作品风格苍凉沉郁，冷峻峭拔，富有浓厚的哲理意蕴，善于追踪20世纪最新的科学发现尤其是生物学发现。
语言典雅流畅，结构精致，构思奇巧，善于设置悬念，作品具有较强的可读性，是严肃文学和通俗文学很好的结合。

王晋康的科幻小说是把前沿科技、人类福祉、道德禁忌和文明多样性相互结合的典范。
——北京师范大学教授 吴岩
在《类人》和《豹人》里，王晋康以科幻的声音对人类基因正统的拷问振聋发聩。而在《癌人》里，作为人体内的细胞叛逆者，癌基因居然成长为比人类更擅长生存也更强大的个体，这其中的意义既惊心动魄又发人深省。
——著名科幻作家 何夕
这四部以人为核心的科幻小说，描述了人类多种可能的未来，让我们在震撼中重新认识自己和人类。王晋康站在一个新的高度俯瞰科学和人类社会，他的作品既有太空的广阔和空灵，又有大地的厚重与深沉。他用独有的冷峻笔触，描绘了人类在科学和道德两道悬崖构成的险峻峡谷中艰难的旅程，使科幻文学达到了一个新的高峰。
——著名科幻作家 刘慈欣

为人一贯低调的王晋康不无伤感地对我说：“在中国，科幻作品在文学长廊里几乎没有一席之地，我希望文学界把我们‘招安’进去。”我感到十分诧异，他的很多作品都是非常优秀的，他本人在科幻文学界更是不可替代的作家之一，为什么却这么落寞？细想之下，或许是由于我们许多不必要的“领域”之分使得大家相互隔阂起来。实际上，王晋康的作品不但在科幻界，在整个当代文学中都有其独特价值。
王晋康的作品在我看来，是在用生动的手法阐释丰富的人性，阐释深奥的哲理，阐释多彩的现实，寄托了他对“自然”这个上帝的敬畏和顿悟，预言了当今不可能付诸实施、但多年以后可能被证实是正确的理念，闪烁着与其他作家描写的人生离合悲欢有别的另一种思想光辉。
晋康自述他是在自己的孩子经常缠着他讲故事时，忽然动念，开始科幻文学创作的，从此一发而不可收拾。他上大学学的是动力专业，这是建筑在物理学概念上的工科专业。开始小说创作以后，他的几十篇中短篇小说运用物理、化学领域的理念，创造了不少新颖可读的作品。随着年龄、阅历的增长，他的创作艺术不仅炉火纯青了，而且思想内涵也日臻丰富、深刻。他觉得用抽象的物理概念建立起来的文学图解，很难与人生之谜有机融合。于是，考虑到在21世纪生物科学将是科学领域的带头学科，他便转向了生物科学领域。他运用生物科学理论作为小说的基础，这就与人类生存和演化的故事有了内在的共通性。这些年，他从中短篇脱身出来，转向了长篇小说的创作之路。我以为，在他众多的作品中，《十字》《蚁生》《类人》《天残》和《生死平衡》最具有代表意义。
《蚁生》是以王晋康年轻时的下乡知青经历为背景，寓理想、诙谐于苦难的现实之中，真实地再现了当年那段波澜壮阔的历史，又把它放到“人类本性”的高度来认知。那些正需要吮吸知识营养的一代青年，却在上山下乡的大背景下，远离父母及熟悉的城市生活，在无法自己选择的社会浪潮中艰难地生存着。爱情纷争，情敌忌恨，眼看优秀青年颜哲命悬一线，不料峰回路转，他利用父亲一生研究蚂蚁社会的成果，用科学家研制的“蚁素”控制了人的行为，建立了一个小小的乌托邦式的理想家园，自己和女友充当了管理这个小社会的上帝角色，最终，却因为与整个社会、与人类本性格格不入而走向幻灭。在这部小说中，科学幻想的成分融入了现实世界，但小说最根本的指向却是社会真实。因为对社会制度伦理的谙熟和逻辑的严密，读这部小说，那些匪夷所思的事件仿佛真的发生过一样。
《类人》一书，才算得上一部名副其实的科幻小说。“克隆”这个专用术语，在当今人们的日常生活中，已经不是一个陌生的名词。克隆任何生物，只要不是人类自身，一般是被社会认可的，但它不可避免地会走向极端，殃及人类。尽管人类制定了各种各样的强制法令，但小说中最终还是克隆出了“类人”，他们同样具有人类的情感；不仅人造生命大行其道，而且电脑生命也将演化为更高层次的生命和思维方式。要不要跳出旧的人类伦理道德框架？怎样才能跳出这一框架？小说给人们留下了深刻的思索空间和探索路径。作者创作这一故事，显然是在拷问自然人类的良知：到了那个时代，自然人、人造人和电脑“人”能否和谐相处？人性会发生怎样的变化？人类之爱还能否存在？放到科学日益发达的今天，便为飞速发展的科学技术，特别是生物技术、生命科学，以及克隆人类自身的技术，提出了一系列不容回避的问题。
《十字》写了一个美丽的女科学家献身科学事业的悲壮凄婉的故事。作者描写了一个特殊时期的特殊环境中，一些特殊人物发生的一系列摩擦和交锋，令人回肠荡气，不忍释卷。他把人道主义和科学思想融会贯通，最终使科学的理性战胜了宗教的极端狂热，为保障人类及多样生物的合理存在找到了一条理想的出路。读完这部作品，联想起“非典”、“禽流感”和“H1N1”病毒在全球的传播蔓延，让人觉得王晋康的思考远远超越时代，使这部作品具备了深刻的社会意义和现实意义。《生死平衡》则从医学的角度探讨了关于人类生与死的严肃话题，尖锐地指出，医学本身不只是一个治病救人的问题，而更应该建立对人类有利的生死平衡机制。
