《蒙古秘史》（以下简称《秘史》）的文献学价值早已得到世界各国专家学者的公认，但还有诸如作者与写作年代等问题，仍没有得到解决。蒙古国学者沙·比拉称：“有些研究家（海涅什、鲍哈等人）试图确定该书的作者为谁，看来此举未必有什么结果。《纽察·脱卜察安》很可能是汗宫中的掌故搜集者和说书人的集体创作成果。它是在以合汗为首的‘黄金家族’主要代表人物积极参与下第一次用文字形式记录下来的产物。”这是一种解释，而很多学者认为《秘史》的作者一定会另有其人。
　　我国台湾学者札奇斯钦在其《蒙古秘史新译并注释》中同意姚从吾的观点称失吉忽秃忽为作者。这是根据《秘史》中成吉思汗对失吉忽秃忽说的“凡是你的话，谁也不许违抗！如有盗贼诈伪的事，你惩戒着，该杀的就杀，该罚的就罚。部众们分家产，你料断！凡断的事，写在白纸青册上，以后谁也不许更改”的记载而形成的看法。成吉思汗统一蒙古各部之前，蒙古乃蛮等部已经通用畏兀字。古畏兀字，是当今蒙古文字的前身。1204年，塔塔统阿归附成吉思汗后，在蒙古人当中使用畏兀字的范围扩大了。《元史·塔塔统阿传》称，塔塔统阿是畏兀人（如今的维吾儿人），本传说他“性聪慧，善言论，深通本国文字。”以前，他为乃蛮部太阳汗执掌金印，管理钱谷，很受重用。乃蛮部被征服后，塔塔统阿成为成吉思汗的掌印官，并受命“教太子诸王以畏兀字书国言。”有的学者依据这以上消息，把塔塔统阿和失几忽秃忽看成是《秘史》的作者。对此，巴雅尔教授反驳称，失几忽秃忽“要日理万机，工作繁忙，战争时期还要亲临前线，辅佐皇帝指挥作战。这样一个人，能有什么时间安静地坐下来，搜集资料，总结历史，挥毫著书呢？而且写书也不是他的职责。”“不宁唯是，他所处的环境，他所担负的责任，都不允许他有什么著书的可能。”学者教授巴雅尔先生搜集有关方面诸多文献资料，进行详细的科学分析称：“我们认为《蒙古秘史》的作者，不会是别人，而只能是右丞相镇海，必阇赤长怯烈哥，必阇赤薛彻兀儿等人。”
　　依据《秘史》的内容结构认为，巴雅尔教授的论点基本准确，镇海是《秘史》的作者。《秘史》的内容和性质说明，它不是史学家的私人著作，而是“敕修”的官史。因此，身为窝阔台朝右丞相的镇海最具有奉命撰写《秘史》的资格。论政治，他是掌握政柄，总裁庶政的心腹重臣之一。论业务，他也兼任起居注的职务。徐霆《黑鞑事略疏证》称，“书言文书行于回回者，则用回回字，镇海主之，行于汉人、契丹、女真诸亡国者，只用汉字，移剌楚材主之。却又于后面日月之后，镇海亲书回回字云，付与某人以互相检柅。是镇海不独精通回回文字，以当略知汉文。”
　　从《秘史》的内容分析，镇海编撰的可能性更大。据有关文献记载，镇海在成吉思汗统一漠北战争中屡立战功。随后征金、征西夏。1219年，成吉思汗西征花剌子模之前，命他总领所俘汉民万人，辟地屯田，筑城阿不罕山北，此城因而得名镇海城（蒙古语作镇海八剌哈孙，今蒙古科布多之东）。长春真人丘处机应成吉思汗之召赴西域，路经镇海城，镇海率百骑护送至大雪山行在所。丘处机到达西域的是1222年4月。所以，镇海首先对成吉思汗的西征不太清楚，因此把西征的开始写成“名者别打前锋，其后援为速别额台，速别额台的后援为脱忽察儿。三将临行时吩咐：‘饶速勒坛而行，在那边等我们会合！’