县衙大门面阔三间，明间为甬道的过道，东梢间的前半间放置“喊冤鼓”一架，专供老百姓击鼓鸣冤之用，从汉代开国皇帝刘邦始设流传了两千多年，直到清末一直是封建官吏体察民情的重要手段。此鼓击响以后，在大门口值班的吏役必须上前问明原因，速报知县升堂审案。击鼓鸣冤有个规定，每次喊冤人只能击鼓三下，如果乱击鼓，升堂就要先挨板子，后审案。
大门上有幅对联：“从来清白无遗漏，自古贪争有后殃”。意思是：为官的要清正，为老百姓着想，因此，他的每件功绩都会被老百姓永远记着，名留青史，如果是贪官、昏官，不论劣迹大小，老百姓也会看得清清楚楚，决不饶恕他，也不会有好的下场。 莲池是密县县衙最特殊的建筑，也是已知的中原地区唯一的有莲池的县衙。
大门以里，莲池位于大门甬道两侧，（两池之间是甬道），甬道下边有三孔石券桥洞，左右两池以双桥相连，莲池放水种莲，池深3米，四季都可以看到莲。一意为县衙是清正“廉”洁的地方，二意提醒在这里做官者，时刻提醒自己要做“廉”洁的清官。莲池有“廉耻”之意。 仪门是县衙的礼仪之门，平时关闭不开，只有新官到任第一天或迎接高官到来时方可打开，并且规定“文官下轿、武官下马”，另外，县衙若举行重大庆典活动或公开审理重大案件，仪门也要打开，可以让百姓从中而入，到大堂前观看或旁听。
仪门对联：上联“国正天心顺”，下联“官清民自安”，意思是国家制定的各项政策法令顺民心、合民意，国家自然能够昌盛、太平。各级官员能够廉洁自律，赏罚分明，做到为官一任，造福一方，百姓能够安居乐业。
仪门两侧设两个门，东门称“生门”或“人门”，在古时是供人们日常出入的门，西门称“死门”或“鬼门”，通常关闭不开，被处决死刑犯走的路，就从这个门拉出去行刑，出西门是古时处决死刑犯的法定方位。按照传统阴阳学说，日出的东方属于阳，日落的西方属于阴，人死后是到西方转世或者入地狱。 大堂是县衙的中轴线上的一座主体建筑物。大堂是知县公开审理案犯，举行重大典礼活动及知县发布政令的地方。密县大堂堂号称“牧爱堂”，古时州官称“牧”，县官称“宰”，即是爱民的意思。此堂号为清康熙年间知县衷鲲化定名。大堂前有幅对联，上联：“欺人如欺天，毋相欺也”，下联是：“负民即负国，何忍负之”。此联把欺人也欺天，负民即负国有机结合起来，体现了封建统治者“天人合一”的政治理念和爱民自警的民主思想。
密县县衙大堂前比其它县衙大堂前多一部分建筑叫“卷棚”，是高级别衙署在建筑形式的反映。卷棚两侧设有两个便门，案犯在大堂被宣判后，方可从卷棚内西门拉出去送进监狱。县级衙门是七品县令，大堂前不准随便建筑，卷棚源于古代庙宇的拜殿，密县在隋代建过密州，历史上为兵家必争之地，地理位置十分重要，位于中原，古时密县县衙管辖区较大，另有受过皇封的双龙石碑标志，在此任职的为正五品，石刻为据。卷棚和大堂连接之处没有封闭，下雨时，雨水从缝隙之处流下来，形成像珍珠似的水帘，故叫“两檐滚珍珠”。象征着衙门是清廉之地。
大堂正中设有知县公案，公案桌上放置着文房四宝、红头刑签、绿头捕签。正面屏风上悬挂“明镜高悬”匾额，屏风上还彩绘有“海水朝日”图，象征着官爱民，为政举官者，清如海水，明似日月。顶棚彩绘八卦太极图。按堪舆学说八卦方位图的含意布局设计。四周仙鹤向中心飞去，象征天下归一，四方同心的意思。
大堂两边陈列着县官仪仗：有青旗、蓝伞、青扇、桐棍、皮槊、肃静牌、放告牌、堂鼓等，还有四人抬蓝绢轿一乘，县官下乡巡视时，前面鸣锣开道，后面县官骑马或坐轿，威风无比，坐着的人要站起来，扎白头手巾要取下来，以表示对官员的敬重。在封建社会，妇女的地位低下，不能参加科举考试，不能做官，但是，她们的丈夫或儿子做了官，皇帝就会封她“诰命妇人”等称号，这也是对妇女们“三从四德”的一种补偿和奖励。妇以夫荣，母以子贵，所以她们也可使用官员的仪仗。 大堂后边是二堂，是县衙第三进院落，为知县施行权力所用。二堂前设有“宅门”，是县衙的咽喉之地，宅门两侧是门子房，古时衙役值班的地方，称“门子房”，凡是出入人员都必须在这里登记方可通行。如果要求官差办事，得花钱买通这里的门子，就是今天所说的“走后门”。宅门前的这道隔扇门，是对二堂的屏障，称屏门。屏门平常也是不开的，须从两侧的廊道走过，新官到任的第一天或迎接高官到来时，屏门方可打开，我们常在看电视的时候，看到官员们总是说：“打开中门迎接”。指的就是前边的仪门和这道屏门；屏门北面横匾上书：“天理、国法、人情”六个大字，“天理”是指天然的道理，“国法”是指国家的法律，但这里的“人情”并不是我们常说的人与人之间的私情，它指的是民情或民意。唐朝时为了回避唐太宗的名讳，把“民情”改为“人情”，沿用至今。这几个字在知县审案时举目可见，作为断案施政的宗旨纲领，警示县官在办案中要顺天理、合国法、通人情。