读王晋康作品的时候，有一个挥之不去的念头，就是忍不住要把他的作品同丹·布朗的惊怵小说和金庸的武侠小说放在一起比较，因为他们具有共同特点，那就是悬念、惊险和刺激。我始终想不明白的是，为什么那两位大家的作品风靡世界，而王晋康的作品却似乎藏在深闺里。仔细想想，通俗文学、消遣性质的小说到底更加适合大众读者的口味，而王晋康的作品由于与科学挂上了号，未免严肃了一些。所庆幸的是，他已经拥有了广大的青少年读者群，而我们这些成年人，虽然大多不熟悉他的作品，但是只要你去读，便能感觉到他妙趣横生的书写所产生的吸引力。
科幻作品本身就带有先验的性质，它既有扎实、准确的科学依据，又要对未来进行思考和预测。我们不能苛求他的设想都在未来能够证实，但肯定会有被未来的人们惊呼的预言得以实施和实现。《西游记》和《封神演义》都不是科幻小说，却不乏科学幻想的成分，“顺风耳”、“千里眼”在当代已经不再是神话，“土行孙”也有了盾构机可以注解。你不能不佩服小说家们的奇思妙想。英国著名科幻作家克拉克的小说中预言了同步卫星通讯、光帆飞船的出现，已经被科学技术的发展所证实。倘若这些预言性质的设想，哪怕只有极少成分能在青少年思想上发酵，为他们提供启示，那就是人类思维明亮的火花，就是了不起的成就。王晋康认为，他作品中的预言不能保证正确，但技术内核是比较坚硬严谨的，尽量减少明显的技术硬伤。
王晋康作品中对通俗文学元素的运用值得我们思考。王晋康的作品运用通俗小说的写法，却立足于科学真实和生活现实，进行深沉的思索和创造性的艺术探索。他把小说的元素运用得淋漓尽致，把比较玄虚的哲理思考化成了情节紧张的故事。这些故事都是曲折多舛，大多是以科技的发展、人类的进化为主题，尽力展现出科学技术这把双刃剑对人类自身和生活的作用与反作用。他对那些未来虚幻环境精彩的描述，折射出对于现实的沉重思考。如《十字》这部长篇小说，悬念设置十分成功，情节的张力一直保持到最后，几次恐怖袭击及正方的破解之策基本没有什么漏洞，也不乏机智的情节，比如科学家从日语中的“天の花”和一些童言中，偶然发现了生物恐怖袭击阴谋；比如杜律师用“减毒活疫苗”和病毒菌种的细微差别来打赢官司，等等。
王晋康又是一位名副其实的学者，他严谨的科学精神值得人们称道和探讨，他的作品表达的是一种科学的世界观。我在读了他的《十字》后，曾经和作者本人探讨过：他是不是有浓厚的宗教情结？晋康告诉我，他的宗教理念是泛自然的，这种情结是基于坚定的无神论立场上的，是对大自然和科学的崇拜。杨振宁说“科学发展的极致是哲学，哲学发展的极致是宗教”，王晋康虔诚的上帝观其实就是自然观。
鉴于这一基本的观念，王晋康的作品就有了用“上帝”的眼光看待世事的味道，独到而又深刻。他已经跳出了人类中心的圈子，跳出了时间的局限，在更高的层面上进行思考。他把浩瀚宇宙中自然界的生灵划分了好几个层次，或者可以说是边界：微生物是一个层次，植物是一个层次，动物中又分为不同的层次。人类之于蜜蜂、蚂蚁，则是“上帝”的角色；高等智慧之于人类，又是另一种层次的“上帝”。他看到，蚂蚁有蚂蚁的语言，蜜蜂有蜜蜂的语言，在这个蔚蓝色的星球上，已经形成了稳固的种群。在这些种群内，个体的行为微不足道，群体的智能却大得惊人。自然界让这些种群生生不息，源远流长。但是，自然界从来不是完美无缺的，优胜劣汰的是延续基因、生物进化的机制。这样看来，人类的疾病实际上是对人种的检验和锻炼，如过度地采取防疫措施，长此以往，可能导致人类的基因退化，反而不利于种群的延续，那么达尔文的进化论应当改称为“演化论”了。“存在即是合理”，相生相克符合生物残酷生存的辩证法，人类没有必要用科学技术去剥夺生物存在的多样性，应当尽力维护其发展的平衡性。不要试图用蛮力去改造自然，要和大自然和谐相处。他的这些观点，应当是早在上个世纪80年代就形成并且表达出来了，面对今天世界性的生态问题，我们更能认识到王晋康的思想的前瞻性。
王晋康作为作家和学者，他的作品是厚重的、大气的。他的作品有着悲天悯人的情怀，与当今世界普遍关注的生态问题、能源问题和粮食安全三大困扰不谋而合。他的作品传达出科学技术是双刃剑的理念，不粉饰太平，也不张扬科技无可阻挡的力量。尤其是他作品的结尾处，往往奇峰突起，比较冷峻，不是那种大欢喜、大团圆的结局，给人以压抑感，甚至叫人喘不过气来，这也正是他作品的另一独到之处。