者别如命，饶过罕篾力克而行。速别额台也饶过去了。其后脱忽察儿掳了罕篾立克的边城，并掳了其农夫。”这件事发生的是1220年的夏天，既西征的第二年。据拉施特的《史集》记载：“当成吉思汗围攻撒麻耳干时，除获得各种情报外，听得算端在驻夏营地中，他遂派遣别速惕部的哲别那颜带着一万军队做头哨，又派兀良合惕部的速别额台把阿秃儿随后带着另一万人队担任后卫。接着又派弘吉剌惕部异密脱忽察儿把阿秃儿再带一个万人队跟在他们后面，并降旨道：‘朕命你们去追赶花剌子模沙算端，至到将他们追上为止，如果他带领军队来攻打你们，你们无力抵抗，可马上向我报告，如果他力量不大，可与他对敌！……’”这里没有谈到蒙古汗国的商队被害而蒙古汗国与花剌子模两国的使臣来往过程，把整个战争的起因、备战等很多细节全部忽略了。
　　其次，号称成吉思汗“四杰”之一的木华黎是蒙古汗国左翼万户长、开国功臣，他跟随成吉思汗南征金国，指挥野狐岭和浍河堡战役，大败金兵。1211年后，蒙古军进逼中都（其遗址在今北京西南房山县），又分兵三路南下，木华黎累立战功，独当一面。1217年，成吉思汗准备西征，封木华黎为国王，分札剌亦儿、弘吉剌、亦乞烈思、兀鲁兀惕、忙忽惕等“五投下”及契丹、女真、汉军归他指挥。成吉思汗对木华黎谕旨称：“太行之北，朕自经略，太行以南，卿其勉之。”赐大驾所建九旌大旗，仍谕诸将曰：“木华黎建此旗以出号令，如朕亲临也。”全权委托征金要务。从此，木华黎至死（1223年）驰骋在征金战场上，所以没有参加成吉思汗的西征。可是在1219年西征前，成吉思汗听也遂哈屯的进谏，欲指定接班人的时候，术赤和察阿台发生了口角。据《秘史》第254节称：“术赤、察阿台二人相拽衣领欲出去时，孛斡儿出扯术赤的手，木华黎扯察阿台的手”拉架。而这时，木华黎正在征金战场上，不在这个场合。在1221年占领花剌子模都城玉龙杰赤（今土库曼斯坦的乌尔根奇）的战役后，术赤、察阿台、斡歌台兄弟三人没有把战利品献给父亲成吉思汗。为此，成吉思汗大发雷霆，三天不让他们进见。《秘史》第260节称，由孛斡儿出、木华黎、失几忽秃忽三人出来进谏成吉思汗。这一说法又一次证明《秘史》的作者镇海没有参加成吉思汗的西征。因为木华黎这时在征金战场上，不在这个场合。
　　再其次，《元史》和《中国大百科全书·中国历史·元史》均记载说“镇海参加了征西夏”。可是，征西夏有好几次大战。据记载：“岁乙丑（1205年），帝征西夏，拔力吉里寨，经落思城，大掠人民及其橐驼而还。”这是第一次。“二年丁卯（1207年）秋，再征西夏，克斡罗孩城。”“三年戊辰（1208年）春，帝至自西夏。”这是第二次。“四年己巳（1209年）春，……帝入河西。夏主李安全遣其世子率师来战，败之，获其副元帅高令公。克兀剌孩城，俘其太傅西壁氏。进至克夷门，复败夏师，获其将嵬名领公。薄中兴府，引河水灌之。堤决，水外溃，遂撤围还。遣太傅讹答入中兴，招谕夏主，夏主纳女请和。”这是第三次。“十三年戊寅（1218年）……是年，伐西夏，围其王城，夏主李遵顼出走西凉。”这是第四次。“十六年辛巳（1221年）冬十月，木华黎出河西，克葭、绥德、保安、鄜、坊、丹等州。”这是第五次。