二堂有幅对联：上联：“法行无亲令行无故”，下联：“赏疑唯重罚疑唯轻”。此联中的“亲”、“故”、“重”、“轻”四个字真实反映了为政当官者的执法思想，一级赏罚尺度也是告诫知县对有疑问的案件要慎重处理，从轻发落，以免造成冤假错案。
二堂堂号为“三鉴堂”，为清代知县衷鲲化定名。“三鉴”即鉴于镜、鉴于古、鉴于人，唐代名相《魏征传》中记述：“以铜为鉴可正衣冠，以古为鉴可知兴衰，以人为鉴可明得失”。二堂是审理不公开的重大案件和大堂审案时知县退思、小憩之所。两边摆放着审案中可能使用的笞仗、夹棍、拶子等刑具，为知县行施权力所用。二堂另有两块跪石，原告跪正方跪石于东侧，被告跪长方跪石于西侧，因为被告往往有同案犯，被告跪石比原告跪石长些。东西厢房为八、九品官员办公的地方，东厢房为文物展室，展有春秋战国时期的古布币、汉代画像砖、唐代瓷器、明代砖雕等。西厢房为密县历代名宦事迹展，汉高宗统一海内，始置密县从（公元0002年），从汉代第一任县令卓茂至清末最后一位官员，先后在此任职的县令、知事共194位。其中清官38位，进入名宦祠者10位，他们为政清廉，秉公执法，对人民、对国家有特殊贡献，做到了为官一任造福一方，他们深受密县人民的崇敬和爱戴。密县境内都有他们的庙宇，世世代代相传。 三堂是县衙的第四进院落，三堂是知县正常办公议政和接待上级官员的地方，同时也有一些涉及机密、隐私不宜公开的案件在三堂审理，另外审花案也在此审理。但这不是常说的“三堂会审”，三堂会审是指特别复杂的重大疑难案件，古时要在京都三大部门（刑部、大理寺、督察院）同堂会审，称“三堂会审”。三堂东侧两间是知县接待上级官员和知县商议政务的地方，中间是审理隐私和机密案件的地方，西侧两间是知县办公临时休息的地方，另有迎接上级高官及审理案件临时的更衣室。三堂院东西厢房是二位师爷办公的地方。一位是钱粮师爷，一位是刑名师爷。他们是知县的重要幕僚，也称幕友。包括知县在内都要敬其三分，因为新官到来往往不懂钱粮、刑名之事，就是当了多年知县，也未必能熟悉业务，所以必须依靠师爷，历史上有“无绍不成衙”之说。师爷没有品级，不吃皇粮，他们由知县聘任或者从家乡带来。主张“言从则留，言不从则去”。性质就相当于现在的私人秘书或者私人顾问，他们的俸禄都由知县定期奉送，每年大约二、三百两白银，确实的说师爷是“以非在官之身，而理在官之事”，古时这个院人们很难来到此院。县衙三堂堂号称“退思堂”，意思是知县出审案件后回避休息时，反思今天办案公不公，是否符合国家政策。三堂东厢房为清十二帝和师爷历史简介，另有清代圣旨。三堂对联上联：“情系溱洧四面云山归眼底”，下联：“政循卓君万民忧乐在心头”。意思是：溱洧是密县境内的两条历史名河，来密县上任的县令要钟情密县山水，要经常下乡察看，了解民情，每座山、每条河都收归眼底。
卓茂是密县汉代的第一任县令，在任时非常勤政，达到了路不拾遗、夜不闭户、蝗不入境的地步，死后皇帝封为“褒德候”。 监狱是囚禁犯人执行刑罚的重要场所。密县县衙的监狱是国内仅有的古代监狱，始建于隋代，专家称密县监狱的使用是在中国乃至国际司法史上创造的一个奇迹！监狱位于大堂西南，俗称南监。监狱在我国起源于夏代，皋陶是第一个刑官，他制定刑律，发明囚、牢，已有4000多年了，所以后人称皋陶为监狱的祖师爷。旧时监狱内设狱神庙，每月初一、十五或狱内发生重大事情，犯人和狱吏都要到此举行活动，祈求狱神保佑。
密县县衙监狱从隋代沿用至2003年搬迁新址，历时1400年，是目前已知沿用时间最长的监狱。监狱分外监、内监、女监三部分，外监在东院，是羁押、拘留犯人的地方，女监是关押女犯的地方，牢房分为死牢、普牢和女牢。
现在，监狱里面布置的有刑具，有古代刑罚烙画，有古代五刑和男女罪犯的泥塑像展，民间广泛流传这样的一句话：“屈死不告状，饿死不做贼”。可见大家都是害怕坐牢的。

新密县衙博物馆位于新密市老县城中心，为河南省文物保护单位。 密县县衙始建于隋大业十二年（616年），历经隋、唐、宋、元、明、清、民国各代，距今已有1400年的历史。县衙元代毁于战火，明洪武三年（1370年）知县冯万金于原址复建，至今仍保持明、清建筑风格。