无妻者二千人给配，与金有差。秋七月，命子阿巴泰及费英东、安费扬古夺取渥集部乌尔古宸、木伦二路。八月，弟舒尔哈齐去世。冬十月，命额亦都、何和里、扈尔汉率师征讨渥集部虎尔哈，俘获二千人，并招旁近各路归附，得五百户。 公元1612年秋，因乌拉部屡次背弃盟约，又以鸣镝射和硕公主（鸣箭是游牧民族的一种指挥方式，鸣箭的射向是进攻方向），努尔哈赤亲征乌拉部，布占泰凭河而御。努尔哈赤大军驻师河东，攻克六城，尽焚其积聚。布占泰亲自出来乞和，努尔哈赤严厉地指责他，同意他以人质抵押求和，并留下军队驻防才回师。 公元1613年正月，乌拉部的布占泰再次与叶赫部私下结盟。努尔哈赤率师征讨，布占泰以兵三万来迎。努尔哈赤躬先陷阵，诸将领奋力攻击，大败敌军。布占泰退到城外，城已被占领，单骑逃往叶赫部。努尔哈赤遂灭了乌拉部，又派人向叶赫部索要布占泰，叶赫不给。秋九月，起兵攻叶赫部，并使人向大明国通报，逼降兀苏城，烧了其十九座城寨。叶赫向大明告急，大明国派使者调解。回师时经过抚顺，大明游击将军李永芳来迎。与之书曰：“与明无所猜忌”。 公元1614年夏，第八子皇太极迎娶蒙古科尔沁部莽古思之女。婚礼上，大明遣使来贺，自称都督。努尔哈赤对他说：“我认得你，你是辽阳无赖萧子玉。我不是不能杀你，只怕给大明蒙羞。报告你的巡抚，不要再行欺诈。”冬十一月，派兵将渥集部雅揽、西临二路收于，得千人。 公元1615年夏，明朝总兵张承胤派人来要地，被努尔哈赤拒绝了。他下令各佐领囤积粮食谷物。到了秋天的农历闰八月，皇帝的长子诸英死了。原来努尔哈赤打算把皇位传给诸英的，因为诸英残暴高傲，不得人心，于是他放弃了这个打算。诸英心生怨恨，向苍天烧了篇文章倾诉，被别人告发，上吊自杀而亡。冬十月，努尔哈赤派遣将领到渥集部东格里库路征兵，征得上万人。这一年，建立并制定了军队的制度。一开始用黄红白黑四旗来统领军队，到后来又增加了四面镶旗，并把黑旗换为蓝旗。设置五个治理国家政务、审理诉讼案件的大臣，并用扎尔固齐等十个人来辅助他们。这么一来归顺的人日益增多，疆土也日见广阔，各个贝勒大臣于是多次劝他进一步发展。