“二十一年丙戌（1226年）春正月，帝以西夏纳仇人亦腊噶翔昆（《秘史》之你勒哈桑昆，为王汗之子）及不遣质子，自将伐之。”这是第六次。以上六次征伐西夏的战事中，镇海究竟参加的是哪一次？不清楚。也许是一次，或两次，三次，五次，不可能六次都参加。因为，《秘史》第266节称：“赏给孛斡儿出、木华黎财物，听其随意取。并对二人说：‘金国的百姓不曾分给你们，如今有金国的乣军，你二人均分。’‘其好的男儿，给你当擎鹰；美的女子，给你妻子整衣。以前金主依仗着乣军，将咱的祖先废了。你二人是我的亲信，将他们来使唤吧！’”这件事发生在1226年夏，成吉思汗征西夏，避暑于浑垂山时期。而此时，木华黎逝世已经三年了。这一记载证明，成吉思汗的第六次征西夏战事中，镇海没有参加。因此，他根据别人的传说，误记成已死三年的木华黎参加了这次战争。
　　第四个疑点是在《秘史》第99节中，当篾儿吉惕人夜袭帖木真营地时，“帖木真骑了一匹马，诃额仑母亲怀抱帖木伦骑了一匹马，哈萨尔和哈赤温各骑了一匹马，帖木格和别勒古台各骑了一匹马，孛斡儿出和者勒蔑各骑了一匹马，又在另一匹马上驮了行装，孛儿帖兀真无马骑了”的记载。谁谁骑什么马，这在游牧文化中常出现的说法。其旨意在于突出马在他们的生产生活中的重要位置。而《秘史》的作者在这里数的只有九匹马。自从也速该把阿秃儿死后，泰赤兀惕部抛弃诃额仑母子离开后，诃额仑家里本有九匹马，这个数字与作者在这里的清点是一致的。可是在这期间，孛斡儿出骑着自己的拱脊黄马来到帖木真家里。加上这匹马，篾儿吉惕人袭击帖木真时，他们家应该有十匹马才对。蒙古人一般不离开自己的乘骑，而且孛斡儿出是著名富翁纳忽伯颜的儿子，所以，他的父亲不可能收回其所乘之马。《秘史》的作者为什么要少记或错记这个很简单的数字呢？这里面有一个很了不起的“秘密”。其中的“孛儿帖兀真无马骑了”，实质上是隐瞒了孛儿帖兀真怀孕在身的事实。这一记载与《秘史》第254节的“额捏 篾儿乞歹出勒 兀勒札兀剌 客儿 篾迭兀勒昆 必答”一句相互应，出现了对术赤身世来源的种种猜测。这句话的准确注释应该为“En Mergitaicol Olzagort her Meduhun Bid”，汉译应为“怎能让这个被篾儿吉歹众人俘虏过的人管我们呢？”那么，《秘史》的作者为什么要这么做呢？这是替窝阔台系诸王向术赤系诸王进行的侮辱和造谣。因此，出现了“成吉思汗微时，篾儿乞惕部人以报仇袭击其家， 将孛儿台掳走，配与其部人为妻。后因王汗的帮助，孛儿台得救。她在回家的路上生术赤，因此，当时人对术赤的血统有所怀疑”的说法。并且出现了“术赤是从异部来的血统，所以起名为‘术赤’，意思是客人”的解释。如果把“术赤”的意思解释成“客人”的话，“拙赤哈萨尔”、“拙赤答儿马剌”等人的血统又是从何“异部”来的呢？在这个问题上，拉施特《史集》的记载可以佐证：据人们断言：当成吉思汗和篾儿乞惕部作战，篾儿乞惕部获胜时，孛儿帖旭真肚里怀着术赤。篾儿乞惕部俘获了她。由于那时篾儿乞惕部和王汗和好，他们将她送到了王汗处。王汗很尊敬地看待她，由于他和成吉思汗的父亲是故交，将她当作儿媳看待，称成吉思汗为儿子。他的异密们对他说：“你为什么不娶她呢？”他答道：“她是我的儿媳，如果我心怀邪念地看她，就太下贱，太不老实了。”成吉思汗得知这个情况后，便派遣札剌亦儿部撒儿塔黑那颜的祖父撒巴到王汗处去，将妻子接回来。王汗以应分的尊敬将她交给了他。在他返回成吉思汗处的路上生下了术赤。……由于他是突然地降生到世界上，故被称为术赤。类似的记载还有一处。“术赤”一词的准确解释应该为“用推理的办法找到问题答案的人”，其蒙古语读音为“Juchi”。问题的关键是谁能用这样的隐秘语言造成如此大胆的谣言呢？只有“窝阔台及贵由在位时期，镇海任大必阇赤，汉人称为中书丞相，为当时七投下之一”的特殊人物。《元史》称：“己丑，太宗即位，扈从至西京，攻河中、河南、钧州。癸巳，攻蔡州。以功赐恩州一千户。先时，收天下童男童女及工匠，置局弘州。既而得西域织金绮纹工三百余户，及汴京织毛褐工三百户，皆分隶弘州，命镇海世掌焉。定宗即位，以镇海为先朝旧臣，仍拜中书右丞相。薨，年八十四。”贵由即汗位，是在太宗窝阔台后脱列哥那的一手策划下进行的。贵由本人没有什么本事，诸多宗亲也没有多少人拥护他，史书因称“自壬寅以来，法度不一，内外离心，而太宗之政衰矣。”在这种状况下拜中书右丞相，没有特殊功绩，单凭“先朝旧臣”是不可能的。“蒙哥汗即位后，镇海被目为贵由之党而处死。”根据以上几点，笔者认为《秘史》的作者是镇海。
　　第五个疑点是元代儒臣许有壬所撰碑铭《元故右丞相克烈神道碑铭并序》载：
　　“我太祖圣武皇帝顺天应人，龙飞朔方，豪杰云从，四杰而下，僝功辈出，若丞相镇海，盖较著者也。五世孙佥河北河南道肃政廉访司事哈斯状其故，请曰：丞相奋庸天造，名具秘史，世莫得闻。……承名辟乌哩扬欢地为屯田，且城之，因公名名其地，曰镇海，又曰青海，俾公守焉。”从一般情理上讲，功载青史，名垂千古，后人理应知之。镇海五世孙哈斯却说由于其名载于《秘史》而为世人所不知。这是因何故？是否因镇海被蒙哥汗处死而清除他的名字于《秘史》？那么，《秘史》的原稿是被后人有所改动。《秘史》第247节载：“其后羊年（1211年），成吉思汗征金国。先取了抚州，经野狐岭，有取宣德府。”这里出现的“宣德府”，当时被称为“宣德州”，1263年（忽必烈的中统三年）才改称“宣德府”。这就可以证明，镇海的名字之被《秘史》上删除，最早也是1263年之后的事情。
　　从《秘史》的语言看，“腾格理”一词先后出现共69次。其中“腾格理 亦赫额勒”有三处。其二处是客列亦惕部的王汗所说，再一处是《秘史》的作者所提。镇海出身于客列亦惕部，与王汗是同源。他们的宗教信仰均为基督教的聂思托里派。这一关系无形中体现在《秘史》的语言上。
　　从《秘史》的内容结构看，成吉思汗与客列亦惕部的关系记载的最清楚并最详尽，这一点也可以证明作者为客列亦惕部人。其次，成吉思汗亲征西夏的多次战事记载模糊或没有记录。这不一定又是镇海所谓，因为这与镇海没有直接的利害关系。删除征西夏战事的人，可能是从《秘史》删除镇海事迹的元廷必阇赤。也可以说，被删除的记录，可能是受镇海牵连。或者删除者的本意。元仁宗爱育黎拔力八达时期的中书参知政事察罕，深得元仁宗的赏识。他译《贞观政要》献给仁宗，进而获得了“命译《脱必赤颜》名曰《圣武开天纪》，及《纪年纂要》、《太宗平金始末》等书”的权利。这是《秘史》被改动的一个明显的机会。